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- PDB-7z1g: Crystal structure of nonphosphorylated (Tyr216) GSK3b in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z1g
タイトルCrystal structure of nonphosphorylated (Tyr216) GSK3b in complex with CX-4945
要素Glycogen synthase kinase-3 beta
キーワードTRANSFERASE / Kinase / diabetes / kinase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / neuron projection organization / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / beta-catenin destruction complex disassembly / negative regulation of type B pancreatic cell development / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation ...regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / neuron projection organization / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / beta-catenin destruction complex disassembly / negative regulation of type B pancreatic cell development / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / maintenance of cell polarity / positive regulation of protein localization to centrosome / : / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of cilium assembly / negative regulation of protein acetylation / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / beta-catenin destruction complex / tau-protein kinase / CRMPs in Sema3A signaling / heart valve development / regulation of microtubule-based process / regulation of protein export from nucleus / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / Maturation of nucleoprotein / cellular response to interleukin-3 / Wnt signalosome / negative regulation of protein localization to nucleus / negative regulation of TOR signaling / regulation of long-term synaptic potentiation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Maturation of nucleoprotein / AKT phosphorylates targets in the cytosol / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of axon extension / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / negative regulation of phosphoprotein phosphatase activity / regulation of dendrite morphogenesis / establishment of cell polarity / regulation of axonogenesis / tau-protein kinase activity / glycogen metabolic process / ER overload response / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / protein kinase A catalytic subunit binding / dynactin binding / NF-kappaB binding / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of osteoblast differentiation / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of autophagy / regulation of microtubule cytoskeleton organization / regulation of cellular response to heat / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of protein export from nucleus / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of protein ubiquitination / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / hippocampus development / positive regulation of cell differentiation / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / peptidyl-threonine phosphorylation / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / positive regulation of protein-containing complex assembly / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / tau protein binding / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / regulation of circadian rhythm / beta-catenin binding / circadian rhythm / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to amyloid-beta / Regulation of RUNX2 expression and activity / neuron projection development / positive regulation of neuron apoptotic process / p53 binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / presynapse / positive regulation of protein binding / insulin receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / kinase activity
類似検索 - 分子機能
Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3NG / IMIDAZOLE / MALONATE ION / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Grygier, P. / Pustelny, K. / Dubin, G. / Czarna, A.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2019/34/E/NZ1/00467 ポーランド
National Center for Research and Development (Poland)PPN/PPO/2018/1/00046 ポーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of nonphosphorylated (Tyr216) GSK3b kinase in complex with CX-4945
著者: Grygier, P. / Pustelny, K. / Golik, P. / Popowicz, G. / Dubin, G. / Czarna, A.
履歴
登録2022年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5039
ポリマ－41,5051
非ポリマー9988
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.812, 84.812, 195.968
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Glycogen synthase kinase-3 beta / GSK-3 beta / Serine/threonine-protein kinase GSK3B


分子量: 41504.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSK3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR
参照: UniProt: P49841, tau-protein kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-3NG / 5-[(3-chlorophenyl)amino]benzo[c][2,6]naphthyridine-8-carboxylic acid / CX-4945


分子量: 349.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H12ClN3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 化学療法薬, 阻害剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.96 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.0 M Sodium acetate trihydrate 0.1 M Imidazole pH 6.5, 0.2 M di-Sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→44.18 Å / Num. obs: 17331 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 73.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 172129
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.85-310.41.8682559624620.5440.5951.9641.599.6
9.01-44.187.80.02750246460.9990.010.0295198

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GN1

6gn1


解像度: 2.85→42.42 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2283 850 4.91 %RANDOM
Rwork0.203 16445 --
obs0.2042 17295 99.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 183.2 Å2 / Biso mean: 79.6962 Å2 / Biso min: 48.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→42.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2751 0 70 88 2909
Biso mean--85.23 71.02 -
残基数----356
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.85-3.030.3791270.33122689281699
3.03-3.260.34951570.27992647280498
3.26-3.590.27531510.235626812832100
3.59-4.110.24061300.18727412871100
4.11-5.180.16061440.16232762290699
5.18-42.420.2031410.18932925306699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.55752.74013.74165.99642.72139.2073-0.0257-0.3476-0.95920.27440.20660.07210.5959-0.2186-0.02230.42580.0132-0.02450.5732-0.12180.6955-8.6743-29.669331.4982
23.25182.95861.35536.3587-1.26512.3984-0.01240.1929-0.0732-0.10940.18930.7045-0.1543-0.6448-0.15210.36960.1246-0.1080.7813-0.11580.6713-10.541-20.188731.2446
31.98020.5473-0.16742.70330.59592.92990.03570.16680.0169-0.0976-0.09190.1553-0.2943-0.19520.06060.41970.1237-0.08530.49-0.01810.39374.455-5.229934.4772
40.52821.6575-0.88735.4632-1.32059.75550.1331-0.2960.674-0.2760.47470.664-1.749-0.4246-0.45121.09540.1543-0.07710.6558-0.03870.8074.934615.749445.073
54.4567-0.538-1.0625.02081.67374.8140.02460.90630.1362-0.88810.0977-0.0177-0.77060.0056-0.06870.62240.0311-0.06140.69450.09420.45759.19470.699919.9968
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 27 through 74 )A27 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 75 through 126 )A75 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 127 through 273 )A127 - 273
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 274 through 300 )A274 - 300
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 301 through 384 )A301 - 384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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