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- PDB-7yx9: MHC-II dynamics are maintained in HLA-DR allotypes to ensure cata... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yx9
タイトルMHC-II dynamics are maintained in HLA-DR allotypes to ensure catalyzed peptide exchange
要素
  • CLIP 103-107
  • HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
  • MHC class II antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA-DR / CLIP peptide / MHCII
機能・相同性
機能・相同性情報


myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / transport vesicle membrane ...myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / polysaccharide binding / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / T cell receptor binding / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cognition / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / endocytic vesicle membrane / late endosome membrane / Downstream TCR signaling / early endosome membrane / adaptive immune response / lysosome / endosome membrane / immune response / Golgi membrane / lysosomal membrane / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class II antigen / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Roske, Y. / Abualrous, E.T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: MHC-II dynamics are maintained in HLA-DR allotypes to ensure catalyzed peptide exchange.
著者: Abualrous, E.T. / Stolzenberg, S. / Sticht, J. / Wieczorek, M. / Roske, Y. / Gunther, M. / Dahn, S. / Boesen, B.B. / Calvo, M.M. / Biese, C. / Kuppler, F. / Medina-Garcia, A. / Alvaro-Benito, ...著者: Abualrous, E.T. / Stolzenberg, S. / Sticht, J. / Wieczorek, M. / Roske, Y. / Gunther, M. / Dahn, S. / Boesen, B.B. / Calvo, M.M. / Biese, C. / Kuppler, F. / Medina-Garcia, A. / Alvaro-Benito, M. / Hofer, T. / Noe, F. / Freund, C.
履歴
登録2022年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月17日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: MHC class II antigen
C: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
D: MHC class II antigen
E: CLIP 103-107
G: CLIP 103-107
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,47417
ポリマ－96,7916
非ポリマー68311
水16,340907
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: MHC class II antigen
E: CLIP 103-107
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7689
ポリマ－48,3953
非ポリマー3726
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8460 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18530 Å2
手法PISA
2
C: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
D: MHC class II antigen
G: CLIP 103-107
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7068
ポリマ－48,3953
非ポリマー3105
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7860 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.712, 120.803, 68.236
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.840, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 22207.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / プラスミド: pFastBacDual-Sf9
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 MHC class II antigen


分子量: 24512.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1 / プラスミド: pFastBacDual-Sf9
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: A0A4E9DJJ3
#3: タンパク質・ペプチド CLIP 103-107


分子量: 1676.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pFastBacDual-Sf9
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 907 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Hepes pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→40.51 Å / Num. obs: 328677 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 26.28 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 11.39
反射 シェル解像度: 1.76→1.86 Å / Num. unique obs: 22740 / CC1/2: 0.716 / Rrim(I) all: 0.761 / % possible all: 98

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.17_3644精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X5X

4x5x


解像度: 1.76→40.51 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2033 2099 2.43 %
Rwork0.1672 84311 -
obs0.1681 86410 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.16 Å2 / Biso mean: 22.7616 Å2 / Biso min: 6.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.76→40.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6292 0 44 907 7243
Biso mean--35.43 32.85 -
残基数----770
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.76-1.80.31261370.25425517565497
1.8-1.840.27451400.22455622576299
1.84-1.890.27741380.21455553569198
1.89-1.950.29591380.20795543568197
1.95-2.010.25861410.195856525793100
2.01-2.080.22941410.184956725813100
2.08-2.170.23911410.17465651579299
2.17-2.270.22141390.17635576571598
2.27-2.390.22081380.17235554569298
2.39-2.540.23131420.175556955837100
2.54-2.730.22051420.171156935835100
2.73-3.010.21491380.16335550568898
3.01-3.440.16661420.15485676581899
3.44-4.330.15021400.13355650579098
4.34-40.510.15921420.14895707584999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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