PDB-7yyf: Orthorombic crystal structure of YTHDF1 YTH domain (G459N mutant)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yyf

タイトル

Orthorombic crystal structure of YTHDF1 YTH domain (G459N mutant) form II

要素

YTH domain-containing family protein 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / mRNA binding and stability

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of antigen processing and presentation / regulation of axon guidance / organelle assembly / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of long-term synaptic potentiation / immune system process / mRNA destabilization / positive regulation of translational initiation / stress granule assembly / regulation of mRNA stability ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Dalle Vedove, A. / Cazzanelli, G. / Lolli, G.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2024
タイトル: Pliability in the m 6 A-Binding Region Extends Druggability of YTH Domains.
著者: Cazzanelli, G. / Dalle Vedove, A. / Spagnolli, G. / Terruzzi, L. / Colasurdo, E. / Boldrini, A. / Patsilinakos, A. / Sturlese, M. / Grottesi, A. / Biasini, E. / Provenzani, A. / Quattrone, A. / Lolli, G.

履歴

登録	2022年2月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yyf.cif.gz	322.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yyf.ent.gz	263.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yyf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7yyf_validation.pdf.gz	440 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yyf_full_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示
XML形式データ	7yyf_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	7yyf_validation.cif.gz	38.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/7yyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/7yyf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7yyeC 7yyjC 7yz8C 4rciS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: YTH domain-containing family protein 1

B: YTH domain-containing family protein 1

C: YTH domain-containing family protein 1

D: YTH domain-containing family protein 1

93.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: YTH domain-containing family protein 1

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
23.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: YTH domain-containing family protein 1

登録者が定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: YTH domain-containing family protein 1

登録者が定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: YTH domain-containing family protein 1

登録者が定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.126, 83.289, 123.815
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 364 through 403 or resid 405 through 458 or resid 472 through 558))
2	1	(chain B and (resid 364 through 403 or resid 405 through 458 or resid 472 through 558))
3	1	(chain C and (resid 364 through 403 or resid 405 through 458 or resid 472 through 558))
4	1	(chain D and (resid 364 through 403 or resid 405 through 458 or resid 472 through 558))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	HIS	HIS	(chain A and (resid 364 through 403 or resid 405 through 458 or resid 472 through 558))	A	A	364 - 403	5 - 44
1	2	SER	SER	TYR	TYR	(chain A and (resid 364 through 403 or resid 405 through 458 or resid 472 through 558))	A	A	405 - 458	46 - 99
1	3	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain A and (resid 364 through 403 or resid 405 through 458 or resid 472 through 558))	A	A	472 - 558	113 - 199
2	1	SER	SER	HIS	HIS	(chain B and (resid 364 through 403 or resid 405 through 458 or resid 472 through 558))	B	B	364 - 403	5 - 44
2	2	SER	SER	TYR	TYR	(chain B and (resid 364 through 403 or resid 405 through 458 or resid 472 through 558))	B	B	405 - 458	46 - 99
2	3	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain B and (resid 364 through 403 or resid 405 through 458 or resid 472 through 558))	B	B	472 - 558	113 - 199
3	1	SER	SER	HIS	HIS	(chain C and (resid 364 through 403 or resid 405 through 458 or resid 472 through 558))	C	C	364 - 403	5 - 44
3	2	SER	SER	TYR	TYR	(chain C and (resid 364 through 403 or resid 405 through 458 or resid 472 through 558))	C	C	405 - 458	46 - 99
3	3	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain C and (resid 364 through 403 or resid 405 through 458 or resid 472 through 558))	C	C	472 - 558	113 - 199
4	1	SER	SER	HIS	HIS	(chain D and (resid 364 through 403 or resid 405 through 458 or resid 472 through 558))	D	D	364 - 403	5 - 44
4	2	SER	SER	TYR	TYR	(chain D and (resid 364 through 403 or resid 405 through 458 or resid 472 through 558))	D	D	405 - 458	46 - 99
4	3	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain D and (resid 364 through 403 or resid 405 through 458 or resid 472 through 558))	D	D	472 - 558	113 - 199

