ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.8.0267精密化 PDB_EXTRACT3.27 データ抽出 XDSデータ削減 SCALAデータスケーリング PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 7Z3B解像度 : 1.7→38.26 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.923 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.915 / SU B : 6.511 / SU ML : 0.103 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.126 / ESU R Free : 0.118 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.26 1688 4.9 % RANDOM Rwork 0.2364 - - - obs 0.2375 32890 99.52 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 64.31 Å2 / Biso mean : 29.042 Å2 / Biso min : 15.38 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.14 Å2 -0 Å2 -0 Å2 2- - 0.14 Å2 0 Å2 3- - - -0.27 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.7→38.26 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2093 0 34 123 2250 Biso mean - - 43.75 35.16 - 残基数 - - - - 265
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.013 0.013 2190 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.016 1962 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.689 1.643 2970 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.402 1.578 4524 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.854 5 264 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg32.156 23.063 111 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg11.714 15 319 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg14.944 15 7 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.083 0.2 266 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.011 0.02 2518 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.002 0.02 536
Refine LS restraints NCS Ens-ID : 1 / 数 : 4002 / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / タイプ : interatomic distance / Rms dev position : 0.12 Å / Weight position : 0.05
LS精密化 シェル 解像度 : 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.316 109 - Rwork 0.328 2396 - all - 2505 - obs - - 99.72 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.9226 0.2628 -0.3408 0.6522 -0.1116 1.7505 -0.0242 -0.0415 -0.0266 0.0146 0.0202 -0.0315 0.036 0.11 0.004 0.0199 0.0219 0.0065 0.0351 0.0093 0.0055 8.2827 -25.2112 -9.5791 2 0.8317 -0.2291 0.0119 2.5552 -0.4988 1.4061 0.028 0.0624 -0.109 -0.2576 0.0109 0.2997 0.2498 -0.2436 -0.0389 0.0852 -0.0419 -0.038 0.0939 -0 0.0479 -19.5253 -38.5016 -12.306
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A43 - 181 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B43 - 180