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万見
- PDB-7z12: VAR2 complex with PAM1.4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z12
タイトルVAR2 complex with PAM1.4
要素
  • PAM1.4, Heavy Chain
  • PAM1.4, light Chain
  • VAR2CSA
キーワードCELL ADHESION / VAR2CSA / malaria
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface receptor binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, N-terminal / N-terminal segments of P. falciparum erythrocyte membrane protein / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment superfamily / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment / acidic terminal segments, variant surface antigen of PfEMP1 / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Erythrocyte membrane protein 1, PfEMP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Raghavan, S.S.R. / Wang, K.T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM reveals the conformational epitope of human monoclonal antibody PAM1.4 broadly reacting with polymorphic malarial protein VAR2CSA.
著者: Sai Sundar Rajan Raghavan / Robert Dagil / Mary Lopez-Perez / Julian Conrad / Maria Rosaria Bassi / Maria Del Pilar Quintana / Swati Choudhary / Tobias Gustavsson / Yong Wang / Pontus Gourdon ...著者: Sai Sundar Rajan Raghavan / Robert Dagil / Mary Lopez-Perez / Julian Conrad / Maria Rosaria Bassi / Maria Del Pilar Quintana / Swati Choudhary / Tobias Gustavsson / Yong Wang / Pontus Gourdon / Michael Fokuo Ofori / Sebastian Boje Christensen / Daniel Thomas Remias Minja / Christentze Schmiegelow / Morten Agertoug Nielsen / Lea Barfod / Lars Hviid / Ali Salanti / Thomas Lavstsen / Kaituo Wang /
要旨: Malaria during pregnancy is a major global health problem caused by infection with Plasmodium falciparum parasites. Severe effects arise from the accumulation of infected erythrocytes in the placenta. ...Malaria during pregnancy is a major global health problem caused by infection with Plasmodium falciparum parasites. Severe effects arise from the accumulation of infected erythrocytes in the placenta. Here, erythrocytes infected by late blood-stage parasites adhere to placental chondroitin sulphate A (CS) via VAR2CSA-type P. falciparum erythrocyte membrane protein 1 (PfEMP1) adhesion proteins. Immunity to placental malaria is acquired through exposure and mediated through antibodies to VAR2CSA. Through evolution, the VAR2CSA proteins have diversified in sequence to escape immune recognition but retained their overall macromolecular structure to maintain CS binding affinity. This structural conservation may also have allowed development of broadly reactive antibodies to VAR2CSA in immune women. Here we show the negative stain and cryo-EM structure of the only known broadly reactive human monoclonal antibody, PAM1.4, in complex with VAR2CSA. The data shows how PAM1.4's broad VAR2CSA reactivity is achieved through interactions with multiple conserved residues of different sub-domains forming conformational epitope distant from the CS binding site on the VAR2CSA core structure. Thus, while PAM1.4 may represent a class of antibodies mediating placental malaria immunity by inducing phagocytosis or NK cell-mediated cytotoxicity, it is likely that broadly CS binding-inhibitory antibodies target other epitopes at the CS binding site. Insights on both types of broadly reactive monoclonal antibodies may aid the development of a vaccine against placental malaria.
履歴
登録2022年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: PAM1.4, Heavy Chain
C: PAM1.4, light Chain
A: VAR2CSA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,3393
ポリマ－312,3393
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6070 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area97410 Å2

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要素

#1: 抗体 PAM1.4, Heavy Chain


分子量: 51554.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 PAM1.4, light Chain


分子量: 25425.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 VAR2CSA


分子量: 235359.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: FVO / 遺伝子: PFFVO_03259
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A024V5I6

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: VAR2CSA complex with PAM1.4 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.35 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4cryoSPARCCTF補正
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50000 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00618711
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.93125210
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.2522581
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0542645
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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