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万見
- PDB-7z2u: Wild-type ferulic acid esterase from Lactobacillus buchneri in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z2u
タイトルWild-type ferulic acid esterase from Lactobacillus buchneri in complex with ferulate
要素Ferulic acid esterase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Ferulic acid esterase / Lactobacillus buchneri / wild type (野生型) / ligand (リガンド)
機能・相同性フェルロイルエステラーゼ / feruloyl esterase activity / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / aminopeptidase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / Ferulic acid esterase
機能・相同性情報
生物種Lentilactobacillus buchneri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mogodiniyai, K.K. / Reichenbach, T. / Kalyani, D.C. / Keskitalo, M.M. / Divne, C.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Other governmentFormas 2016-01449 スウェーデン
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the feruloyl esterase from Lentilactobacillus buchneri reveals a novel homodimeric state.
著者: Kasmaei, K.M. / Kalyani, D.C. / Reichenbach, T. / Jimenez-Quero, A. / Vilaplana, F. / Divne, C.
履歴
登録2022年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferulic acid esterase
B: Ferulic acid esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2388
ポリマ－63,3812
非ポリマー8576
水5,999333
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gelfiltration used to confirm assembly
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.500, 79.500, 228.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Ferulic acid esterase


分子量: 31690.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lentilactobacillus buchneri (バクテリア)
遺伝子: faeA / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): T1
参照: UniProt: D7RU28, フェルロイルエステラーゼ
#2: 化合物
ChemComp-FER / 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / FERULIC ACID / フェルラ酸 / フェルラ酸


分子量: 194.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.77 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Na cacodylate pH 6.5, 0.2M Ca acetate, 18% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.36 Å / Num. obs: 58652 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.1 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 5738 / CC1/2: 0.613

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: L. buchneri FAE

解像度: 1.9→46.356 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2155 2000 3.41 %
Rwork0.1785 --
obs0.1798 58639 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.356 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4158 0 58 333 4549
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074314
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8035808
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3442506
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053607
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005764
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94760.37311390.32133955X-RAY DIFFRACTION100
1.9476-2.00020.29751410.27453973X-RAY DIFFRACTION100
2.0002-2.05910.291400.24963970X-RAY DIFFRACTION100
2.0591-2.12550.23241400.2383961X-RAY DIFFRACTION100
2.1255-2.20150.21411410.20954003X-RAY DIFFRACTION100
2.2015-2.28960.24821410.19273983X-RAY DIFFRACTION100
2.2896-2.39380.22971420.19034017X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-2.520.21791410.19453998X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.67790.25321430.18044049X-RAY DIFFRACTION100
2.6779-2.88460.20391420.18014026X-RAY DIFFRACTION100
2.8846-3.17490.19691440.18124082X-RAY DIFFRACTION100
3.1749-3.63410.20161440.15854098X-RAY DIFFRACTION100
3.6341-4.5780.18141470.13194142X-RAY DIFFRACTION100
4.578-46.3560.19241550.15374382X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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