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- PDB-7z09: Crystal structure of the ground state of bacteriorhodopsin at 1.0... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7z09 | |||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of the ground state of bacteriorhodopsin at 1.05 Angstrom resolution | |||||||||||||||||||||
![]() | Bacteriorhodopsin![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Borshchevskiy, V. / Kovalev, K. / Round, E. / Efremov, R. / Bourenkov, G. / Gordeliy, V. | |||||||||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: True-atomic-resolution insights into the structure and functional role of linear chains and low-barrier hydrogen bonds in proteins. Authors: Borshchevskiy, V. / Kovalev, K. / Round, E. / Efremov, R. / Astashkin, R. / Bourenkov, G. / Bratanov, D. / Balandin, T. / Chizhov, I. / Baeken, C. / Gushchin, I. / Kuzmin, A. / Alekseev, A. ...Authors: Borshchevskiy, V. / Kovalev, K. / Round, E. / Efremov, R. / Astashkin, R. / Bourenkov, G. / Bratanov, D. / Balandin, T. / Chizhov, I. / Baeken, C. / Gushchin, I. / Kuzmin, A. / Alekseev, A. / Rogachev, A. / Willbold, D. / Engelhard, M. / Bamberg, E. / Buldt, G. / Gordeliy, V. | |||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 182.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 147.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7z0aC ![]() 7z0cC ![]() 7z0dC ![]() 7z0eC ![]() 1c3wS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 27081.840 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() | ||||||||
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#2: Chemical | ChemComp-LFA / ![]() #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-OLA / | ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.25 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 5.6 / Details: Na2HPO4 (5%) and KH2PO4 (95%) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Apr 22, 2002 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.05→30.13 Å / Num. obs: 106346 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6.255 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.852 / Net I/σ(I): 9.36 / Num. measured all: 665238 / Scaling rejects: 2324 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 1c3w Resolution: 1.05→30.13 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.92 / Phase error: 24.84 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 101.23 Å2 / Biso mean: 26.1971 Å2 / Biso min: 9.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.05→30.13 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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