#1: タンパク質	YTH domain-containing family protein 1 / DF1 / Dermatomyositis associated with cancer putative autoantigen 1 / DACA-1 分子量: 23323.219 Da / 分子数: 4 / 断片: YTH domain (residues 361-559) 変異: First residue G derives from the expression tag: G459N 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YTHDF1, C20orf21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BYJ9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

YTH domain-containing family protein 1 / DF1 / Dermatomyositis associated with cancer putative autoantigen 1 / DACA-1

分子量: 23323.219 Da / 分子数: 4 / 断片: YTH domain (residues 361-559)
変異: First residue G derives from the expression tag: G459N
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YTHDF1, C20orf21 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BYJ9

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.14 % / Mosaicity: 0.17 °
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 6-12% PEG3350, 0.2 M KSCN

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ELETTRA

/ ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9717 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9717 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→69.11 Å / Num. obs: 37685 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 16.3 / Num. measured all: 487980 / Scaling rejects: 4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.3-2.38	12.8	1.266	46449	3635	0.716	0.366	1.319	2.2	98.6
8.91-69.11	10.4	0.04	7531	725	0.998	0.012	0.042	45.7	97.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.11.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RCI

4rci

解像度: 2.3→42.371 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2198	1826	4.85 %
R_work	0.1769	35804	-
obs	0.1791	37630	99.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 129.25 Å² / B_iso mean: 55.2645 Å² / B_iso min: 24.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→42.371 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6120	0	0	169	6289
B_iso mean	-	-	-	50.42	-
残基数	-	-	-	-	739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6275
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.939	8434
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	868
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1086
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.369	3816

