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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z0b | ||||||
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タイトル | Solution NMR structure of N-acetylglucosaminyltransferase V (GnTV) G22L and G26L double mutant TMD | ||||||
要素 | Alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / GnTV / TMD / Golgi / Glycosyltransferase / intramembrane / SPPL3 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase / alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity / N-Glycan antennae elongation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / : / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / protein phosphatase inhibitor activity / manganese ion binding / Maturation of spike protein ...alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase / alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity / N-Glycan antennae elongation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / : / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / protein phosphatase inhibitor activity / manganese ion binding / Maturation of spike protein / viral protein processing / positive regulation of cell migration / Golgi membrane / Golgi apparatus / extracellular exosome / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Silber, M. / Muhle-Goll, C. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022 タイトル: Helical stability of the GnTV transmembrane domain impacts on SPPL3 dependent cleavage. 著者: Papadopoulou, A.A. / Stelzer, W. / Silber, M. / Schlosser, C. / Spitz, C. / Haug-Kroper, M. / Straub, T. / Muller, S.A. / Lichtenthaler, S.F. / Muhle-Goll, C. / Langosch, D. / Fluhrer, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7z0b.cif.gz | 583.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7z0b.ent.gz | 499.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7z0b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7z0b_validation.pdf.gz | 378.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7z0b_full_validation.pdf.gz | 551 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7z0b_validation.xml.gz | 19.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7z0b_validation.cif.gz | 33.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/7z0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/7z0b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7yyiC 7z07C 7z08C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3663.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q09328, alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 500 uM GNTV_G22LG26L, trifluoroethanol/water / 詳細: 80% TFE, 20% H2O / Label: GNTV_G22LG26L / 溶媒系: trifluoroethanol/water |
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試料 | 濃度: 500 uM / 構成要素: GNTV_G22LG26L / Isotopic labeling: none |
試料状態 | イオン強度: 1 Not defined / Label: GNTV_G22LG26L / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: cryo probe |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 50 |