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万見
- PDB-7yz3: Molecular snapshots of drug release from tubulin: Apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yz3
タイトルMolecular snapshots of drug release from tubulin: Apo state
要素
  • Designed Ankyrin Repeat Protein (DARPIN) D1
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
キーワードCELL CYCLE / time-resolved serial crystallography / tubulin dynamics / azobenzene dynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of axon guidance / microtubule-based process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / nervous system development / microtubule / protein heterodimerization activity ...positive regulation of axon guidance / microtubule-based process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / nervous system development / microtubule / protein heterodimerization activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain ...Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wranik, M. / Weinert, T. / Standfuss, J.
資金援助 スイス, 6件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_179351 スイス
Swiss National Science Foundation310030_197674 スイス
Swiss National Science Foundation310030_192566 スイス
Swiss Nanoscience InstituteSNI #1904 スイス
Other governmentNCCR:MUST
Other governmentProject WA 1850/4-3
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Watching the release of a photopharmacological drug from tubulin using time-resolved serial crystallography.
著者: Wranik, M. / Weinert, T. / Slavov, C. / Masini, T. / Furrer, A. / Gaillard, N. / Gioia, D. / Ferrarotti, M. / James, D. / Glover, H. / Carrillo, M. / Kekilli, D. / Stipp, R. / Skopintsev, P. ...著者: Wranik, M. / Weinert, T. / Slavov, C. / Masini, T. / Furrer, A. / Gaillard, N. / Gioia, D. / Ferrarotti, M. / James, D. / Glover, H. / Carrillo, M. / Kekilli, D. / Stipp, R. / Skopintsev, P. / Brunle, S. / Muhlethaler, T. / Beale, J. / Gashi, D. / Nass, K. / Ozerov, D. / Johnson, P.J.M. / Cirelli, C. / Bacellar, C. / Braun, M. / Wang, M. / Dworkowski, F. / Milne, C. / Cavalli, A. / Wachtveitl, J. / Steinmetz, M.O. / Standfuss, J.
#1: ジャーナル: Res Sq / 年: 2022
タイトル: Release of a photopharmacological drug from its protein target captured by time-resolved serial crystallography
著者: Wranik, M. / Weinert, T. / Slavov, C. / Masini, T. / Furrer, A. / Gaillard, N. / Gioia, D. / Ferrarotti, M. / James, D. / Glover, H. / Carrillo, M. / Kekilli, D. / Stipp, R. / Skopintsev, P. ...著者: Wranik, M. / Weinert, T. / Slavov, C. / Masini, T. / Furrer, A. / Gaillard, N. / Gioia, D. / Ferrarotti, M. / James, D. / Glover, H. / Carrillo, M. / Kekilli, D. / Stipp, R. / Skopintsev, P. / Brunle, S. / Muhlethaler, T. / Beale, J. / Gashi, D. / Nass, K. / Ozerov, D. / Johnson, P. / Cirelli, C. / Bacellar, C. / Braun, M. / Wang, M. / Dworkowski, F. / Milne, C. / Cavalli, A. / Wachtveitl, J. / Steinmetz, M. / Standfuss, J.
履歴
登録2022年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
F: Designed Ankyrin Repeat Protein (DARPIN) D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,3047
ポリマ－118,2733
非ポリマー1,0314
水5,405300
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area37510 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)74.710, 92.710, 84.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.400, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質 Designed Ankyrin Repeat Protein (DARPIN) D1


分子量: 18068.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 304分子

#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis/Tris-methane pH=5.5, 21% PEG 3000 (m/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→11.09 Å / Num. obs: 104994 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 429.5 % / CC1/2: 0.981 / R split: 0.142 / Net I/σ(I): 4.59
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.32 / Num. unique obs: 10494 / CC1/2: 0.14 / R split: 3.723
Serial crystallography sample delivery手法: injection

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CrystFEL0.9.1データ削減
CrystFEL0.9.1データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NQT

5nqt


解像度: 1.8→9.49 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2157 1619 1.6 %
Rwork0.1845 99538 -
obs0.185 101157 96.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 129.29 Å2 / Biso mean: 48.2588 Å2 / Biso min: 25.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→9.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7913 0 62 300 8275
Biso mean--36.7 48.89 -
残基数----1023
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.850.4082810.41915494557564
1.85-1.910.41931340.38378207834196
1.91-1.980.35631400.330685248664100
1.98-2.060.35591400.29385408680100
2.06-2.150.26361390.254985598698100
2.15-2.260.26471410.230485768717100
2.26-2.40.26751390.217385608699100
2.4-2.580.22311400.20285658705100
2.58-2.840.22671410.198185878728100
2.84-3.230.24831410.18885998740100
3.23-4.020.18171410.152886018742100
4.02-9.490.15971420.136887268868100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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