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- PDB-7ywu: Eugenol oxidase from rhodococcus jostii: mutant S81H, A423M, H434... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ywu
タイトルEugenol oxidase from rhodococcus jostii: mutant S81H, A423M, H434Y, S394V, I445D, S518P
要素Probable vanillyl-alcohol oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / biocatalysis / thermostability / oxidase / flavoenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


vanillyl-alcohol oxidase / vanillyl-alcohol oxidase activity / D-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / lactate catabolic process / D-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / FAD binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
FAD-linked oxidase, C-terminal / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. ...FAD-linked oxidase, C-terminal / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-methoxy-4-(prop-2-en-1-yl)phenol / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / HEXANE-1,6-DIOL / Chem-I7I / Probable vanillyl-alcohol oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus jostii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Alvigini, L. / Mattevi, A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)H2020-837890European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure- and computational-aided engineering of an oxidase to produce isoeugenol from a lignin-derived compound.
著者: Guo, Y. / Alvigini, L. / Trajkovic, M. / Alonso-Cotchico, L. / Monza, E. / Savino, S. / Maric, I. / Mattevi, A. / Fraaije, M.W.
履歴
登録2022年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Probable vanillyl-alcohol oxidase
B: Probable vanillyl-alcohol oxidase
C: Probable vanillyl-alcohol oxidase
D: Probable vanillyl-alcohol oxidase
E: Probable vanillyl-alcohol oxidase
F: Probable vanillyl-alcohol oxidase
G: Probable vanillyl-alcohol oxidase
H: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)479,28427
ポリマ－471,1898
非ポリマー8,09519
水59433
1
A: Probable vanillyl-alcohol oxidase
D: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,14310
ポリマ－117,7972
非ポリマー2,3468
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable vanillyl-alcohol oxidase
C: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,9097
ポリマ－117,7972
非ポリマー2,1125
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Probable vanillyl-alcohol oxidase
G: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,6976
ポリマ－117,7972
非ポリマー1,9004
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
F: Probable vanillyl-alcohol oxidase
H: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,5354
ポリマ－117,7972
非ポリマー1,7372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.641, 79.429, 189.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.250, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18B
28C
19B
29D
110B
210E
111B
211F
112B
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113B
213H
114C
214D
115C
215E
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216F
117C
217G
118C
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119D
219E
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221G
122D
222H
123E
223F
124E
224G
125E
225H
126F
226G
127F
227H
128G
228H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUAA2 - 5262 - 526
21LEULEUBB2 - 5262 - 526
12ARGARGAA2 - 5222 - 522
22ARGARGCC2 - 5222 - 522
13LEULEUAA2 - 5262 - 526
23LEULEUDD2 - 5262 - 526
14PHEPHEAA2 - 5212 - 521
24PHEPHEEE2 - 5212 - 521
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25GLNGLNFF2 - 5242 - 524
16ARGARGAA2 - 5222 - 522
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18ARGARGBB2 - 5222 - 522
28ARGARGCC2 - 5222 - 522
19LEULEUBB2 - 5262 - 526
29LEULEUDD2 - 5262 - 526
110PHEPHEBB2 - 5212 - 521
210PHEPHEEE2 - 5212 - 521
111GLNGLNBB2 - 5242 - 524
211GLNGLNFF2 - 5242 - 524
112ARGARGBB2 - 5222 - 522
212ARGARGGG2 - 5222 - 522
113PHEPHEBB2 - 5212 - 521
213PHEPHEHH2 - 5212 - 521
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214ARGARGDD2 - 5222 - 522
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116ARGARGCC2 - 5222 - 522
216ARGARGFF2 - 5222 - 522
117GLYGLYCC2 - 5232 - 523
217GLYGLYGG2 - 5232 - 523
118PHEPHECC2 - 5212 - 521
218PHEPHEHH2 - 5212 - 521
119PHEPHEDD2 - 5212 - 521
219PHEPHEEE2 - 5212 - 521
120GLNGLNDD2 - 5242 - 524
220GLNGLNFF2 - 5242 - 524
121ARGARGDD2 - 5222 - 522
221ARGARGGG2 - 5222 - 522
122PHEPHEDD2 - 5212 - 521
222PHEPHEHH2 - 5212 - 521
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223PHEPHEFF2 - 5212 - 521
124PHEPHEEE2 - 5212 - 521
224PHEPHEGG2 - 5212 - 521
125PHEPHEEE2 - 5212 - 521
225PHEPHEHH2 - 5212 - 521
126ARGARGFF2 - 5222 - 522
226ARGARGGG2 - 5222 - 522
127PHEPHEFF2 - 5212 - 521
227PHEPHEHH2 - 5212 - 521
128PHEPHEGG2 - 5212 - 521
228PHEPHEHH2 - 5212 - 521

