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- PDB-7yzf: Crystal structure of the human FoxA2 bound to the TGTTTATT site (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yzf
タイトルCrystal structure of the human FoxA2 bound to the TGTTTATT site (forkhead motif ATAAACA)
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*CP*T)-3')
  • Hepatocyte nuclear factor 3-beta
キーワードDNA BINDING PROTEIN / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / primitive streak formation / positive regulation of embryonic development / response to interleukin-6 / endocrine pancreas development / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Formation of definitive endoderm / dopaminergic neuron differentiation / Formation of axial mesoderm / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells ...positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / primitive streak formation / positive regulation of embryonic development / response to interleukin-6 / endocrine pancreas development / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Formation of definitive endoderm / dopaminergic neuron differentiation / Formation of axial mesoderm / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / positive regulation of gastrulation / cell fate specification / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / regulation of blood coagulation / Regulation of gene expression in beta cells / anatomical structure morphogenesis / adult locomotory behavior / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell junction / chromatin organization / nucleic acid binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Forkhead box protein, C-terminal / HNF3 C-terminal domain / Fork-head N-terminal / Forkhead N-terminal region / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. ...Forkhead box protein, C-terminal / HNF3 C-terminal domain / Fork-head N-terminal / Forkhead N-terminal region / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Hepatocyte nuclear factor 3-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Pluta, R. / Macias, M.J.
資金援助 スペイン, European Union, 2件
組織認可番号国
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BFU2017-82675-P スペイン
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission754510European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular basis for DNA recognition by the maternal pioneer transcription factor FoxH1.
著者: Pluta, R. / Aragon, E. / Prescott, N.A. / Ruiz, L. / Mees, R.A. / Baginski, B. / Flood, J.R. / Martin-Malpartida, P. / Massague, J. / David, Y. / Macias, M.J.
履歴
登録2022年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*AP*GP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*CP*T)-3')
C: Hepatocyte nuclear factor 3-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4844
ポリマ－24,4453
非ポリマー391
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.459, 92.695, 116.842
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*A)-3')


分子量: 4967.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*CP*T)-3')


分子量: 4825.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Hepatocyte nuclear factor 3-beta / HNF-3-beta / HNF-3B / Forkhead box protein A2 / Transcription factor 3B / TCF-3B


分子量: 14652.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOXA2, HNF3B, TCF3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y261
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.179→58.421 Å / Num. obs: 9215 / % possible obs: 86.5 % / 冗長度: 9.9 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2.179→2.378 Å / Num. unique obs: 462 / CC1/2: 0.593 / Rpim(I) all: 0.544 / % possible all: 52.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7YZE

7yze


解像度: 2.18→58.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 18.039 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.401 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25728 901 9.8 %RANDOM
Rwork0.22188 ---
obs0.2254 8314 69.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20 Å2-0 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→58.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数726 656 1 5 1388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0151522
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1731.5012149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3372.9632419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg21.2035.519245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.49423.52934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.63415119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.097155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.054.086343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.034.077342
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5486.132427
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5466.142428
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5084.6661179
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4984.6621177
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9436.9961722
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined75047
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.0025046
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.236 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 10 -
Rwork0.423 56 -
obs--6.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5281-1.0095-0.750911.7441-0.11934.43950.12770.2072-0.455-0.2962-0.3920.41630.4576-0.02210.26430.11210.0903-0.02470.18930.01430.2044-21.302-11.662-17.26
25.9432-2.0516-0.249.48171.0993.30470.11260.092-0.51280.0412-0.38690.76230.3412-0.03090.27430.07430.07110.01570.19860.00970.1322-21.718-11.871-15.431
34.09611.0677-0.98232.67782.02025.941-0.0402-0.00090.1317-0.1932-0.0480.1108-0.37770.10550.08820.07060.090.02290.21890.07760.0453-9.845-2.225-16.209
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 16
3X-RAY DIFFRACTION3C153 - 238

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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