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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yx9 | ||||||
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タイトル | MHC-II dynamics are maintained in HLA-DR allotypes to ensure catalyzed peptide exchange | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / HLA-DR / CLIP peptide / MHCII | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / transport vesicle membrane ...myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / transport vesicle membrane / polysaccharide binding / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / PD-1 signaling / T cell receptor binding / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / cognition / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / endocytic vesicle membrane / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Downstream TCR signaling / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / early endosome membrane / adaptive immune response / lysosome / endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / Golgi membrane / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | Roske, Y. / Abualrous, E.T. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023 タイトル: MHC-II dynamics are maintained in HLA-DR allotypes to ensure catalyzed peptide exchange. 著者: Abualrous, E.T. / Stolzenberg, S. / Sticht, J. / Wieczorek, M. / Roske, Y. / Gunther, M. / Dahn, S. / Boesen, B.B. / Calvo, M.M. / Biese, C. / Kuppler, F. / Medina-Garcia, A. / Alvaro-Benito, ...著者: Abualrous, E.T. / Stolzenberg, S. / Sticht, J. / Wieczorek, M. / Roske, Y. / Gunther, M. / Dahn, S. / Boesen, B.B. / Calvo, M.M. / Biese, C. / Kuppler, F. / Medina-Garcia, A. / Alvaro-Benito, M. / Hofer, T. / Noe, F. / Freund, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yx9.cif.gz | 193.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yx9.ent.gz | 149.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yx9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7yx9_validation.pdf.gz | 481.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7yx9_full_validation.pdf.gz | 486.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7yx9_validation.xml.gz | 39.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7yx9_validation.cif.gz | 59.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/7yx9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/7yx9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7yxbC 7z0qC 4x5xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22207.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / プラスミド: pFastBacDual-Sf9 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) 参照: UniProt: P01903 #2: タンパク質 | 分子量: 24512.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1 / プラスミド: pFastBacDual-Sf9 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) 参照: UniProt: A0A4E9DJJ3 #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1676.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pFastBacDual-Sf9 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.12 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Hepes pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→40.51 Å / Num. obs: 328677 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 26.28 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 11.39 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.86 Å / Num. unique obs: 22740 / CC1/2: 0.716 / Rrim(I) all: 0.761 / % possible all: 98 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4X5X 解像度: 1.76→40.51 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.27 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 91.16 Å2 / Biso mean: 22.7616 Å2 / Biso min: 6.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.76→40.51 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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