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3621	X-RAY DIFFRACTION	13.119	TORSIONAL
1	2	B	3621	X-RAY DIFFRACTION	13.119	TORSIONAL
1	3	C	3621	X-RAY DIFFRACTION	13.119	TORSIONAL
1	4	D	3621	X-RAY DIFFRACTION	13.119	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.3-2.3622	0.3152	132	0.2517	2701	99
2.3622-2.4317	0.312	138	0.2327	2711	99
2.4317-2.5102	0.2735	127	0.2184	2703	99
2.5102-2.5999	0.2893	133	0.2153	2726	99
2.5999-2.704	0.2894	149	0.2254	2699	99
2.704-2.827	0.2867	140	0.2249	2733	99
2.827-2.976	0.32	148	0.2099	2739	99
2.976-3.1624	0.2627	150	0.2038	2705	99
3.1624-3.4065	0.211	128	0.1857	2775	99
3.4065-3.7491	0.2397	153	0.1818	2761	99
3.7491-4.2912	0.1862	123	0.153	2815	99
4.2912-5.4047	0.1835	132	0.1351	2824	100
5.4047-42.371	0.1534	173	0.1558	2912	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.294	-0.9986	2.4514	8.4766	-2.2113	8.7362	0.1823	0.4645	0.6945	-0.8801	-0.0133	1.1091	-1.2899	0.0125	-0.2944	0.7508	-0.0462	-0.08	0.3746	0.0779	0.667	-12.6499	17.5096	-10.0019
2	2.7396	0.5367	-0.5223	3.434	-1.3231	4.351	0.0681	-0.0955	0.2624	0.1021	-0.0107	0.058	-0.1427	0.0105	-0.0612	0.2243	0.0314	0.0027	0.2462	-0.0398	0.3452	-9.7979	1.3052	3.6305
3	2.1229	-2.5964	-2.8536	6.3456	2.9377	4.3104	0.0349	-0.229	0.8419	-0.0531	0.3603	-0.5368	0.0302	0.474	-0.3913	0.3191	0.0037	-0.0181	0.3609	-0.0317	0.3881	-2.8171	2.0145	-0.7816
4	5.5353	1.8543	0.4726	3.9965	-1.1585	4.1707	0.0212	0.4025	-1.0801	-0.9128	0.0915	0.0156	0.2483	-0.7257	-0.0605	0.3996	-0.0106	0.0007	0.4565	-0.068	0.6087	-19.4603	-4.1519	-1.6148
5	4.2464	-0.8084	0.4996	3.7234	-1.7485	4.0198	0.0468	-0.0579	0.0643	0.108	-0.1235	-0.3335	-0.1428	0.5998	0.083	0.2638	-0.044	0.0041	0.3411	-0.0835	0.2914	2.4403	1.63	5.502
6	7.2527	5.1976	6.4679	8.4659	5.9258	8.9865	-0.1158	0.6098	0.0086	-0.4398	0.1513	0.288	-0.0223	0.3102	-0.0074	0.4792	0.0633	0.0137	0.4632	0.0578	0.4054	-13.2304	1.7583	-21.2709
7	5.8912	-1.0603	0.5263	8.6299	-1.7475	2.7279	0.0658	-0.6952	-0.5048	1.1352	0.4592	-0.0911	0.8636	1.0835	-0.4745	0.7268	0.2363	-0.1133	0.7218	0.0791	0.4098	-6.4426	-29.9143	42.2154
8	3.9201	-2.069	1.6914	6.4148	-3.7595	5.3084	-0.3218	-0.922	0.2222	1.2269	0.0161	-0.2651	-0.367	-0.4545	0.3251	0.5867	-0.0695	-0.0566	0.5388	-0.0828	0.3393	-14.7274	-11.3785	35.2247
9	6.2779	5.741	-0.3565	9.6982	-6.1319	7.1072	-0.3618	-0.1627	-0.4704	-0.5524	0.3741	-0.7174	0.6617	0.6285	0.0045	0.355	0.0742	-0.0171	0.4391	-0.0197	0.3029	-12.9521	-20.9897	19.7409
10	1.1655	0.8635	-0.9162	5.563	-3.5278	2.4712	-0.0521	-0.2883	-0.5538	-0.0561	0.1814	-0.13	0.8076	0.6363	-0.0166	0.4492	0.1161	-0.043	0.5217	0.0677	0.4602	-6.4142	-28.5543	26.3139
11	9.5602	0.688	0.8758	7.9485	-1.4347	4.8815	-0.6734	1.0595	-0.1542	-1.0334	0.4282	0.0487	-0.0209	0.7755	0.0299	0.2964	-0.0254	0.0412	0.496	-0.0042	0.27	-3.7195	-15.2963	15.1867
12	4.4235	0.9001	0.5896	5.8331	-0.2955	5.0273	0.0683	-0.4549	-0.0092	0.0418	-0.2446	-0.4158	-0.2051	0.4258	0.151	0.2551	0.0201	-0.0322	0.371	-0.0027	0.2523	-12.5723	-17.7398	25.0466
13	3.2299	0.4127	0.487	2.1868	0.3736	3.3978	0.5354	0.8662	-0.161	-0.2286	-0.1778	-1.5701	0.5934	0.3691	-0.1904	0.4084	0.0795	-0.0108	0.8526	0.0246	0.5795	0.58	-22.7384	21.0766
14	3.1457	0.1009	0.5454	3.629	-1.0962	4.3958	-0.0536	-0.2014	0.0412	0.009	0.0851	0.1976	-0.0787	-0.2683	-0.0486	0.2828	0.0136	0.0078	0.335	-0.0374	0.285	-21.6519	-17.2057	24.5723
15	7.6394	-5.9485	-4.1316	5.6514	4.4277	5.5214	-0.5554	-0.3913	-0.7757	0.5577	0.4133	0.1504	0.756	0.8422	0.1515	0.59	0.1246	-0.0241	0.5582	0.0904	0.5332	-3.9586	-42.664	27.8473
16	2.0961	0.728	-1.9917	9.8943	-1.2056	1.9644	0.3739	1.5535	0.214	-1.9811	-0.2916	-0.7153	-0.8429	0.323	0.0251	0.8662	-0.0261	0.0771	0.8399	0.0134	0.4964	-0.2036	-12.278	-35.769
