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- PDB-7yye: Orthorombic crystal structure of YTHDF1 YTH domain (G459N mutant)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yye
タイトルOrthorombic crystal structure of YTHDF1 YTH domain (G459N mutant) form I
要素YTH domain-containing family protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / mRNA binding and stability
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of axon guidance / organelle assembly / regulation of antigen processing and presentation / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of long-term synaptic potentiation / mRNA destabilization / positive regulation of translational initiation / immune system process / regulation of mRNA stability / stress granule assembly ...regulation of axon guidance / organelle assembly / regulation of antigen processing and presentation / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of long-term synaptic potentiation / mRNA destabilization / positive regulation of translational initiation / immune system process / regulation of mRNA stability / stress granule assembly / learning / positive regulation of translation / P-body / memory / cytoplasmic stress granule / ribosome binding / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YTH domain containing protein / YTH domain / YT521-B-like domain / YTH domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONIC ACID / YTH domain-containing family protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dalle Vedove, A. / Cazzanelli, G. / Lolli, G.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer ResearchMFAG 2017 - ID. 19882 イタリア
引用ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2024
タイトル: Pliability in the m 6 A-Binding Region Extends Druggability of YTH Domains.
著者: Cazzanelli, G. / Dalle Vedove, A. / Spagnolli, G. / Terruzzi, L. / Colasurdo, E. / Boldrini, A. / Patsilinakos, A. / Sturlese, M. / Grottesi, A. / Biasini, E. / Provenzani, A. / Quattrone, A. / Lolli, G.
履歴
登録2022年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YTH domain-containing family protein 1
B: YTH domain-containing family protein 1
C: YTH domain-containing family protein 1
D: YTH domain-containing family protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,4596
ポリマ－93,2934
非ポリマー1662
水7,909439
1
A: YTH domain-containing family protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3852
ポリマ－23,3231
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: YTH domain-containing family protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4272
ポリマ－23,3231
非ポリマー1041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: YTH domain-containing family protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3231
ポリマ－23,3231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: YTH domain-containing family protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3231
ポリマ－23,3231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.541, 74.497, 154.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 372 through 398 or resid 400...
21(chain B and (resid 372 through 398 or resid 400...
31(chain C and (resid 372 through 398 or resid 400...
41(chain D and (resid 372 through 398 or resid 400...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSSERSER(chain A and (resid 372 through 398 or resid 400...AA372 - 39813 - 39
12ASPASPHISHIS(chain A and (resid 372 through 398 or resid 400...AA400 - 40341 - 44
13SERSERTYRTYR(chain A and (resid 372 through 398 or resid 400...AA405 - 45846 - 99
14GLYGLYGLUGLU(chain A and (resid 372 through 398 or resid 400...AA472 - 552113 - 193
15GLNGLNASNASN(chain A and (resid 372 through 398 or resid 400...AA554 - 557195 - 198
21LYSLYSSERSER(chain B and (resid 372 through 398 or resid 400...BB372 - 39813 - 39
22ASPASPHISHIS(chain B and (resid 372 through 398 or resid 400...BB400 - 40341 - 44
23SERSERTYRTYR(chain B and (resid 372 through 398 or resid 400...BB405 - 45846 - 99
24GLYGLYGLUGLU(chain B and (resid 372 through 398 or resid 400...BB472 - 552113 - 193
25GLNGLNASNASN(chain B and (resid 372 through 398 or resid 400...BB554 - 557195 - 198
31LYSLYSSERSER(chain C and (resid 372 through 398 or resid 400...CC372 - 39813 - 39
32ASPASPHISHIS(chain C and (resid 372 through 398 or resid 400...CC400 - 40341 - 44
33SERSERTYRTYR(chain C and (resid 372 through 398 or resid 400...CC405 - 45846 - 99
34GLYGLYGLUGLU(chain C and (resid 372 through 398 or resid 400...CC472 - 552113 - 193
35GLNGLNASNASN(chain C and (resid 372 through 398 or resid 400...CC554 - 557195 - 198
41LYSLYSSERSER(chain D and (resid 372 through 398 or resid 400...DD372 - 39813 - 39
42ASPASPHISHIS(chain D and (resid 372 through 398 or resid 400...DD400 - 40341 - 44
43SERSERTYRTYR(chain D and (resid 372 through 398 or resid 400...DD405 - 45846 - 99
44GLYGLYGLUGLU(chain D and (resid 372 through 398 or resid 400...DD472 - 552113 - 193
45GLNGLNASNASN(chain D and (resid 372 through 398 or resid 400...DD554 - 557195 - 198

-
要素

#1: タンパク質
YTH domain-containing family protein 1 / DF1 / Dermatomyositis associated with cancer putative autoantigen 1 / DACA-1


分子量: 23323.219 Da / 分子数: 4 / 断片: YTH domain (residues 361-559)
変異: First residue G derives from the expression tag: G459N
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YTHDF1, C20orf21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BYJ9
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 6-12% PEG3350, 0.2 M KSCN, 0.1 M malonate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9718 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→74.5 Å / Num. obs: 56587 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 732507 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.0512.41.635106241210.6190.481.7011.7100
8.94-74.510.20.0575817400.9990.0160.05236.199.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RCI

