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万見
- PDB-7z0j: human PEX13 SH3 domain in complex with internal FxxxF motif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z0j
タイトルhuman PEX13 SH3 domain in complex with internal FxxxF motif
要素Peroxisomal membrane protein PEX13
キーワードPROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-based peroxisome localization / protein import into peroxisome matrix, translocation / peroxisomal importomer complex / protein import into peroxisome matrix, docking / Class I peroxisomal membrane protein import / fatty acid alpha-oxidation / peroxisomal membrane / suckling behavior / cerebral cortex cell migration / protein transmembrane transporter activity ...microtubule-based peroxisome localization / protein import into peroxisome matrix, translocation / peroxisomal importomer complex / protein import into peroxisome matrix, docking / Class I peroxisomal membrane protein import / fatty acid alpha-oxidation / peroxisomal membrane / suckling behavior / cerebral cortex cell migration / protein transmembrane transporter activity / locomotory behavior / Peroxisomal protein import / neuron migration / cellular response to reactive oxygen species / peroxisome / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxin 13, N-terminal / Peroxin 13 / Peroxin 13, N-terminal region / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisomal membrane protein PEX13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gaussmann, S. / Zak, K. / Kreisz, N. / Sattler, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)FOR1905 ドイツ
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Intramolecular autoinhibition of human PEX13 modulates peroxisomal import
著者: Gaussmann, S. / Ott, J. / Zak, K.M. / Delhommel, F. / Popowicz, G.M. / Schliebs, W. / Erdmann, R. / Sattler, M.
履歴
登録2022年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisomal membrane protein PEX13
B: Peroxisomal membrane protein PEX13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3345
ポリマ－23,1472
非ポリマー1863
水1,35175
1
A: Peroxisomal membrane protein PEX13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6362
ポリマ－11,5741
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peroxisomal membrane protein PEX13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6983
ポリマ－11,5741
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.808, 86.808, 65.436
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1AA265 - 3745 - 100
2BB265 - 3445 - 84

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要素

#1: タンパク質 Peroxisomal membrane protein PEX13 / Peroxin-13


分子量: 11573.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEX13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92968
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Sodium chloride 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000029 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000029 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.41 Å / Num. obs: 12998 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.296 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allDiffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
2.3-2.3812500.6520.5581100
8.91-49.412620.9990.01111000.049

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7Z0I

7z0i


解像度: 2.3→49.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 6.496 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2278 615 4.7 %RANDOM
Rwork0.1855 ---
obs0.1875 12361 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 115.21 Å2 / Biso mean: 42.331 Å2 / Biso min: 24.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.11 Å20.55 Å20 Å2
2--1.11 Å2-0 Å2
3----3.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→49.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1326 0 12 75 1413
Biso mean--58.36 44.31 -
残基数----170
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0131356
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0151307
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5251.6361821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2851.5913000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.075167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.55122.63276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.08715236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4761510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021535
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02313
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2238 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 47 -
Rwork0.298 893 -
all-940 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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