PDB-7yzs: Crystal structure of the sulfoquinovosyl binding protein SmoF com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yzs

タイトル

Crystal structure of the sulfoquinovosyl binding protein SmoF complexed with sulfoquinovose

要素

Sulfoquinovosyl binding protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / agrobacterium / sulfoquinovose / SmoF

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / periplasmic space / 6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose / Maltose-binding periplasmic protein

機能・相同性情報

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Snow, A.J.D. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2022
タイトル: The sulfoquinovosyl glycerol binding protein SmoF binds and accommodates plant sulfolipids.
著者: Snow, A.J.D. / Sharma, M. / Lingford, J.P. / Zhang, Y. / Mui, J.W. / Epa, R. / Goddard-Borger, E.D. / Williams, S.J. / Davies, G.J.

履歴

登録	2022年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yzs.cif.gz	155.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yzs.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yzs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yzs_validation.pdf.gz	792.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yzs_full_validation.pdf.gz	793.3 KB	表示
XML形式データ	7yzs_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	7yzs_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/7yzs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/7yzs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qhvC 7yzuC 6ofyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (2) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: Sulfoquinovosyl binding protein

ヘテロ分子

44.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.198, 102.198, 67.959
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Sulfoquinovosyl binding protein / Maltose-binding periplasmic protein 分子量: 44074.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 遺伝子: SY94_3278 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A083ZKV5
#2: 糖	ChemComp-YZT / 6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose / 6-スルホ-6-デオキシ-β-D-グルコピラノ-スタイプ: saccharide / 分子量: 244.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₈S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 0.1 M NaBr, NaI, 0.1 M imidazole, MES pH 6.9, 13.5% MPD, PEG 1000, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→88.51 Å / Num. obs: 38278 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.2 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.179 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / Num. unique obs: 2247 / CC_1/2: 0.654

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6OFY

6ofy

解像度: 1.8→88.51 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234	-	-
R_work	0.198	-	-
obs	-	38250	100 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→88.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2901	0	15	137	3053

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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