4rci


解像度: 2→42.889 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2147 2981 5.28 %
Rwork0.1729 53518 -
obs0.1751 56499 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.67 Å2 / Biso mean: 41.9752 Å2 / Biso min: 17.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→42.889 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6043 0 11 439 6493
Biso mean--52.67 44.87 -
残基数----731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076230
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.878380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058860
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061086
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.543787
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3377X-RAY DIFFRACTION12.746TORSIONAL
12B3377X-RAY DIFFRACTION12.746TORSIONAL
13C3377X-RAY DIFFRACTION12.746TORSIONAL
14D3377X-RAY DIFFRACTION12.746TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2-2.03280.29061450.25392501
2.0328-2.06790.2721330.24232534
2.0679-2.10550.26871420.21792515
2.1055-2.1460.2931440.21032500
2.146-2.18980.24051840.20322476
2.1898-2.23740.24481480.19572533
2.2374-2.28940.20121290.18612493
2.2894-2.34670.21471380.18362534
2.3467-2.41010.23751300.17642544
2.4101-2.4810.25761370.17862532
2.481-2.56110.24361300.17962534
2.5611-2.65260.24311380.18652533
2.6526-2.75880.24941410.19112544
2.7588-2.88430.24041310.1842548
2.8843-3.03640.20231260.18282554
3.0364-3.22650.19751290.16872591
3.2265-3.47560.20351310.16562542
3.4756-3.82510.20181460.15892580
3.8251-4.37820.21461890.14042556
4.3782-5.51420.16381280.14422644
5.5142-42.8890.1921620.18462730
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.04420.2321-0.05822.3754-0.29811.78320.0140.11190.5565-0.1916-0.0564-0.1235-0.31870.0320.05330.43770.03940.01590.29110.0880.29298.32524.642-20.5392
23.55760.98970.89682.74930.47423.1775-0.14040.3372-0.2153-0.31630.0629-0.13640.15570.05730.07870.28110.0150.04790.21690.00730.19445.3723-11.7974-21.861
34.5181.103-0.58092.29660.50441.4057-0.0594-0.14560.1543-0.0554-0.08370.1284-0.0032-0.09820.15470.25980.04210.00520.22430.01570.192-3.3454-4.8813-12.0594
48.9124-7.8165-2.07979.33361.95211.2292-0.00140.3188-0.2218-0.1552-0.1966-0.27930.24620.14320.23220.29150.02040.07230.32190.06030.277325.9383-13.045-12.8224
54.46892.54280.80371.66641.25243.03360.1525-0.3217-0.62220.2279-0.0191-0.28080.30270.1278-0.08930.2280.0363-0.00770.22180.0040.277618.551-40.6794-5.2306
66.4642.09164.19913.75-1.49445.3377-0.0795-0.00590.160.2033-0.00730.1829-0.2098-0.03430.08130.2370.04530.00270.2143-0.01660.253615.9449-25.5557-3.1551
76.90071.9943-2.24933.18-0.6014.3501-0.0630.0205-0.2035-0.12730.0261-0.01360.1805-0.19070.07040.223-0.0005-0.01710.1928-0.01760.177510.3209-36.301-7.9293
84.19531.5368-0.81975.2671-0.98565.66190.10560.35830.82020.6204-0.17640.6132-0.6621-0.62340.04650.27280.050.04510.32070.03150.34555.9905-28.3747-0.1027
93.63880.37351.75132.6281.58232.6037-0.03580.5286-0.2174-0.19330.0627-0.13280.11280.2764-0.03020.23440.01030.05050.3036-0.00260.255919.7031-39.4343-15.7879
108.8396-5.8782-0.62474.16760.63752.4573-0.1741-0.36990.20990.25070.269-0.1235-0.1166-0.1533-0.07490.28-0.0232-0.03290.27790.05230.290720.136-12.2815-1.2544
113.0591.04280.58142.5890.82972.320.07390.0964-0.3110.0132-0.03610.04710.1843-0.0679-0.04340.28750.0120.01420.2465-0.06050.3259-10.7588-51.8461-18.5848
122.74710.476-0.36633.08961.61333.14940.09240.0172-0.03230.0735-0.05850.20940.1214-0.0578-0.02470.2102-0.00890.00720.1978-0.01670.2742-12.2575-48.3058-10.7634
131.2726-0.25240.21247.8293-5.82944.29290.05580.4594-0.1571-0.8429-0.0750.02930.57960.1962-0.05890.3897-0.0029-0.05040.5828-0.1630.4667-25.2822-46.9797-36.2554
144.41421.79910.07224.16040.45881.7725-0.14260.26550.3409-0.46670.16420.651-0.3061-0.2391-0.0130.50920.0752-0.09880.4152-0.02210.3528-26.6232-21.2284-36.2276
153.73911.45210.65444.81151.27032.2752-0.004-0.2092-0.15790.0403-0.0221-0.0128-0.1524-0.11590.01330.27040.0636-0.01240.3291-0.05050.2301-20.9758-24.512-26.2885
163.71251.39041.03312.09310.97932.7703-0.18940.5898-0.1983-0.57440.2967-0.1226-0.45890.276-0.12070.4815-0.0161-0.02770.3793-0.08530.2373-14.6618-23.2468-40.7554
172.3325-0.00980.94956.0363-6.70639.8607-0.23070.0846-0.29130.0730.13760.35520.1184-0.46170.05740.30440.03450.01520.447-0.15210.5199-32.654-43.4488-24.9343
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 364 through 388 )A364 - 388
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 389 through 475 )A389 - 475
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 476 through 531 )A476 - 531
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 532 through 557 )A532 - 557
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 372 through 398 )B372 - 398
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 399 through 414 )B399 - 414
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 415 through 452 )B415 - 452
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 453 through 475 )B453 - 475
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 476 through 531 )B476 - 531
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 532 through 558 )B532 - 558
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 364 through 452 )C364 - 452
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 453 through 531 )C453 - 531
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 532 through 559 )C532 - 559
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 365 through 398 )D365 - 398
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 399 through 475 )D399 - 475
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 476 through 531 )D476 - 531
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 532 through 558 )D532 - 558

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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