PDB-7z0n: Structure-Based Design of a Novel Class of Autotaxin Inhibitors B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z0n

タイトル

Structure-Based Design of a Novel Class of Autotaxin Inhibitors Based on Endogenous Allosteric Modulators

要素

Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2

キーワード

HYDROLASE / Autotaxin / ENPP2 / lysophosphatidic acid / steroid / cancer / fibrosis

機能・相同性

機能・相同性情報

response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipase D / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / phospholipase D activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Salgado-Polo, F. / Clark, J.M. / Macdonald, S.J.F. / Barrett, T.N. / Perrakis, A. / Jamieson, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structure-Based Design of a Novel Class of Autotaxin Inhibitors Based on Endogenous Allosteric Modulators.
著者: Clark, J.M. / Salgado-Polo, F. / Macdonald, S.J.F. / Barrett, T.N. / Perrakis, A. / Jamieson, C.

履歴

登録	2022年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z0n.cif.gz	609.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z0n.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z0n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7z0n_validation.pdf.gz	1001.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7z0n_full_validation.pdf.gz	1013.7 KB	表示
XML形式データ	7z0n_validation.xml.gz	34 KB	表示
CIF形式データ	7z0n_validation.cif.gz	48.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/7z0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/7z0n	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5xr9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (1)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2

ヘテロ分子

96.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.788, 89.607, 77.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.908, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD 分子量: 92576.094 Da / 分子数: 1 / 変異: N53A N410A N806A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Atx, Npps2 / プラスミド: pcDNA5.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q64610, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase

#1: タンパク質

Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD

分子量: 92576.094 Da / 分子数: 1 / 変異: N53A N410A N806A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Atx, Npps2 / プラスミド: pcDNA5.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q64610, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1_d6-g1_e2-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆

-
非ポリマー , 8種, 293分子

#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#8: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#10: 化合物	ChemComp-I8K / [4-[1-[(4~{R})-4-[(3~{R},5~{S},7~{S},8~{R},9~{S},10~{S},13~{R},14~{S},17~{R})-10,13-dimethyl-3,7-bis(oxidanyl)-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1~{H}-cyclopenta[a]phenanthren-17-yl]pentanoyl]piperidin-4-yl]oxyphenyl]-bis(oxidanyl)-$l^{4}-borane 分子量: 596.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₅₅BNO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: ATX was incubated with each screened compound at a 1:10 (protein:compound) ratio for at least 30 minutes. Crystals were grown for at least 7 days in a 24-well optimization screen: 18 to 20% ...詳細: ATX was incubated with each screened compound at a 1:10 (protein:compound) ratio for at least 30 minutes. Crystals were grown for at least 7 days in a 24-well optimization screen: 18 to 20% PEG 3350, 0.1 to 0.4 M NaSCN, and 0.1 to 0.4 M NH4I.

結晶

マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.37 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: ATX was incubated with each screened compound at a 1:10 (protein:compound) ratio for at least 30 minutes. Crystals were grown for at least 7 days in a 24-well optimization screen: 18 to 20% ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 0.999995 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.999995 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→46.13 Å / Num. obs: 32870 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.982 / R_merge(I) obs: 0.099 / R_pim(I) all: 0.093 / R_rim(I) all: 0.136 / Net I/av σ(I): 7.8 / Net I/σ(I): 7.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.5 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
8.98-46.13	0.041	22.2	651	0.978	0.04	0.057	99.3
2.4-2.49	0.621	1.7	3460	0.76	0.576	0.849	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
MolProbity		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XR9

5xr9

解像度: 2.4→46.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 26.939 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.657 / ESU R Free: 0.301 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	1631	4.965 %
R_work	0.1978	31221	-
all	0.201	-	-
obs	-	32852	99.933 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.694 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.47 Å²	0 Å²	0.565 Å²
2-	-	3.491 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.158 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6381	0	194	271	6846

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	6805
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.015	6141
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.484	1.675	9216
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.227	1.597	14239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.247	5	796
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.532	21.518	369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.258	15	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.435	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	870
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7487
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	6109
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	3209
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2966
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	305
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.009	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.226	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.237	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.234	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.716	2.387	3184
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.707	2.382	3177
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.611	3.572	3970
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.611	3.572	3970
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.806	2.554	3621
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.806	2.554	3621
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.744	3.762	5244
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.744	3.762	5244
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.806	28.552	7585
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.789	28.443	7561

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.388	108	0.283	2305	X-RAY DIFFRACTION	100
2.462-2.53	0.321	131	0.284	2242	X-RAY DIFFRACTION	99.9579
2.53-2.603	0.31	124	0.258	2172	X-RAY DIFFRACTION	100
2.603-2.683	0.329	104	0.252	2111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.771	0.294	102	0.234	2040	X-RAY DIFFRACTION	100
2.771-2.868	0.259	112	0.229	2007	X-RAY DIFFRACTION	100
2.868-2.976	0.29	105	0.233	1904	X-RAY DIFFRACTION	100
2.976-3.098	0.312	100	0.226	1824	X-RAY DIFFRACTION	99.7925
3.098-3.235	0.245	73	0.213	1795	X-RAY DIFFRACTION	99.8397
3.235-3.393	0.297	82	0.195	1699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.393-3.576	0.213	81	0.178	1614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.576-3.793	0.244	82	0.174	1514	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.793-4.054	0.278	81	0.175	1442	X-RAY DIFFRACTION	100
4.054-4.378	0.218	74	0.16	1333	X-RAY DIFFRACTION	99.7872
4.378-4.795	0.24	78	0.154	1216	X-RAY DIFFRACTION	100
4.795-5.359	0.234	53	0.152	1113	X-RAY DIFFRACTION	99.8288
5.359-6.184	0.264	49	0.187	1006	X-RAY DIFFRACTION	100
6.184-7.565	0.235	43	0.192	836	X-RAY DIFFRACTION	100
7.565-10.661	0.154	29	0.155	667	X-RAY DIFFRACTION	100
10.661-46.13	0.255	20	0.189	380	X-RAY DIFFRACTION	98.7654

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 13.6499 Å / Origin y: -0.124 Å / Origin z: 16.2647 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0459 Å²	-0.0203 Å²	-0.0244 Å²	-	0.1985 Å²	0.007 Å²	-	-	0.0172 Å²
L	1.3741 °²	-0.1917 °²	0.5692 °²	-	0.8642 °²	-0.4125 °²	-	-	2.1967 °²
S	0.0449 Å °	-0.1133 Å °	-0.0407 Å °	0.0215 Å °	0.0241 Å °	-0.0118 Å °	-0.0395 Å °	-0.0491 Å °	-0.069 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	56 - 860
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AaA	901
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AbA	902
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AcA	903
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AdA	1205
6	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AeA	1003
7	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AfA	1005
8	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AgA	1202
9	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AhA	1007
10	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AiA	904
11	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AjA	905
12	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AkA	907
13	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AlA	908
14	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AmA	909
15	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AnA	910
16	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AoA	915
17	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ApA	918
18	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AqA	920
19	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ArA	922
20	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AsA	925
21	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AtA	926
22	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AuA	928
23	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AvA	929
24	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AwA	930
25	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AxA	933
26	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AyA	935
27	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AzA	937
28	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ABA	1001
29	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ACA	1101
30	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ADA	1203

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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