PDB-7yzu: Crystal structure of the sulfoquinovosyl binding protein SmoF com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yzu

タイトル

Crystal structure of the sulfoquinovosyl binding protein SmoF complexed with SQMe

要素

Sulfoquinovosyl binding protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / agrobacterium / sulfoquinovose / SmoF

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / periplasmic space / Chem-DO7 / Maltose-binding periplasmic protein

機能・相同性情報

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Snow, A.J.D. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2022
タイトル: The sulfoquinovosyl glycerol binding protein SmoF binds and accommodates plant sulfolipids.
著者: Snow, A.J.D. / Sharma, M. / Lingford, J.P. / Zhang, Y. / Mui, J.W. / Epa, R. / Goddard-Borger, E.D. / Williams, S.J. / Davies, G.J.

履歴

登録	2022年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yzu.cif.gz	162.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yzu.ent.gz	121.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yzu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yzu_validation.pdf.gz	815.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yzu_full_validation.pdf.gz	818.5 KB	表示
XML形式データ	7yzu_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	7yzu_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/7yzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/7yzu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qhvC 7yzsC 70fyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (2) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Sulfoquinovosyl binding protein

ヘテロ分子

44.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.270, 99.380, 53.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sulfoquinovosyl binding protein / Maltose-binding periplasmic protein 分子量: 44074.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 遺伝子: SY94_3278 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A083ZKV5
#2: 化合物	ChemComp-DO7 / [(2S,3S,4S,5R,6S)-6-methoxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methanesulfonic acid / Methylsulfoquinovoside 分子量: 258.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₈S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.75 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.3 M sodium acetate, 0.1 M BIS-TRIS (pH 5.5) and 35% PEG 2000 MME

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.59→47.33 Å / Num. obs: 48233 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.28 / R_pim(I) all: 0.148 / R_rim(I) all: 0.302 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique obs	CC_1/2	Diffraction-ID
1.59-1.62	5.6	2270	0.679	1
8.71-47.28	6.9	48233	0.98	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
xia2		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 70FY

70fy

解像度: 1.59→47.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 3.66 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.115 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2669	2429	5.042 %
R_work	0.2377	45750	-
all	0.239	-	-
obs	-	48179	99.234 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.698 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.85 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.683 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.833 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→47.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2915	0	16	299	3230

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2994
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2805
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.507	1.641	4073
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.383	1.582	6469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.422	5	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.259	24.375	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.227	15	488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.047	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	399
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3377
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	647
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	670
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	2637
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	230
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.1	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.265	1.886	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.264	1.885	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.853	2.825	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.853	2.826	1905
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.784	2.029	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.784	2.028	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.611	2.97	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.611	2.97	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.919	23.174	3532
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.796	22.911	3481

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.59-1.631	0.332	187	0.358	3216	X-RAY DIFFRACTION	96.1028
1.631-1.675	0.349	165	0.333	3240	X-RAY DIFFRACTION	98.2401
1.675-1.724	0.311	163	0.306	3135	X-RAY DIFFRACTION	98.8017
1.724-1.777	0.31	155	0.287	3080	X-RAY DIFFRACTION	98.839
1.777-1.835	0.3	161	0.267	2984	X-RAY DIFFRACTION	99.3367
1.835-1.9	0.287	152	0.277	2909	X-RAY DIFFRACTION	99.7718
1.9-1.971	0.292	153	0.245	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.8295
1.971-2.052	0.318	156	0.24	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.9303
2.052-2.143	0.273	126	0.222	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.143-2.248	0.317	136	0.233	2488	X-RAY DIFFRACTION	99.8858
2.248-2.369	0.27	140	0.224	2357	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.369-2.513	0.262	105	0.223	2270	X-RAY DIFFRACTION	99.9159
2.513-2.686	0.279	121	0.218	2118	X-RAY DIFFRACTION	99.9108
2.686-2.901	0.281	103	0.229	1982	X-RAY DIFFRACTION	99.9042
2.901-3.178	0.259	101	0.231	1836	X-RAY DIFFRACTION	99.8454
3.178-3.552	0.228	82	0.223	1677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.552-4.101	0.189	74	0.204	1482	X-RAY DIFFRACTION	99.4249
4.101-5.021	0.248	63	0.208	1266	X-RAY DIFFRACTION	99.0313
5.021-7.091	0.217	54	0.251	997	X-RAY DIFFRACTION	99.8101
7.091-47.33	0.232	32	0.226	590	X-RAY DIFFRACTION	97.9528

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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