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- PDB-7z1z: MVV strand transfer complex (STC) intasome in complex with LEDGF/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z1z
タイトルMVV strand transfer complex (STC) intasome in complex with LEDGF/p75 at 3.5 A resolution
要素
  • DNA (37-MER)
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*G)-3')
  • PC4 and SFRS1-interacting protein
  • Pol polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Intasome / Integrase / MVV / Lentivirus / HIV / strand transfer complex / LEDGF / IBD / DNA / integration
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / supercoiled DNA binding / ribonuclease H / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / supercoiled DNA binding / ribonuclease H / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / heterochromatin / nuclear periphery / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / euchromatin / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral capsid / response to heat / DNA-binding transcription factor binding / DNA recombination / response to oxidative stress / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / transcription coactivator activity / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / chromatin remodeling / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / TFIIS/LEDGF domain superfamily / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain ...Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / TFIIS/LEDGF domain superfamily / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / gag protein p24 N-terminal domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / PC4 and SFRS1-interacting protein / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Visna/maedi virus EV1 KV1772 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
DNA molecule (その他)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Pye, V.E. / Ballandras-Colas, A. / Cherepanov, P.
資金援助 英国, 米国, 2件
組織認可番号国
The Francis Crick InstituteFC10061 英国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P50AI150481 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Multivalent interactions essential for lentiviral integrase function.
著者: Ballandras-Colas, A. / Chivukula, V. / Gruszka, D.T. / Shan, Z. / Singh, P.K. / Pye, V.E. / McLean, R.K. / Bedwell, G.J. / Li, W. / Nans, A. / Cook, N.J. / Fadel, H.J. / Poeschla, E.M. / ...著者: Ballandras-Colas, A. / Chivukula, V. / Gruszka, D.T. / Shan, Z. / Singh, P.K. / Pye, V.E. / McLean, R.K. / Bedwell, G.J. / Li, W. / Nans, A. / Cook, N.J. / Fadel, H.J. / Poeschla, E.M. / Griffiths, D.J. / Vargas, J. / Taylor, I.A. / Lyumkis, D. / Yardimci, H. / Engelman, A.N. / Cherepanov, P.
履歴
登録2022年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_initial_refinement_model / Item: _citation.title
改定 1.22024年7月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pol polyprotein
B: Pol polyprotein
C: Pol polyprotein
D: Pol polyprotein
E: Pol polyprotein
F: Pol polyprotein
G: Pol polyprotein
H: Pol polyprotein
R: PC4 and SFRS1-interacting protein
Q: PC4 and SFRS1-interacting protein
X: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*G)-3')
W: DNA (37-MER)
U: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*G)-3')
I: Pol polyprotein
J: Pol polyprotein
K: Pol polyprotein
L: Pol polyprotein
M: Pol polyprotein
N: Pol polyprotein
O: Pol polyprotein
P: Pol polyprotein
Y: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*G)-3')
Z: DNA (37-MER)
a: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)599,89036
ポリマ－599,10524
非ポリマー78512
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 18分子 ABCDEFGHIJKLMNOPRQ

#1: タンパク質
Pol polyprotein


分子量: 32368.826 Da / 分子数: 16 / 断片: UNP residues 821-1101 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Visna/maedi virus EV1 KV1772 (ウイルス)
株: KV1772 / 遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P35956, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ, RNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, ...参照: UniProt: P35956, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ, RNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, dUTP diphosphatase, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 PC4 and SFRS1-interacting protein / CLL-associated antigen KW-7 / Dense fine speckles 70 kDa protein / DFS 70 / Lens epithelium-derived ...CLL-associated antigen KW-7 / Dense fine speckles 70 kDa protein / DFS 70 / Lens epithelium-derived growth factor / Transcriptional coactivator p75/p52


分子量: 11075.970 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSIP1, DFS70, LEDGF, PSIP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75475

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DNA鎖 , 3種, 6分子 XYWZUa

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*G)-3')


分子量: 7064.532 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#4: DNA鎖 DNA (37-MER)


分子量: 15387.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*G)-3')


分子量: 7073.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)

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非ポリマー , 1種, 12分子

#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MVV STC intasome in complex with LEDGF / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.48 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Visna/maedi virus EV1 KV1772 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 6.5 / 詳細: 310 mM NaCl, 3 mM CaCl2, 25 mM BisTris-HCl, pH 6.5.
試料濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The intasomes were typically assembled by incubating 7 uM MVV IN, 8 uM LEDGF/p75, and 3.75 uM annealed vDNA (or the strand transfer product mimic) in 80 mM NaCl, 40 mM potassium acetate, 3 mM ...詳細: The intasomes were typically assembled by incubating 7 uM MVV IN, 8 uM LEDGF/p75, and 3.75 uM annealed vDNA (or the strand transfer product mimic) in 80 mM NaCl, 40 mM potassium acetate, 3 mM CaCl2 10 uM ZnCl2, 1 mM dithiothreitol (DTT) and 25 mM BisTris-HCl, pH 6.0 in a total volume of 200 ul at 37 deg C for 10 min (to prepare samples for cryo-EM, the reaction was upscaled to a total volume of 1 ml). The opalescent mixture was supplemented with 50 mM BisTris-HCl, pH 6.5 and 190 mM NaCl and incubated on ice for 5 min to clear. If starting volume exceeded 200 ul, the mixture was concentrated by ultrafiltration in a VivaSpin device to a final volume of 200 ul. Intasomes were purified by size exclusion chromatography through a Superdex-200 10/30 column (GE Healthcare) pre-equilibrated in 310 mM NaCl, 3 mM CaCl2, 25 mM BisTris-HCl, pH 6.5.
試料支持グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 36232 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_4213: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION2.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIXdev-4213-000モデル精密化
14Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 121619 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: interactive fitting/rebuilding in coot and real space refinement in Phenix.
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
15M0R

5m0r

15M0R1PDBexperimental model
23HPH

3hph

13HPH2PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00236711
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.49150260
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.5855685
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.045432
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0045975

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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