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万見
- PDB-7z3d: XFEL structure of Class Ib ribonucleotide reductase dimanganese(I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z3d
タイトルXFEL structure of Class Ib ribonucleotide reductase dimanganese(II) NrdF in complex with oxidized NrdI from Bacillus cereus
要素
  • Protein NrdI
  • Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ribonucleotide reductase R2b / Class Ib RNR / Flavoprotein / Metalloenzyme / ferritin-like superfamily / dimanganese cofactor / XFEL
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein modification process / FMN binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase, class Ib, NrdI, bacterial / Ribonucleotide reductase Class Ib, NrdI / NrdI Flavodoxin like / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like ...Ribonucleotide reductase, class Ib, NrdI, bacterial / Ribonucleotide reductase Class Ib, NrdI / NrdI Flavodoxin like / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Flavoprotein-like superfamily / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / : / Protein NrdI / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者John, J. / Lebrette, H. / Aurelius, O. / Hogbom, M.
資金援助 スウェーデン, European Union, 5件
組織認可番号国
Swedish Research Council2017-04018 スウェーデン
Swedish Research Council2021-03992 スウェーデン
European Research Council (ERC)HIGH-GEAR 724394European Union
Knut and Alice Wallenberg Foundation2017.0275 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2019.0275 スウェーデン
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Redox-controlled reorganization and flavin strain within the ribonucleotide reductase R2b-NrdI complex monitored by serial femtosecond crystallography.
著者: John, J. / Aurelius, O. / Srinivas, V. / Saura, P. / Kim, I.S. / Bhowmick, A. / Simon, P.S. / Dasgupta, M. / Pham, C. / Gul, S. / Sutherlin, K.D. / Aller, P. / Butryn, A. / Orville, A.M. / ...著者: John, J. / Aurelius, O. / Srinivas, V. / Saura, P. / Kim, I.S. / Bhowmick, A. / Simon, P.S. / Dasgupta, M. / Pham, C. / Gul, S. / Sutherlin, K.D. / Aller, P. / Butryn, A. / Orville, A.M. / Cheah, M.H. / Owada, S. / Tono, K. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Brewster, A.S. / Sauter, N.K. / Yachandra, V.K. / Yano, J. / Kaila, V.R.I. / Kern, J. / Lebrette, H. / Hogbom, M.
履歴
登録2022年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
B: Protein NrdI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1766
ポリマ－50,5922
非ポリマー5844
水2,864159
1
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
B: Protein NrdI
ヘテロ分子

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
B: Protein NrdI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,35312
ポリマ－101,1844
非ポリマー1,1688
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.438, 125.634, 144.997
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-549-

HOH

21B-302-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta


分子量: 37052.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
株: ATCC 14579 / DSM 31 / CCUG 7414 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NCTC 2599 / NRRL B-3711
遺伝子: BC_1355 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q81G55, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: タンパク質 Protein NrdI


分子量: 13539.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
遺伝子: nrdI, A9485_05295, B4082_4779, BKK64_22520, BLD50_28200, BLX06_07420, C1N66_03050, C6A78_17740, C6Y54_16250, CJ306_07140, CN357_26430, CN553_06005, CN980_12615, COD77_14575, COI69_30475, ...遺伝子: nrdI, A9485_05295, B4082_4779, BKK64_22520, BLD50_28200, BLX06_07420, C1N66_03050, C6A78_17740, C6Y54_16250, CJ306_07140, CN357_26430, CN553_06005, CN980_12615, COD77_14575, COI69_30475, COI98_10480, COM79_20950, CON36_20815, CON37_10850, CSW12_06330, D0437_06525, DR116_0000380, DX932_00180, E2F98_13910, F8165_13725, F8172_22390, FC692_08670, FC695_16850, FC702_30940, FORC47_1246, GE376_06770, JDS76_16260, TU58_02775, WR52_06765
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0YPL1

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非ポリマー , 4種, 163分子

#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 % / 解説: Yellow rhombohedron shaped crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 5 / 詳細: 0.1 M MnCl2, 0.1 M sodium acetate 5.0, 5% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.300734 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月9日 / Frequency: 30
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.300734 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→51.59 Å / Num. obs: 38319 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 66.94 % / Biso Wilson estimate: 35.45 Å2 / CC1/2: 0.989 / R split: 0.111 / Net I/σ(I): 3.247
反射 シェル解像度: 2→2.034 Å / 冗長度: 25.42 % / Mean I/σ(I) obs: 0.654 / Num. unique obs: 1881 / CC1/2: 0.32 / R split: 0.863 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementCollection time total: 0.5 hours / Collimation: compound refractive lenses / Pulse duration: 35 fsec. / Pulse energy: 4 µJ / Pulse photon energy: 9.5 keV / XFEL pulse repetition rate: 30 Hz
Serial crystallography sample delivery解説: drop on tape combined with acoustic droplet ejection
手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: mother liquor / 解説: acoustic droplet injection / Flow rate: 8 µL/min / Injector temperature: 298 K / Power by: focused acoustic pulse
Serial crystallography data reductionLattices indexed: 14357 / XFEL run numbers: 56-61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
cctbx.xfelデータ削減
PHASER位相決定
cctbx.xfel.mergeデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4bmo

4bmo


解像度: 2→24.17 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1956 1909 4.99 %
Rwork0.1591 36344 -
obs0.1609 38253 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.31 Å2 / Biso mean: 47.4506 Å2 / Biso min: 21.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→24.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3355 0 34 159 3548
Biso mean--34.52 50.78 -
残基数----415
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.050.33341400.31952532267299
2.05-2.110.31231540.259425312685100
2.11-2.170.26711450.239825512696100
2.17-2.240.25021420.215625742716100
2.24-2.320.23361300.193925682698100
2.32-2.410.23831270.177725962723100
2.41-2.520.21691340.174925592693100
2.52-2.650.19971220.167626072729100
2.65-2.820.21621350.168325992734100
2.82-3.040.22161340.171626082742100
3.04-3.340.20291330.153325962729100
3.34-3.820.15061310.133226252756100
3.82-4.810.14651150.118426662781100
4.81-24.170.17841670.145627322899100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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