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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z0n | ||||||
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タイトル | Structure-Based Design of a Novel Class of Autotaxin Inhibitors Based on Endogenous Allosteric Modulators | ||||||
要素 | Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Autotaxin / ENPP2 / lysophosphatidic acid (リゾホスファチジン酸) / steroid (ステロイド) / cancer (悪性腫瘍) / fibrosis (線維症) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity ...response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / polysaccharide binding / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of focal adhesion assembly / estrous cycle / phospholipid metabolic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell migration / cellular response to cadmium ion / cell chemotaxis / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / nucleic acid binding / 免疫応答 / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Salgado-Polo, F. / Clark, J.M. / Macdonald, S.J.F. / Barrett, T.N. / Perrakis, A. / Jamieson, A. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Structure-Based Design of a Novel Class of Autotaxin Inhibitors Based on Endogenous Allosteric Modulators. 著者: Clark, J.M. / Salgado-Polo, F. / Macdonald, S.J.F. / Barrett, T.N. / Perrakis, A. / Jamieson, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7z0n.cif.gz | 608.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7z0n.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7z0n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/7z0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/7z0n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5xr9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 AAA
#1: タンパク質 | 分子量: 92576.094 Da / 分子数: 1 / 変異: N53A N410A N806A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Atx, Npps2 / プラスミド: pcDNA5.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q64610, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
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#3: 糖 | ChemComp-MAN / |
-非ポリマー , 8種, 293分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CA / | #6: 化合物 | ChemComp-IOD / #7: 化合物 | ChemComp-SCN / #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-GOL / #10: 化合物 | ChemComp-I8K / [ | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: ATX was incubated with each screened compound at a 1:10 (protein:compound) ratio for at least 30 minutes. Crystals were grown for at least 7 days in a 24-well optimization screen: 18 to 20% ...詳細: ATX was incubated with each screened compound at a 1:10 (protein:compound) ratio for at least 30 minutes. Crystals were grown for at least 7 days in a 24-well optimization screen: 18 to 20% PEG 3350, 0.1 to 0.4 M NaSCN, and 0.1 to 0.4 M NH4I. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999995 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月5日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.999995 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→46.13 Å / Num. obs: 32870 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/av σ(I): 7.8 / Net I/σ(I): 7.8 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.5 %
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5XR9 解像度: 2.4→46.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 26.939 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.657 / ESU R Free: 0.301 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.694 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 13.6499 Å / Origin y: -0.124 Å / Origin z: 16.2647 Å
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精密化 TLSグループ |
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