PDB-7qzx: Human Carbonic Anhydrase II in complex with 4-oxo-N-(4-sulfamoylp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qzx

タイトル

Human Carbonic Anhydrase II in complex with 4-oxo-N-(4-sulfamoylphenethyl)-1,3,4,6,7,11b-hexahydro-2H-pyrazino[2,1-a]isoquinoline-2-carboxamide

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase II / inhibitor / metalloenzyme / praziquantel / sulfonamide

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2022
タイトル: Development of Praziquantel sulphonamide derivatives as antischistosomal drugs.
著者: Angeli, A. / Ferraroni, M. / Carta, F. / Haberli, C. / Keiser, J. / Costantino, G. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qzx.cif.gz	76.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qzx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qzx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qzx_validation.pdf.gz	701.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qzx_full_validation.pdf.gz	703 KB	表示
XML形式データ	7qzx_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	7qzx_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/7qzx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/7qzx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7r1xC 7ywtC 7yzhC 4fikS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.470, 41.770, 72.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.491, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-HIL / 4-oxo-N-(4-sulfamoylphenethyl)-1,3,4,6,7,11b-hexahydro-2H-pyrazino[2,1-a]isoquinoline-2-carboxamide / (11b-R)-4-oxidanylidene-N-[2-(4-sulfamoylphenyl)ethyl]-3,6,7,11b-tetrahydro-1H-pyrazino[2,1-a]isoquinoline-2-carboxamide 分子量: 428.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄N₄O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.82 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.5 M sodium citrate, 0.1 M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9718 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9718 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→41.153 Å / Num. obs: 62450 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 6.17 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_rim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 13.84
反射シェル	解像度: 1.24→1.27 Å / 冗長度: 4.56 % / R_merge(I) obs: 0.704 / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / Num. unique obs: 2417 / CC_1/2: 0.766 / R_rim(I) all: 0.732 / % possible all: 46.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FIK

4fik

解像度: 1.24→41.153 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 0.641 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.046 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.179	3082	4.935 %
R_work	0.1588	59368	-
all	0.16	-	-
obs	-	62450	88.772 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.49 Å²	-0 Å²	-0.112 Å²
2-	-	0.419 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.113 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→41.153 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2050	0	37	225	2312

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2158
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1977
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.907	1.633	2933
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.472	1.604	4582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.063	5	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.216	23.645	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.91	15	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.231	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2504
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	486
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.248	0.2	391
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.123	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.058	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.267	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.258	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.091	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.671	1.482	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.651	1.476	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.476	2.224	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.473	2.224	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.738	1.745	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.737	1.745	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.041	2.51	1644
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.04	2.509	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.923	18.23	2379
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.861	17.837	2338

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.24-1.267	0.266	127	0.253	2287	X-RAY DIFFRACTION	46.2629
1.267-1.302	0.262	146	0.229	2805	X-RAY DIFFRACTION	58.914
1.302-1.34	0.233	205	0.216	3636	X-RAY DIFFRACTION	78.7574
1.34-1.381	0.234	222	0.194	4176	X-RAY DIFFRACTION	92.3755
1.381-1.426	0.197	231	0.176	4170	X-RAY DIFFRACTION	95.054
1.426-1.476	0.177	203	0.161	4050	X-RAY DIFFRACTION	95.616
1.476-1.532	0.177	204	0.159	3926	X-RAY DIFFRACTION	95.4251
1.532-1.595	0.147	210	0.14	3780	X-RAY DIFFRACTION	96.0751
1.595-1.666	0.188	163	0.144	3716	X-RAY DIFFRACTION	96.709
1.666-1.747	0.177	191	0.152	3450	X-RAY DIFFRACTION	95.6899
1.747-1.841	0.172	196	0.153	3327	X-RAY DIFFRACTION	97.1326
1.841-1.953	0.157	127	0.147	3219	X-RAY DIFFRACTION	97.409
1.953-2.087	0.17	153	0.153	3010	X-RAY DIFFRACTION	97.6536
2.087-2.255	0.167	125	0.152	2802	X-RAY DIFFRACTION	97.0491
2.255-2.47	0.165	118	0.148	2618	X-RAY DIFFRACTION	98.3112
2.47-2.761	0.205	134	0.158	2347	X-RAY DIFFRACTION	98.4524
2.761-3.187	0.19	100	0.166	2101	X-RAY DIFFRACTION	98.6111
3.187-3.901	0.195	86	0.149	1795	X-RAY DIFFRACTION	98.792
3.901-5.508	0.142	96	0.142	1365	X-RAY DIFFRACTION	98.6496
5.508-41.153	0.186	45	0.186	788	X-RAY DIFFRACTION	97.77

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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