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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yzz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Vibrio alkaline phosphatase in 0.5 M NaCl | ||||||
要素 | Alkaline phosphatase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Phosphatase / Chloride | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vibrio sp. G15-21 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å | ||||||
データ登録者 | Markusson, S. / Hjorleifsson, J.G. / Kursula, P. / Asgeirsson, B. | ||||||
資金援助 | Iceland, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022 タイトル: Structural Characterization of Functionally Important Chloride Binding Sites in the Marine Vibrio Alkaline Phosphatase. 著者: Markusson, S. / Hjorleifsson, J.G. / Kursula, P. / Asgeirsson, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yzz.cif.gz | 683.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yzz.ent.gz | 501.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yzz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7yzz_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7yzz_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7yzz_validation.xml.gz | 42.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7yzz_validation.cif.gz | 64.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/7yzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/7yzz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7qowC 7qp8C 7z00C 3e2dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
実験データセット #1 | データ参照: 10.5281/zenodo.5878920 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 56626.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Submitted sequence contains the C-terminal StrepTag-II included in the crystallised construct, but was not built into the model due to lack of electron density 由来: (組換発現) Vibrio sp. G15-21 (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): LEMO21 / 参照: UniProt: Q93P54 |
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-非ポリマー , 6種, 791分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 26% PEG3350, 0.5 M NaCl, 1.0 M Tris pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.29→39.31 Å / Num. obs: 1574856 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.45 % / Biso Wilson estimate: 16.87 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 15.32 |
反射 シェル | 解像度: 1.29→1.32 Å / Num. unique obs: 53734 / CC1/2: 0.584 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3E2D 解像度: 1.29→39.31 Å / SU ML: 0.1058 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.1181 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.29→39.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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