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万見
- PDB-7z0y: THSC20.HVTR04 Fab bound to SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z0y
タイトルTHSC20.HVTR04 Fab bound to SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain
要素
  • (THSC20.HVTR04 Fab ...) x 2
  • Spike protein S1
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / Neutralizing antibody / SARS-CoV-2 / Spike / RBD
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Wibmer, C.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/John E. Fogarty International Center (NIH/FIC)3R21TW011454-02S1 米国
引用
ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2022
タイトル: A combination of potently neutralizing monoclonal antibodies isolated from an Indian convalescent donor protects against the SARS-CoV-2 Delta variant.
著者: Nitin Hingankar / Suprit Deshpande / Payel Das / Zaigham Abbas Rizvi / Constantinos Kurt Wibmer / Poppy Mashilo / Mohammed Yousuf Ansari / Alison Burns / Shawn Barman / Fangzhu Zhao / Sohini ...著者: Nitin Hingankar / Suprit Deshpande / Payel Das / Zaigham Abbas Rizvi / Constantinos Kurt Wibmer / Poppy Mashilo / Mohammed Yousuf Ansari / Alison Burns / Shawn Barman / Fangzhu Zhao / Sohini Mukherjee / Jonathan L Torres / Souvick Chattopadhyay / Farha Mehdi / Jyoti Sutar / Deepak Kumar Rathore / Kamal Pargai / Janmejay Singh / Sudipta Sonar / Kamini Jakhar / Jyotsna Dandotiya / Sankar Bhattacharyya / Shailendra Mani / Sweety Samal / Savita Singh / Pallavi Kshetrapal / Ramachandran Thiruvengadam / Gaurav Batra / Guruprasad Medigeshi / Andrew B Ward / Shinjini Bhatnagar / Amit Awasthi / Devin Sok / Jayanta Bhattacharya /
要旨: Although efficacious vaccines have significantly reduced the morbidity and mortality of COVID-19, there remains an unmet medical need for treatment options, which monoclonal antibodies (mAbs) can ...Although efficacious vaccines have significantly reduced the morbidity and mortality of COVID-19, there remains an unmet medical need for treatment options, which monoclonal antibodies (mAbs) can potentially fill. This unmet need is exacerbated by the emergence and spread of SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) that have shown some resistance to vaccine responses. Here we report the isolation of five neutralizing mAbs from an Indian convalescent donor, out of which two (THSC20.HVTR04 and THSC20.HVTR26) showed potent neutralization of SARS-CoV-2 VOCs at picomolar concentrations, including the Delta variant (B.1.617.2). One of these (THSC20.HVTR26) also retained activity against the Omicron variant. These two mAbs target non-overlapping epitopes on the receptor-binding domain (RBD) of the spike protein and prevent virus attachment to its host receptor, human angiotensin converting enzyme-2 (hACE2). Furthermore, the mAb cocktail demonstrated protection against the Delta variant at low antibody doses when passively administered in the K18 hACE2 transgenic mice model, highlighting their potential as a cocktail for prophylactic and therapeutic applications. Developing the capacity to rapidly discover and develop mAbs effective against highly transmissible pathogens like coronaviruses at a local level, especially in a low- and middle-income country (LMIC) such as India, will enable prompt responses to future pandemics as an important component of global pandemic preparedness.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: A combination of potently neutralizing monoclonal antibodies isolated from an Indian convalescent donor protects against the SARS-CoV-2 delta variant
著者: Hingankar, N. / Deshpande, S. / Das, P. / Rizvi, Z.A. / Burns, A. / Barman, S. / Zhao, F. / Ansari, M.Y. / Mukherjee, S. / Torres, J.L. / Chattopadhyay, S. / Mehdi, F. / Sutar, J. / Rathore, ...著者: Hingankar, N. / Deshpande, S. / Das, P. / Rizvi, Z.A. / Burns, A. / Barman, S. / Zhao, F. / Ansari, M.Y. / Mukherjee, S. / Torres, J.L. / Chattopadhyay, S. / Mehdi, F. / Sutar, J. / Rathore, D.K. / Pargai, K. / Singh, J. / Sonar, S. / Jakhar, K. / Bhattacharyya, S. / Mani, S. / Singh, S. / Dandotiya, J. / Kshetrapal, P. / Thiruvengadam, R. / Batra, G. / Medigeshi, G. / Ward, A.B. / Bhatnagar, S. / Awasthi, A. / Sok, D. / Bhattacharya, J.
履歴
登録2022年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _entity_src_gen.gene_src_common_name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: THSC20.HVTR04 Fab heavy chain
L: THSC20.HVTR04 Fab light chain
R: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2306
ポリマ－70,4683
非ポリマー7633
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.157, 126.157, 167.454
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11R-729-

HOH

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 THSC20.HVTR04 Fab heavy chain


分子量: 24848.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Donor THSC20 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood / Cell: B cell / プラスミド: pcDNA3.4 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 THSC20.HVTR04 Fab light chain


分子量: 22602.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Donor THSC20 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood / Cell: B cell / プラスミド: pcDNA3.4 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 R

#3: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 23015.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Donor THSC20
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組織: Blood / Cell: B cell / 遺伝子: S, 2 / Variant: None / プラスミド: pcDNA3.4 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 67分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 1.5M ammonium sulfate, 12%(v/v) isopropanol, 0.1M imidazole HCl pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 23099 / % possible obs: 78 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 63.13 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.05634 / Rpim(I) all: 0.05634 / Rrim(I) all: 0.07968 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.95→3.05 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3401 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 691 / CC1/2: 0.598 / Rpim(I) all: 0.3089 / Rrim(I) all: 0.4368

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.95→50 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2409 1141 4.94 %
Rwork0.2187 21941 -
obs0.2198 23082 78.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 427.3 Å2 / Biso mean: 66 Å2 / Biso min: 16.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4818 0 71 65 4954
Biso mean--106.37 41.79 -
残基数----633
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.95-3.070.3845320.358986025
3.07-3.240.3281720.2907131138
3.24-3.440.27361170.2764223965
3.44-3.70.27741810.2539341699
3.7-4.080.26251840.20783471100
4.08-4.670.18881740.16993495100
4.67-5.880.20212100.18533487100
5.88-500.26141710.2406366298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7893-0.71320.51963.8264-0.34153.2341-0.14230.16250.15960.63990.0843-0.3431-0.42330.19110.02650.32410.1284-0.06380.32840.06690.306711.6551-18.675418.5881
21.50240.2020.44934.1101-0.64052.08050.0276-0.297-0.11820.2347-0.03850.3046-0.8099-0.4749-0.01720.63520.1920.09030.59230.11440.40216.7823-48.287647.2148
32.28790.258-0.12835.17520.22953.07530.08760.1714-0.2663-0.19330.1330.36720.2897-0.197-0.23340.20310.0441-0.04740.40970.04480.2963.349-36.43488.5286
41.4988-0.0032-0.5882.2104-0.27821.42570.1827-0.04950.2497-0.04080.24080.6371-0.5982-1.0284-0.16460.43890.2449-0.02250.97920.25260.7018-5.8092-47.768536.1094
51.3621-1.1557-1.07993.11841.29083.81720.11540.14520.076-0.4164-0.2513-0.2006-0.08630.32270.1620.2390.0249-0.04060.41160.13990.32817.282-7.702-18.6723
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 113 )H1 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 114 through 214 )H114 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 2 through 108 )L2 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 109 through 210 )L109 - 210
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 301 through 315 )H301 - 315
6X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 401 through 419 )L401 - 419
7X-RAY DIFFRACTION5chain 'R' and (resid 701 through 731 )R701 - 731

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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