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万見
- PDB-7z0o: Structure of transcription factor UAF in complex with TBP and 35S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z0o
タイトルStructure of transcription factor UAF in complex with TBP and 35S rRNA promoter DNA
要素
  • (RNA polymerase I-specific transcription initiation factor ...) x 3
  • Histone H3
  • Histone H4
  • Non-template DNA
  • TATA-box-binding protein
  • Template DNA
  • Upstream activation factor subunit UAF30
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription Factor / Nucleolus / Histone Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / RNA polymerase I cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / : / Regulation of TP53 Degradation / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / HATs acetylate histones / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / TFIIA-class transcription factor complex binding ...: / : / RNA polymerase I cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / : / Regulation of TP53 Degradation / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / HATs acetylate histones / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / TFIIA-class transcription factor complex binding / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / rDNA binding / HDACs deacetylate histones / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase III / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / transcription factor TFIIA complex / replication fork protection complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RMTs methylate histone arginines / Oxidative Stress Induced Senescence / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA binding, bending / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / rRNA transcription / Estrogen-dependent gene expression / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Ub-specific processing proteases / CENP-A containing nucleosome / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / structural constituent of chromatin / nucleosome / disordered domain specific binding / nucleosome assembly / chromatin organization / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / protein heterodimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn10, Saccharomycetes / Rrn9 domain / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn10 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn5 / UAF complex subunit Rrn10 / RNA polymerase I specific transcription initiation factor / DEK, C-terminal / DEK C terminal domain / SWIB domain / SWI complex, BAF60b domains ...RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn10, Saccharomycetes / Rrn9 domain / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn10 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn5 / UAF complex subunit Rrn10 / RNA polymerase I specific transcription initiation factor / DEK, C-terminal / DEK C terminal domain / SWIB domain / SWI complex, BAF60b domains / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H4 / TATA-box-binding protein / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN10 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN9 / Histone H3 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN5 / Upstream activation factor subunit UAF30
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Baudin, F. / Murciano, B. / Fung, H.K.H. / Fromm, S.A. / Mueller, C.W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND664726 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Mechanism of RNA polymerase I selection by transcription factor UAF.
著者: Florence Baudin / Brice Murciano / Herman K H Fung / Simon A Fromm / Simone Mattei / Julia Mahamid / Christoph W Müller /
要旨: Preribosomal RNA is selectively transcribed by RNA polymerase (Pol) I in eukaryotes. The yeast transcription factor upstream activating factor (UAF) represses Pol II transcription and mediates Pol I ...Preribosomal RNA is selectively transcribed by RNA polymerase (Pol) I in eukaryotes. The yeast transcription factor upstream activating factor (UAF) represses Pol II transcription and mediates Pol I preinitiation complex (PIC) formation at the 35 ribosomal RNA gene. To visualize the molecular intermediates toward PIC formation, we determined the structure of UAF in complex with native promoter DNA and transcription factor TATA-box-binding protein (TBP). We found that UAF recognizes DNA using a hexameric histone-like scaffold with markedly different interactions compared with the nucleosome and the histone-fold-rich transcription factor IID (TFIID). In parallel, UAF positions TBP for Core Factor binding, which leads to Pol I recruitment, while sequestering it from DNA and Pol II/III-specific transcription factors. Our work thus reveals the structural basis of RNA Pol selection by a transcription factor.
履歴
登録2022年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3
B: Histone H4
C: Histone H3
D: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN5
E: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN9
F: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN10
G: Upstream activation factor subunit UAF30
H: TATA-box-binding protein
N: Non-template DNA
T: Template DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,98310
ポリマ－289,98310
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 5分子 ACBGH

#1: タンパク質 Histone H3


分子量: 15391.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
遺伝子: HHT1, YBR010W, YBR0201, HHT2, SIN2, YNL031C, N2749
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61830
#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 11395.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HHF1, YBR009C, YBR0122, HHF2, YNL030W, N2752 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02309
#6: タンパク質 Upstream activation factor subunit UAF30 / Upstream activation factor 30 KDa subunit / p30


分子量: 26014.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: UAF30, YOR295W / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08747
#7: タンパク質 TATA-box-binding protein / TATA sequence-binding protein / TBP / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription factor ...TATA sequence-binding protein / TBP / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription factor D / Transcription initiation factor TFIID TBP subunit


分子量: 27237.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SPT15, BTF1, TBP1, YER148W / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P13393

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RNA polymerase I-specific transcription initiation factor ... , 3種, 3分子 DEF

#3: タンパク質 RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN5


分子量: 41873.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRN5, YLR141W, L3165, L9606.3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02983
#4: タンパク質 RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN9


分子量: 42964.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRN9, YMR270C, YM8156.12C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P53437
#5: タンパク質 RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN10


分子量: 16525.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRN10, YBL025W, YBL0426 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38204

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DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#8: DNA鎖 Non-template DNA


分子量: 47265.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 854429
#9: DNA鎖 Template DNA


分子量: 45924.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 854429

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Upstream Activating Factor (UAF) bound to TBP and promoter DNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.2
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
130 mMHEPES1
230 mMSodium Citrate1
3250 mMPotassium Chloride1
42 mMDTT1
50.1 %LMNG1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 49.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM3.8画像取得
4cryoSPARCCTF補正
5RELIONCTF補正
11cryoSPARC初期オイラー角割当
12RELION初期オイラー角割当
13RELION3.1.2最終オイラー角割当
14RELION3.1.2分類
15RELION3.1.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 193226 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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