[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7z0c: Crystal structure of the K state of bacteriorhodopsin at 1.53 Ang... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7z0c | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the K state of bacteriorhodopsin at 1.53 Angstrom resolution | ||||||||||||||||||
![]() | Bacteriorhodopsin | ||||||||||||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / rhodopsin / retinal / microbial rhodopsin / ion transport / proton pump / photocycle / ultrahigh resolution | ||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Borshchevskiy, V. / Kovalev, K. / Round, E. / Efremov, R. / Bourenkov, G. / Gordeliy, V. | ||||||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
| ||||||||||||||||||
![]() | ![]() Title: True-atomic-resolution insights into the structure and functional role of linear chains and low-barrier hydrogen bonds in proteins. Authors: Borshchevskiy, V. / Kovalev, K. / Round, E. / Efremov, R. / Astashkin, R. / Bourenkov, G. / Bratanov, D. / Balandin, T. / Chizhov, I. / Baeken, C. / Gushchin, I. / Kuzmin, A. / Alekseev, A. ...Authors: Borshchevskiy, V. / Kovalev, K. / Round, E. / Efremov, R. / Astashkin, R. / Bourenkov, G. / Bratanov, D. / Balandin, T. / Chizhov, I. / Baeken, C. / Gushchin, I. / Kuzmin, A. / Alekseev, A. / Rogachev, A. / Willbold, D. / Engelhard, M. / Bamberg, E. / Buldt, G. / Gordeliy, V. | ||||||||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 185.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 151.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 4.1 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 4.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 21.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7z09C ![]() 7z0aC ![]() 7z0dC ![]() 7z0eC ![]() 1c3wS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 27081.840 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-LFA / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-OLA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.64 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase / Details: Na2HPO4 (5%) and KH2PO4 (95%) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Feb 5, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.53→38.11 Å / Num. obs: 30368 / % possible obs: 85 % / Redundancy: 3.059 % / Biso Wilson estimate: 35.473 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.971 / Net I/σ(I): 13.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1C3W Resolution: 1.53→38.11 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.53 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 101.01 Å2 / Biso mean: 37.1906 Å2 / Biso min: 16.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.53→38.11 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
|