PDB-7yzh: Schistosoma Mansoni Carbonic Anhydrase in complex with 4-oxo-N-(4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yzh

タイトル

Schistosoma Mansoni Carbonic Anhydrase in complex with 4-oxo-N-(4-sulfamoylphenethyl)-1,3,4,6,7,11b-hexahydro-2H-pyrazino[2,1-a]isoquinoline-2-carbothioamide

要素

Carbonic anhydrase

キーワード

LYASE / Schistosoma mansoni / carbonic anhydrase / sulfonamide / / metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / one-carbon metabolic process / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2022
タイトル: Development of Praziquantel sulphonamide derivatives as antischistosomal drugs.
著者: Angeli, A. / Ferraroni, M. / Carta, F. / Haberli, C. / Keiser, J. / Costantino, G. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2022年2月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yzh.cif.gz	144.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yzh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yzh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yzh_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yzh_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	7yzh_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	7yzh_validation.cif.gz	38.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/7yzh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/7yzh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qzxC 7r1xC 7ywtC 6qqmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase

BBB: Carbonic anhydrase

ヘテロ分子

76.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.830, 103.830, 133.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 AAABBB

#1: タンパク質

Carbonic anhydrase

分子量: 36988.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
発現宿主:

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: A0A3Q0KSG2, carbonic anhydrase

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 376分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-HFF / 4-oxo-N-(4-sulfamoylphenethyl)-1,3,4,6,7,11b-hexahydro-2H-pyrazino[2,1-a]isoquinoline-2-carbothioamide / (11b-R)-4-oxidanylidene-N-[2-(4-sulfamoylphenyl)ethyl]-3,6,7,11b-tetrahydro-1H-pyrazino[2,1-a]isoquinoline-2-carbothioamide 分子量: 444.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄N₄O₃S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 20% PEG 6000, 0.1 M citrate pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9718 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9718 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→48 Å / Num. obs: 79049 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.13 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_rim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 24.04
反射シェル	解像度: 1.79→1.83 Å / 冗長度: 17.97 % / R_merge(I) obs: 1.455 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique obs: 5786 / CC_1/2: 0.81 / R_rim(I) all: 1.497 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6QQM

6qqm

解像度: 1.79→48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 2.118 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.198	3862	4.886 %
R_work	0.1679	75187	-
all	0.169	-	-
obs	-	79049	99.979 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.417 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.286 Å²	0.143 Å²	0 Å²
2-	-	0.286 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.926 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4474	0	138	371	4983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	4772
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	4313
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.802	1.666	6514
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.415	1.606	9937
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.419	5	563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.724	21.977	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.345	15	746
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.475	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	641
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	5543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	795
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	4212
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	2190
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.075	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.305	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.244	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.787	3.039	2226
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.768	3.026	2221
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.555	4.535	2779
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.549	4.535	2779
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.178	3.54	2546
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.177	3.541	2547
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.074	5.181	3729
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.074	5.181	3730
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.059	36.91	5207
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.058	36.915	5208

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.832	0.264	299	0.236	5484	X-RAY DIFFRACTION	99.7757
1.832-1.883	0.263	273	0.215	5359	X-RAY DIFFRACTION	99.9822
1.883-1.937	0.227	253	0.21	5217	X-RAY DIFFRACTION	100
1.937-1.997	0.24	272	0.188	5098	X-RAY DIFFRACTION	100
1.997-2.062	0.195	239	0.184	4888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.062-2.135	0.232	276	0.178	4775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.135-2.215	0.23	213	0.179	4625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.215-2.305	0.226	238	0.173	4409	X-RAY DIFFRACTION	100
2.305-2.408	0.213	212	0.168	4261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.408-2.525	0.225	215	0.162	4060	X-RAY DIFFRACTION	100
2.525-2.662	0.195	213	0.155	3863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.662-2.823	0.201	186	0.16	3688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.823-3.018	0.186	192	0.168	3443	X-RAY DIFFRACTION	100
3.018-3.259	0.208	156	0.177	3237	X-RAY DIFFRACTION	100
3.259-3.57	0.199	142	0.174	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.991	0.188	139	0.154	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.991-4.606	0.145	127	0.128	2397	X-RAY DIFFRACTION	100
4.606-5.638	0.149	96	0.137	2068	X-RAY DIFFRACTION	100
5.638-7.958	0.226	66	0.181	1649	X-RAY DIFFRACTION	100
7.958-48	0.19	55	0.21	942	X-RAY DIFFRACTION	99.7

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