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- PDB-7z27: Crystal structure of the SPOC domain of human RBM15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z27
タイトルCrystal structure of the SPOC domain of human RBM15
要素RNA-binding protein 15
キーワードTRANSCRIPTION / Spoc domain / Rbm15
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transcription of Notch receptor target / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / negative regulation of myeloid cell differentiation / RNA methylation / regulation of megakaryocyte differentiation / placenta blood vessel development / thrombopoietin-mediated signaling pathway / dosage compensation by inactivation of X chromosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / branching involved in blood vessel morphogenesis ...positive regulation of transcription of Notch receptor target / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / negative regulation of myeloid cell differentiation / RNA methylation / regulation of megakaryocyte differentiation / placenta blood vessel development / thrombopoietin-mediated signaling pathway / dosage compensation by inactivation of X chromosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / branching involved in blood vessel morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / spleen development / nuclear membrane / nuclear speck / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
RBM15, RNA recognition motif 1 / RBM15, RNA recognition motif 2 / RBM15, RNA recognition motif 3 / Spen paralogue/orthologue C-terminal, metazoa / SPOC domain profile. / Spen paralogue and orthologue SPOC, C-terminal / SPOC domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif ...RBM15, RNA recognition motif 1 / RBM15, RNA recognition motif 2 / RBM15, RNA recognition motif 3 / Spen paralogue/orthologue C-terminal, metazoa / SPOC domain profile. / Spen paralogue and orthologue SPOC, C-terminal / SPOC domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein 15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Grishkovskaya, I. / Appel, L.M. / Djinovic-Carugo, K. / Slade, D.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science Fund オーストリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The SPOC domain is a phosphoserine binding module that bridges transcription machinery with co- and post-transcriptional regulators.
著者: Appel, L.M. / Franke, V. / Benedum, J. / Grishkovskaya, I. / Strobl, X. / Polyansky, A. / Ammann, G. / Platzer, S. / Neudolt, A. / Wunder, A. / Walch, L. / Kaiser, S. / Zagrovic, B. / ...著者: Appel, L.M. / Franke, V. / Benedum, J. / Grishkovskaya, I. / Strobl, X. / Polyansky, A. / Ammann, G. / Platzer, S. / Neudolt, A. / Wunder, A. / Walch, L. / Kaiser, S. / Zagrovic, B. / Djinovic-Carugo, K. / Akalin, A. / Slade, D.
履歴
登録2022年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein 15
B: RNA-binding protein 15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2362
ポリマ－40,2362
非ポリマー00
水5,711317
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area16460 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)45.031, 65.980, 116.808
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 RNA-binding protein 15 / One-twenty two protein 1 / RNA-binding motif protein 15


分子量: 20118.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBM15, OTT, OTT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96T37
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.96 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M Bis-Tris propane 6.5, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→57.45 Å / Num. obs: 62616 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 17.81 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / Rmerge(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 4578 / CC1/2: 0.571 / Rrim(I) all: 2.12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7Z1K

7z1k


解像度: 1.45→57.45 Å / SU ML: 0.1762 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.0172
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 3211 5.14 %
Rwork0.1973 59296 -
obs0.1983 62507 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→57.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2535 0 0 318 2853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00582603
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88093523
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0893408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083456
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.5903357
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.470.3641340.35262526X-RAY DIFFRACTION99.07
1.47-1.490.33061420.33062536X-RAY DIFFRACTION99.89
1.49-1.520.3381330.29872531X-RAY DIFFRACTION99.92
1.52-1.550.30081420.30122559X-RAY DIFFRACTION99.96
1.55-1.570.30431400.27082540X-RAY DIFFRACTION99.96
1.57-1.60.2531360.25782560X-RAY DIFFRACTION99.89
1.6-1.640.2511200.24022558X-RAY DIFFRACTION99.89
1.64-1.670.25611250.23832564X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.710.25091330.21992522X-RAY DIFFRACTION99.85
1.71-1.750.23671460.20492555X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.80.21691500.19862580X-RAY DIFFRACTION99.96
1.8-1.850.22351350.20082543X-RAY DIFFRACTION99.96
1.85-1.910.23341440.20232560X-RAY DIFFRACTION99.89
1.91-1.980.21921290.20132576X-RAY DIFFRACTION99.93
1.98-2.060.19311340.19252591X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.160.23751360.18222578X-RAY DIFFRACTION99.96
2.16-2.270.19061480.19022570X-RAY DIFFRACTION99.96
2.27-2.410.22061480.18682576X-RAY DIFFRACTION99.96
2.41-2.60.21871510.19842589X-RAY DIFFRACTION99.96
2.6-2.860.21541320.19992620X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.270.21461420.1922621X-RAY DIFFRACTION100
3.27-4.120.18651610.1682657X-RAY DIFFRACTION100
4.12-57.450.19911500.17612784X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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