[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7ywv: Eugenol oxidase from rhodococcus jostii: mutant S81H, D151E, A423... -
+
Open data
-
Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7ywv | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Eugenol oxidase from rhodococcus jostii: mutant S81H, D151E, A423M, H434Y, S394V, Q425S, I445D, S518P | ||||||
Components | Probable vanillyl-alcohol oxidase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / biocatalysis / thermostability / oxidase / flavoenzyme | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationvanillyl-alcohol oxidase / vanillyl-alcohol oxidase activity / lactate catabolic process / D-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / D-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / FAD binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Rhodococcus jostii RHA1 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Alvigini, L. / Mattevi, A. | ||||||
| Funding support | European Union, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2022Title: Structure- and computational-aided engineering of an oxidase to produce isoeugenol from a lignin-derived compound. Authors: Guo, Y. / Alvigini, L. / Trajkovic, M. / Alonso-Cotchico, L. / Monza, E. / Savino, S. / Maric, I. / Mattevi, A. / Fraaije, M.W. | ||||||
| History |
|
-
Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
|---|
-
Downloads & links
-
Download
| PDBx/mmCIF format | 7ywv.cif.gz | 818.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7ywv.ent.gz | 679.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7ywv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7ywv_validation.pdf.gz | 4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7ywv_full_validation.pdf.gz | 4.1 MB | Display | |
| Data in XML | 7ywv_validation.xml.gz | 144.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 7ywv_validation.cif.gz | 196.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/7ywv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/7ywv | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7ywuC ![]() 5fxdS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
-
Links
-
Assembly
| Deposited unit | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 2 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 1
|
Movie
Controller
Components
About Yorodumi



Rhodococcus jostii RHA1 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Citation

PDBj





