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- PDB-7z0d: Crystal structure of the L state of bacteriorhodopsin at 1.20 Ang... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z0d
タイトルCrystal structure of the L state of bacteriorhodopsin at 1.20 Angstrom resolution
要素Bacteriorhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / rhodopsin / retinal / microbial rhodopsin / ion transport / proton pump / photocycle / ultrahigh resolution
機能・相同性
機能・相同性情報


light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / photoreceptor activity / phototransduction / monoatomic ion channel activity / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
EICOSANE / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Borshchevskiy, V. / Kovalev, K. / Round, E. / Efremov, R. / Bourenkov, G. / Gordeliy, V.
資金援助 フランス, ロシア, 6件
組織認可番号国
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-05-02 フランス
Russian Foundation for Basic Research18-02-40020 ロシア
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation075-15-2021-1354 ロシア
Russian Science Foundation21-64-00018 ロシア
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation075-00958-21-05/730000F.99.1.BV10AA00006 ロシア
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation075-00337-20-03/FSMG-2020-0003 ロシア
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: True-atomic-resolution insights into the structure and functional role of linear chains and low-barrier hydrogen bonds in proteins.
著者: Borshchevskiy, V. / Kovalev, K. / Round, E. / Efremov, R. / Astashkin, R. / Bourenkov, G. / Bratanov, D. / Balandin, T. / Chizhov, I. / Baeken, C. / Gushchin, I. / Kuzmin, A. / Alekseev, A. / ...著者: Borshchevskiy, V. / Kovalev, K. / Round, E. / Efremov, R. / Astashkin, R. / Bourenkov, G. / Bratanov, D. / Balandin, T. / Chizhov, I. / Baeken, C. / Gushchin, I. / Kuzmin, A. / Alekseev, A. / Rogachev, A. / Willbold, D. / Engelhard, M. / Bamberg, E. / Buldt, G. / Gordeliy, V.
履歴
登録2022年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,93328
ポリマ－27,0821
非ポリマー7,85127
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7180 Å2
ΔGint63 kcal/mol
Surface area11330 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)60.920, 60.920, 110.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin / BR / Bacterioopsin / BO


分子量: 27081.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Halobacterium salinarum (好塩性) / 株: ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1 / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物...
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: Na2HPO4 (5%) and KH2PO4 (95%)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→29.36 Å / Num. obs: 69741 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.205 % / Biso Wilson estimate: 20.57 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 20.76 / Num. measured all: 432771 / Scaling rejects: 496
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.2-1.231.6331.9260.396369529239010.1772.55173.7
1.23-1.261.931.8240.498874520445980.2772.36888.4
1.26-1.32.3941.0810.911581505648380.4121.36295.7
1.3-1.343.0571.0931.1214679489948020.5071.32198
1.34-1.394.0120.9231.6219127478447680.6481.06499.7
1.39-1.435.5230.7222.6125098454545440.8290.797100
1.43-1.495.7370.4893.8325610446744640.8810.53899.9
1.49-1.555.7540.3815.0524575427342710.9340.419100
1.55-1.625.7750.2737.0623549408040780.960.3100
1.62-1.75.8140.1839.8522929394439440.9810.2100
1.7-1.795.8340.13213.0721777373337330.990.145100
1.79-1.95.8560.09816.9520450350234920.9950.10799.7
1.9-2.0310.6350.21528.0635320332533210.9970.22699.9
2.03-2.1911.9810.12543.0736915308130810.9990.131100
2.19-2.411.8810.08953.3733420283128130.9990.09399.4
2.4-2.6812.0060.05767.17311672596259610.06100
2.68-3.111.980.03882.32271952270227010.04100
3.1-3.7911.4630.025103.05219861918191810.027100
3.79-5.379.660.017115.84144131492149210.019100
5.37-29.369.470.017113.43773783681710.01897.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1C3W

1c3w


解像度: 1.2→29.36 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1739 2231 3.27 %
Rwork0.154 66009 -
obs0.1547 68240 94.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.03 Å2 / Biso mean: 30.8392 Å2 / Biso min: 7.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→29.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1785 0 635 98 2518
Biso mean--53.85 45.3 -
残基数----230
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.2-1.230.4429720.42032008208046
1.23-1.250.3531130.40193413352679
1.25-1.290.37491380.3474087422594
1.29-1.320.33331480.32384228437697
1.32-1.360.3141310.29664306443799
1.36-1.40.27311500.236543684518100
1.4-1.450.24051490.199543594508100
1.45-1.510.20491410.16743104451100
1.51-1.580.20721470.151543674514100
1.58-1.660.15521510.134643554506100
1.66-1.770.14861490.126543514500100
1.77-1.90.15831480.132843764524100
1.9-2.10.16811490.133143544503100
2.1-2.40.14011440.127843334477100
2.4-3.020.14241480.127943874535100
3.02-29.360.15421530.140744074560100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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