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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yzy | |||||||||
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タイトル | pMMO structure from native membranes by cryoET and STA | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / pMMO / array / native membranes | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methane monooxygenase (particulate) / monooxygenase activity / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhu, Y. / Ni, T. / Zhang, P. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structure and activity of particulate methane monooxygenase arrays in methanotrophs. 著者: Yanan Zhu / Christopher W Koo / C Keith Cassidy / Matthew C Spink / Tao Ni / Laura C Zanetti-Domingues / Benji Bateman / Marisa L Martin-Fernandez / Juan Shen / Yuewen Sheng / Yun Song / ...著者: Yanan Zhu / Christopher W Koo / C Keith Cassidy / Matthew C Spink / Tao Ni / Laura C Zanetti-Domingues / Benji Bateman / Marisa L Martin-Fernandez / Juan Shen / Yuewen Sheng / Yun Song / Zhengyi Yang / Amy C Rosenzweig / Peijun Zhang / 要旨: Methane-oxidizing bacteria play a central role in greenhouse gas mitigation and have potential applications in biomanufacturing. Their primary metabolic enzyme, particulate methane monooxygenase ...Methane-oxidizing bacteria play a central role in greenhouse gas mitigation and have potential applications in biomanufacturing. Their primary metabolic enzyme, particulate methane monooxygenase (pMMO), is housed in copper-induced intracytoplasmic membranes (ICMs), of which the function and biogenesis are not known. We show by serial cryo-focused ion beam (cryoFIB) milling/scanning electron microscope (SEM) volume imaging and lamellae-based cellular cryo-electron tomography (cryoET) that these ICMs are derived from the inner cell membrane. The pMMO trimer, resolved by cryoET and subtomogram averaging to 4.8 Å in the ICM, forms higher-order hexagonal arrays in intact cells. Array formation correlates with increased enzymatic activity, highlighting the importance of studying the enzyme in its native environment. These findings also demonstrate the power of cryoET to structurally characterize native membrane enzymes in the cellular context. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yzy.cif.gz | 945.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yzy.ent.gz | 787 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yzy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7yzy_validation.pdf.gz | 988.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7yzy_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7yzy_validation.xml.gz | 91.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7yzy_validation.cif.gz | 130.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/7yzy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/7yzy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 14399MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28445.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア) 株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath 参照: UniProt: Q607G3, methane monooxygenase (particulate) #2: タンパク質 | 分子量: 33214.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア) 株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath / 参照: UniProt: O05111 #3: タンパク質 | 分子量: 46129.746 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア) 株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath 参照: UniProt: G1UBD1, methane monooxygenase (particulate) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: pMMO / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 6.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 6000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 3 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 129 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 127417 / 対称性のタイプ: POINT |
EM volume selection | Num. of tomograms: 187 / Num. of volumes extracted: 127417 |