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- PDB-7z0n: Structure-Based Design of a Novel Class of Autotaxin Inhibitors B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z0n
タイトルStructure-Based Design of a Novel Class of Autotaxin Inhibitors Based on Endogenous Allosteric Modulators
要素Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Autotaxin / ENPP2 / lysophosphatidic acid (リゾホスファチジン酸) / steroid (ステロイド) / cancer (悪性腫瘍) / fibrosis (線維症)
機能・相同性
機能・相同性情報


response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity ...response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / polysaccharide binding / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of focal adhesion assembly / estrous cycle / phospholipid metabolic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell migration / cellular response to cadmium ion / cell chemotaxis / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / nucleic acid binding / 免疫応答 / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A ...Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I8K / IODIDE ION / alpha-D-mannopyranose / THIOCYANATE ION / Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Salgado-Polo, F. / Clark, J.M. / Macdonald, S.J.F. / Barrett, T.N. / Perrakis, A. / Jamieson, A.
資金援助1件
組織認可番号
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / : 2022
タイトル: Structure-Based Design of a Novel Class of Autotaxin Inhibitors Based on Endogenous Allosteric Modulators.
著者: Clark, J.M. / Salgado-Polo, F. / Macdonald, S.J.F. / Barrett, T.N. / Perrakis, A. / Jamieson, C.
履歴
登録2022年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,14625
ポリマ-92,5761
非ポリマー3,56924
4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.788, 89.607, 77.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.908, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD


分子量: 92576.094 Da / 分子数: 1 / 変異: N53A N410A N806A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Atx, Npps2 / プラスミド: pcDNA5.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q64610, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase

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, 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1_d6-g1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス / マンノース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 8種, 293分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#6: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : I
#7: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン / チオシアン酸塩


分子量: 58.082 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : CNS
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#9: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#10: 化合物 ChemComp-I8K / [4-[1-[(4~{R})-4-[(3~{R},5~{S},7~{S},8~{R},9~{S},10~{S},13~{R},14~{S},17~{R})-10,13-dimethyl-3,7-bis(oxidanyl)-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1~{H}-cyclopenta[a]phenanthren-17-yl]pentanoyl]piperidin-4-yl]oxyphenyl]-bis(oxidanyl)-$l^{4}-borane


分子量: 596.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C35H55BNO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: ATX was incubated with each screened compound at a 1:10 (protein:compound) ratio for at least 30 minutes. Crystals were grown for at least 7 days in a 24-well optimization screen: 18 to 20% ...詳細: ATX was incubated with each screened compound at a 1:10 (protein:compound) ratio for at least 30 minutes. Crystals were grown for at least 7 days in a 24-well optimization screen: 18 to 20% PEG 3350, 0.1 to 0.4 M NaSCN, and 0.1 to 0.4 M NH4I.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999995 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.13 Å / Num. obs: 32870 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/av σ(I): 7.8 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.5 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
8.98-46.130.04122.26510.9780.040.05799.3
2.4-2.490.6211.734600.760.5760.849100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
MolProbityモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XR9
解像度: 2.4→46.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 26.939 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.657 / ESU R Free: 0.301 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 1631 4.965 %
Rwork0.1978 31221 -
all0.201 --
obs-32852 99.933 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 45.694 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.47 Å20 Å20.565 Å2
2--3.491 Å20 Å2
3----1.158 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6381 0 194 271 6846
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0136805
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0156141
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4841.6759216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2271.59714239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2475796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.53221.518369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.258151102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4351548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027487
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021572
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21471
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1980.26109
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.23209
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0860.22966
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0090.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2260.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2370.223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2340.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.190.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7162.3873184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7072.3823177
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6113.5723970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6113.5723970
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8062.5543621
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8062.5543621
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7443.7625244
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7443.7625244
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.80628.5527585
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.78928.4437561
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.4620.3881080.2832305X-RAY DIFFRACTION100
2.462-2.530.3211310.2842242X-RAY DIFFRACTION99.9579
2.53-2.6030.311240.2582172X-RAY DIFFRACTION100
2.603-2.6830.3291040.2522111X-RAY DIFFRACTION100
2.683-2.7710.2941020.2342040X-RAY DIFFRACTION100
2.771-2.8680.2591120.2292007X-RAY DIFFRACTION100
2.868-2.9760.291050.2331904X-RAY DIFFRACTION100
2.976-3.0980.3121000.2261824X-RAY DIFFRACTION99.7925
3.098-3.2350.245730.2131795X-RAY DIFFRACTION99.8397
3.235-3.3930.297820.1951699X-RAY DIFFRACTION100
3.393-3.5760.213810.1781614X-RAY DIFFRACTION100
3.576-3.7930.244820.1741514X-RAY DIFFRACTION99.75
3.793-4.0540.278810.1751442X-RAY DIFFRACTION100
4.054-4.3780.218740.161333X-RAY DIFFRACTION99.7872
4.378-4.7950.24780.1541216X-RAY DIFFRACTION100
4.795-5.3590.234530.1521113X-RAY DIFFRACTION99.8288
5.359-6.1840.264490.1871006X-RAY DIFFRACTION100
6.184-7.5650.235430.192836X-RAY DIFFRACTION100
7.565-10.6610.154290.155667X-RAY DIFFRACTION100
10.661-46.130.255200.189380X-RAY DIFFRACTION98.7654
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.6499 Å / Origin y: -0.124 Å / Origin z: 16.2647 Å
111213212223313233
T0.0459 Å2-0.0203 Å2-0.0244 Å2-0.1985 Å20.007 Å2--0.0172 Å2
L1.3741 °2-0.1917 °20.5692 °2-0.8642 °2-0.4125 °2--2.1967 °2
S0.0449 Å °-0.1133 Å °-0.0407 Å °0.0215 Å °0.0241 Å °-0.0118 Å °-0.0395 Å °-0.0491 Å °-0.069 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA56 - 860
2X-RAY DIFFRACTION1ALLAaA901
3X-RAY DIFFRACTION1ALLAbA902
4X-RAY DIFFRACTION1ALLAcA903
5X-RAY DIFFRACTION1ALLAdA1205
6X-RAY DIFFRACTION1ALLAeA1003
7X-RAY DIFFRACTION1ALLAfA1005
8X-RAY DIFFRACTION1ALLAgA1202
9X-RAY DIFFRACTION1ALLAhA1007
10X-RAY DIFFRACTION1ALLAiA904
11X-RAY DIFFRACTION1ALLAjA905
12X-RAY DIFFRACTION1ALLAkA907
13X-RAY DIFFRACTION1ALLAlA908
14X-RAY DIFFRACTION1ALLAmA909
15X-RAY DIFFRACTION1ALLAnA910
16X-RAY DIFFRACTION1ALLAoA915
17X-RAY DIFFRACTION1ALLApA918
18X-RAY DIFFRACTION1ALLAqA920
19X-RAY DIFFRACTION1ALLArA922
20X-RAY DIFFRACTION1ALLAsA925
21X-RAY DIFFRACTION1ALLAtA926
22X-RAY DIFFRACTION1ALLAuA928
23X-RAY DIFFRACTION1ALLAvA929
24X-RAY DIFFRACTION1ALLAwA930
25X-RAY DIFFRACTION1ALLAxA933
26X-RAY DIFFRACTION1ALLAyA935
27X-RAY DIFFRACTION1ALLAzA937
28X-RAY DIFFRACTION1ALLABA1001
29X-RAY DIFFRACTION1ALLACA1101
30X-RAY DIFFRACTION1ALLADA1203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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