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Yorodumi- PDB-7z3e: XFEL structure of Class Ib ribonucleotide reductase dimanganese(I... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7z3e | ||||||||||||||||||
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Title | XFEL structure of Class Ib ribonucleotide reductase dimanganese(II) NrdF in complex with hydroquinone NrdI from Bacillus cereus | ||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | OXIDOREDUCTASE / Ribonucleotide reductase R2b / Class Ib RNR / Flavoprotein / Metalloenzyme / ferritin-like superfamily / dimanganese cofactor / XFEL | ||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein modification process / FMN binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | Bacillus cereus ATCC 14579 (bacteria) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / FREE ELECTRON LASER / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||||||||||||||
Authors | John, J. / Lebrette, H. / Aurelius, O. / Hogbom, M. | ||||||||||||||||||
Funding support | Sweden, European Union, 5items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2022 Title: Redox-controlled reorganization and flavin strain within the ribonucleotide reductase R2b-NrdI complex monitored by serial femtosecond crystallography. Authors: John, J. / Aurelius, O. / Srinivas, V. / Saura, P. / Kim, I.S. / Bhowmick, A. / Simon, P.S. / Dasgupta, M. / Pham, C. / Gul, S. / Sutherlin, K.D. / Aller, P. / Butryn, A. / Orville, A.M. / ...Authors: John, J. / Aurelius, O. / Srinivas, V. / Saura, P. / Kim, I.S. / Bhowmick, A. / Simon, P.S. / Dasgupta, M. / Pham, C. / Gul, S. / Sutherlin, K.D. / Aller, P. / Butryn, A. / Orville, A.M. / Cheah, M.H. / Owada, S. / Tono, K. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Brewster, A.S. / Sauter, N.K. / Yachandra, V.K. / Yano, J. / Kaila, V.R.I. / Kern, J. / Lebrette, H. / Hogbom, M. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7z3e.cif.gz | 196 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7z3e.ent.gz | 154.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7z3e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/7z3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/7z3e | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7z3dC 4bmoS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 37052.984 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus cereus ATCC 14579 (bacteria) Strain: ATCC 14579 / DSM 31 / CCUG 7414 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NCTC 2599 / NRRL B-3711 Gene: BC_1355 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q81G55, ribonucleoside-diphosphate reductase |
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#2: Protein | Mass: 13539.261 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus cereus ATCC 14579 (bacteria) Gene: nrdI, A9485_05295, B4082_4779, BKK64_22520, BLD50_28200, BLX06_07420, C1N66_03050, C6A78_17740, C6Y54_16250, CJ306_07140, CN357_26430, CN553_06005, CN980_12615, COD77_14575, COI69_30475, COI98_ ...Gene: nrdI, A9485_05295, B4082_4779, BKK64_22520, BLD50_28200, BLX06_07420, C1N66_03050, C6A78_17740, C6Y54_16250, CJ306_07140, CN357_26430, CN553_06005, CN980_12615, COD77_14575, COI69_30475, COI98_10480, COM79_20950, CON36_20815, CON37_10850, CSW12_06330, D0437_06525, DR116_0000380, DX932_00180, E2F98_13910, F8165_13725, F8172_22390, FC692_08670, FC695_16850, FC702_30940, FORC47_1246, GE376_06770, JDS76_16260, TU58_02775, WR52_06765 Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: B0YPL1 |
-Non-polymers , 4 types, 145 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-FNR / | #5: Chemical | ChemComp-UNX / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.84 % / Description: Yellow rhombohedron shaped crystals |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: batch mode / pH: 5 / Details: 0.1 M MnCl2, 0.1 M sodium acetate 5.0, 5% PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 300 K / Serial crystal experiment: Y |
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Diffraction source | Source: FREE ELECTRON LASER / Site: SLAC LCLS / Beamline: MFX / Wavelength: 1.300734 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX340-HS / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2018 / Frequency: 30 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.300734 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→51.47 Å / Num. obs: 38188 / % possible obs: 99.91 % / Redundancy: 59.92 % / Biso Wilson estimate: 33.22 Å2 / CC1/2: 0.988 / R split: 0.111 / Net I/σ(I): 3.28 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.034 Å / Redundancy: 26.46 % / Mean I/σ(I) obs: 0.791 / Num. unique obs: 1880 / CC1/2: 0.391 / R split: 0.765 / % possible all: 100 |
Serial crystallography measurement | Collection time total: 0.75 hours / Collimation: compound refractive lenses / Pulse duration: 35 fsec. / Pulse energy: 4 µJ / Pulse photon energy: 9.5 keV / XFEL pulse repetition rate: 30 Hz |
Serial crystallography sample delivery | Method: injection |
Serial crystallography sample delivery injection | Carrier solvent: mother liquor / Description: acoustic droplet ejection / Injector temperature: 298 K / Power by: focused acoustic pulse |
Serial crystallography data reduction | Lattices indexed: 13509 / XFEL run numbers: 183-191 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4bmo Resolution: 2→23.91 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 17.64 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 126.41 Å2 / Biso mean: 43.9762 Å2 / Biso min: 20.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→23.91 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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