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- PDB-7ywv: Eugenol oxidase from rhodococcus jostii: mutant S81H, D151E, A423... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ywv
タイトルEugenol oxidase from rhodococcus jostii: mutant S81H, D151E, A423M, H434Y, S394V, Q425S, I445D, S518P
要素Probable vanillyl-alcohol oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / biocatalysis / thermostability / oxidase / flavoenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


vanillyl-alcohol oxidase / vanillyl-alcohol oxidase activity / lactate catabolic process / D-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / D-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / FAD binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
FAD-linked oxidase, C-terminal / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. ...FAD-linked oxidase, C-terminal / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-methoxy-4-(prop-2-en-1-yl)phenol / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Probable vanillyl-alcohol oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Alvigini, L. / Mattevi, A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)H2020-837890European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure- and computational-aided engineering of an oxidase to produce isoeugenol from a lignin-derived compound.
著者: Guo, Y. / Alvigini, L. / Trajkovic, M. / Alonso-Cotchico, L. / Monza, E. / Savino, S. / Maric, I. / Mattevi, A. / Fraaije, M.W.
履歴
登録2022年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Probable vanillyl-alcohol oxidase
B: Probable vanillyl-alcohol oxidase
C: Probable vanillyl-alcohol oxidase
D: Probable vanillyl-alcohol oxidase
E: Probable vanillyl-alcohol oxidase
F: Probable vanillyl-alcohol oxidase
G: Probable vanillyl-alcohol oxidase
H: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)478,27926
ポリマ－470,9738
非ポリマー7,30618
水5,639313
1
A: Probable vanillyl-alcohol oxidase
C: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,7238
ポリマ－117,7432
非ポリマー1,9806
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable vanillyl-alcohol oxidase
E: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,7639
ポリマ－117,7432
非ポリマー2,0207
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Probable vanillyl-alcohol oxidase
G: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,4795
ポリマ－117,7432
非ポリマー1,7353
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
H: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子

F: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,3144
ポリマ－117,7432
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
5
F: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子

H: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,3144
ポリマ－117,7432
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.191, 142.402, 288.521
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.410, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
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122D
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123E
223F
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125E
225H
126F
226G
127F
227H
128G
228H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRLEULEUAA2 - 5262 - 526
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211ARGARGASNASNFF3 - 5253 - 525
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223ARGARGLEULEUFF3 - 5263 - 526
124ARGARGASNASNEE3 - 5253 - 525
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125ARGARGASNASNEE3 - 5253 - 525
225ARGARGASNASNHH3 - 5253 - 525
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127ARGARGASNASNFF3 - 5253 - 525
227ARGARGASNASNHH3 - 5253 - 525
128THRTHRLEULEUGG2 - 5262 - 526
228THRTHRLEULEUHH2 - 5262 - 526

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
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18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
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3given(1), (1), (1)
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34given(0.187048, -0.600061, -0.777779), (0.58024, -0.571391, 0.580373), (-0.792675, -0.559857, 0.241302)18.380079, -18.53092, 87.387787
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38given(0.356492, -0.672459, -0.648623), (0.637214, -0.332718, 0.695167), (-0.68328, -0.661133, 0.309889)115.201927, -29.60541, -22.34284
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50given(0.346343, -0.665765, -0.660911), (0.679887, -0.307285, 0.66583), (-0.646375, -0.67995, 0.346219)-54.52343, -9.27568, 30.510241
51given(1), (1), (1)
52given(0.072761, -0.457173, -0.886396), (0.401366, -0.800186, 0.445655), (-0.913023, -0.388196, 0.125271)2.16427, 63.462181, 54.80925
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-
要素

#1: タンパク質
Probable vanillyl-alcohol oxidase


分子量: 58871.605 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)
株: RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro03282 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0SBK1, vanillyl-alcohol oxidase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-EOL / 2-methoxy-4-(prop-2-en-1-yl)phenol / eugenol / オイゲノ-ル


分子量: 164.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.06 M of MgCl 2/CaCl 2, 0.1 M Sodium Hepes/MOPS (acid), 20% Ethylene glycol, 20% PEG 8000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.965459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.3 Å / Num. obs: 175685 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.087 / Rrim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.4-2.443.21.2642825987170.4660.8231.5141.1100
13.15-49.382.90.028301610540.9970.020.03530.893.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FXD

5fxd


解像度: 2.4→49.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 17.304 / SU ML: 0.342 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.562 / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2616 8819 5 %RANDOM
Rwork0.2223 ---
obs0.2243 166794 99.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 144.7 Å2 / Biso mean: 54.414 Å2 / Biso min: 20.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.46 Å2-0 Å24.86 Å2
2---4.17 Å20 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→49.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32973 0 489 313 33775
Biso mean--53.15 43.14 -
残基数----4196
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01334377
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01730982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4351.64946727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2241.57771900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.85454188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.04522.3371874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.564155440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.59615229
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.24223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0238935
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.027372
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A4110TIGHT POSITIONAL0.170.13
1A4102TIGHT POSITIONAL0.160.13
1A4117TIGHT POSITIONAL0.190.13
1A4113TIGHT POSITIONAL0.180.13
1A4107TIGHT POSITIONAL0.170.13
1A4116TIGHT POSITIONAL0.190.13
1A4112TIGHT POSITIONAL0.170.13
1A4102TIGHT POSITIONAL0.20.13
1A4098TIGHT POSITIONAL0.20.13
1A4110TIGHT POSITIONAL0.180.13
1A4120TIGHT THERMAL4.141.32
2A4106TIGHT POSITIONAL0.170.13
2A4096TIGHT POSITIONAL0.180.13
2A4092TIGHT POSITIONAL0.180.13
2A4118TIGHT POSITIONAL0.170.13
2A4112TIGHT POSITIONAL0.20.13
2A4108TIGHT POSITIONAL0.190.13
2A4104TIGHT POSITIONAL0.190.13
2A4100TIGHT POSITIONAL0.180.13
2A4123TIGHT POSITIONAL0.20.13
2A4108TIGHT THERMAL5.31.32
3A4099TIGHT THERMAL6.251.32
4A4115TIGHT THERMAL7.611.32
5A4107TIGHT THERMAL9.41.32
6A4124TIGHT THERMAL13.781.32
7A4120TIGHT THERMAL13.621.32
8B4100TIGHT THERMAL4.361.32
9B4094TIGHT THERMAL5.371.32
10B4110TIGHT THERMAL5.651.32
11B4102TIGHT THERMAL7.461.32
12B4117TIGHT THERMAL12.191.32
13B4113TIGHT THERMAL11.361.32
14C4107TIGHT THERMAL6.181.32
15C4116TIGHT THERMAL5.731.32
16C4112TIGHT THERMAL7.771.32
17C4102TIGHT THERMAL11.381.32
18C4098TIGHT THERMAL11.651.32
19D4110TIGHT THERMAL5.961.32
20D4106TIGHT THERMAL6.481.32
21D4096TIGHT THERMAL10.861.32
22D4092TIGHT THERMAL9.891.32
23E4118TIGHT THERMAL4.61.32
24E4112TIGHT THERMAL8.421.32
25E4108TIGHT THERMAL7.671.32
26F4104TIGHT THERMAL7.091.32
27F4100TIGHT THERMAL6.291.32
28G4123TIGHT THERMAL7.781.32
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 653 -
Rwork0.359 12367 -
all-13020 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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