17	2.862	-0.3131	-0.4891	5.2636	-3.2407	2.4945	0.2056	0.5224	-0.3038	-0.8484	-0.2625	0.1192	0.4312	0.039	0.0341	0.3908	0.049	-0.0276	0.4633	-0.1184	0.3518	-10.0544	-26.92	-23.9884
18	3.2879	-0.7725	0.3204	4.1029	-1.4975	3.1531	-0.0439	0.0036	-0.0999	0.048	-0.1157	0.2465	0.046	-0.044	0.1348	0.2481	0.0047	0.032	0.3466	-0.0654	0.3096	-5.1933	-21.0924	-16.7984
19	3.6843	-0.1448	0.1422	2.9991	-0.9536	3.274	0.0304	0.1255	-0.0522	-0.2029	-0.0258	0.6009	-0.1276	-0.3628	-0.0275	0.3559	0.0088	-0.0557	0.3376	-0.103	0.427	-14.2121	-23.8593	-18.9817
20	3.3286	4.5012	2.917	7.6095	6.0416	7.194	-0.0639	0.2686	0.1653	-0.4026	0.2618	-0.1507	-0.2843	0.4924	-0.2188	0.5078	0.0405	0.0489	0.4931	0.0593	0.4758	0.2798	0.5889	-21.1561
21	2.1973	-0.4058	-0.0772	4.6959	-1.8766	1.4765	-0.3958	0.0644	-0.6691	-0.2574	0.2847	0.2443	1.5651	-0.0716	0.1536	1.0284	-0.0919	0.104	0.4386	-0.111	0.6898	-9.3766	-56.2891	3.5695
22	3.2211	-0.4759	0.1446	3.7494	-2.199	7.2738	-0.3304	-0.1761	-0.0087	0.2707	0.2055	0.2141	0.2113	-0.1902	0.0848	0.3546	-0.0374	0.0678	0.2929	-0.0355	0.3838	-12.5673	-38.6727	5.6992
23	3.0199	-0.7641	0.5767	4.6131	-0.7304	7.2348	-0.0304	0.2246	-0.4345	-0.1495	0.1484	0.2765	0.3011	0.178	-0.0402	0.387	-0.0246	0.064	0.3698	-0.0216	0.4779	-7.0159	-43.501	1.8891
24	4.6053	1.5132	0.5725	4.4223	-1.3638	5.6847	-0.2123	-0.1261	-0.1236	0.0321	0.0526	-0.2981	0.5831	0.6524	0.1599	0.3817	0.0589	0.0785	0.3697	-0.0539	0.3756	-2.0734	-42.7637	2.5367
25	6.5582	-4.3387	-5.4273	5.0439	4.1799	5.1827	-0.5096	-0.2821	-0.3901	0.4687	0.0044	0.265	0.8103	0.2102	0.4995	0.7321	0.0161	0.0879	0.4236	0.1121	0.4901	-17.6682	-43.6608	26.127

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 364 through 374 )	A	364 - 374
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 375 through 440 )	A	375 - 440
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 441 through 452 )	A	441 - 452
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 453 through 475 )	A	453 - 475
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 476 through 531 )	A	476 - 531
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 532 through 558 )	A	532 - 558
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 364 through 374 )	B	364 - 374
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 375 through 389 )	B	375 - 389
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 390 through 398 )	B	390 - 398
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 399 through 414 )	B	399 - 414
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 415 through 427 )	B	415 - 427
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 428 through 452 )	B	428 - 452
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 453 through 475 )	B	453 - 475
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 476 through 531 )	B	476 - 531
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 532 through 558 )	B	532 - 558
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 364 through 374 )	C	364 - 374
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 375 through 398 )	C	375 - 398
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 399 through 452 )	C	399 - 452
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 453 through 531 )	C	453 - 531
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 532 through 558 )	C	532 - 558
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 364 through 389 )	D	364 - 389
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 390 through 427 )	D	390 - 427
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 428 through 452 )	D	428 - 452
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 453 through 531 )	D	453 - 531
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 532 through 558 )	D	532 - 558

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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