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.059525, -0.368574, 0.92769), (-0.206398, -0.9138, -0.349812), (0.976656, -0.170651, -0.130468)-57.627979, 27.18976, -22.557159
3given(1), (1), (1)
4given(-0.097944, -0.006987, -0.995167), (0.005556, -0.999964, 0.006474), (-0.995176, -0.004895, 0.09798)99.672546, -10.73132, 54.889648
5given(1), (1), (1)
6given(-0.925951, 0.376054, 0.034605), (0.375934, 0.909175, 0.179094), (0.035887, 0.178842, -0.983223)36.850159, -10.0761, 29.752581
7given(1), (1), (1)
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9given(1), (1), (1)
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13given(1), (1), (1)
14given(0.481398, 0.758451, -0.439326), (-0.774862, 0.133977, -0.617769), (-0.409688, 0.63781, 0.652191)42.97459, 43.158138, -44.524368
15given(1), (1), (1)
16given(-0.9789, 0.201303, 0.035104), (0.200932, 0.917016, 0.34454), (0.037166, 0.344324, -0.938115)92.832687, -36.57917, 149.079926
17given(1), (1), (1)
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20given(-0.437165, 0.639531, 0.632366), (0.709096, -0.187416, 0.679749), (0.553236, 0.74557, -0.371557)80.771629, -116.455437, 53.041458
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22given(0.365851, -0.701644, -0.611432), (0.77781, -0.130239, 0.614857), (-0.511043, -0.700524, 0.498097)104.788773, -53.055099, 47.132488
23given(1), (1), (1)
24given(0.591024, -0.635567, -0.496735), (0.757135, 0.22465, 0.613416), (-0.278275, -0.738639, 0.613983)-7.77872, -108.77948, 60.733768
25given(1), (1), (1)
26given(-0.211347, 0.640894, 0.737962), (0.60026, -0.510754, 0.615482), (0.771375, 0.57305, -0.276757)-18.739679, -47.950291, 90.644257
27given(1), (1), (1)
28given(0.057201, -0.209944, 0.976039), (-0.369961, -0.912494, -0.174594), (0.927285, -0.351109, -0.129867)31.166451, -0.08415, 60.067009
29given(1), (1), (1)
30given(0.591099, -0.635748, -0.496415), (0.75274, 0.213664, 0.62268), (-0.289802, -0.741736, 0.604849)-7.80725, -108.741753, 62.13324
31given(1), (1), (1)
32given(-0.220546, 0.634784, 0.740546), (0.610907, -0.501974, 0.612221), (0.760363, 0.587428, -0.277085)-18.808331, -47.80201, 90.395653
33given(1), (1), (1)
34given(-0.437011, 0.639732, 0.63227), (0.717321, -0.176214, 0.674091), (0.542652, 0.748126, -0.381886)80.716614, -116.87532, 54.468731
35given(1), (1), (1)
36given(0.356194, -0.708619, -0.609085), (0.773522, -0.142068, 0.61764), (-0.524203, -0.691141, 0.497529)104.764931, -53.008732, 46.994061
37given(1), (1), (1)
38given(-0.513475, -0.803076, 0.302346), (-0.709093, 0.198674, -0.676547), (0.48325, -0.561781, -0.671469)39.880581, 106.599312, -19.37219
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41given(1), (1), (1)
42given(0.212721, 0.795525, -0.567353), (-0.753209, -0.236374, -0.613843), (-0.622435, 0.557913, 0.548915)40.859348, 98.12114, 69.501312
43given(1), (1), (1)
44given(-0.751913, -0.62887, 0.197865), (-0.596605, 0.521372, -0.610109), (0.280518, -0.576796, -0.767213)11.67414, 37.40028, 82.783546
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48given(0.124154, 0.028692, 0.991848), (0.028481, -0.999273, 0.025341), (0.991854, 0.025102, -0.124881)48.446621, -52.326191, -53.654579
49given(1), (1), (1)
50given(0.944625, -0.325817, -0.039063), (0.327914, 0.93271, 0.150084), (-0.012466, -0.154582, 0.987901)112.869133, -48.42281, -30.336571
51given(1), (1), (1)
52given(0.947168, 0.320224, -0.018165), (-0.318868, 0.934026, -0.160993), (-0.034587, 0.15828, 0.986788)-91.45137, 76.75148, 41.341221
53given(1), (1), (1)
54given(-0.005, -0.45622, 0.889853), (-0.469713, -0.784515, -0.404853), (0.882805, -0.42, -0.21037)-63.427639, 55.597778, 100.325218
55given(1), (1), (1)
56given(0.114467, -0.167398, 0.979222), (-0.300693, -0.945301, -0.126449), (0.946827, -0.279971, -0.158541)31.24349, -1.45241, 61.096142

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Probable vanillyl-alcohol oxidase


分子量: 58898.629 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus jostii (バクテリア) / 株: RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro03282 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0SBK1, vanillyl-alcohol oxidase

-
非ポリマー , 6種, 52分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EOL / 2-methoxy-4-(prop-2-en-1-yl)phenol / eugenol / オイゲノ-ル


分子量: 164.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-I7I / [[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{S})-5-[5-[(1~{R})-1-(3-methoxy-4-oxidanyl-phenyl)propyl]-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-1~{H}-benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate


分子量: 951.767 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H47N9O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M MgCl 2 , 0.1 M Tris pH 8.5, 3.4 M 1,6-Hexandiol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49.58 Å / Num. obs: 106726 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.974 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.103 / Rrim(I) all: 0.195 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 377956 / Scaling rejects: 18
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.8-2.853.71.0991.353260.4680.6671.28998.8
15.34-49.583.20.0556890.8570.0410.06894.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FXD

5fxd


解像度: 2.8→49.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 22.795 / SU ML: 0.423 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.452 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2744 5453 5.1 %RANDOM
Rwork0.2274 ---
obs0.2299 101258 97.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 148.52 Å2 / Biso mean: 51.175 Å2 / Biso min: 5.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å2-0 Å22.49 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3----1.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→49.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32647 0 552 33 33232
Biso mean--48 24.11 -
残基数----4186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01334115
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01730611
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5251.64846413
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.291.57670978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.64954178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.17222.4771813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.398155265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.73915211
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.24222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0238649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.027280
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A4060TIGHT POSITIONAL0.270.13
1A4049TIGHT POSITIONAL0.280.13
1A4015TIGHT POSITIONAL0.270.13
1A3987TIGHT POSITIONAL0.290.13
1A4089TIGHT POSITIONAL0.240.13
1A4051TIGHT POSITIONAL0.250.13
1A4031TIGHT POSITIONAL0.270.13
1A4024TIGHT POSITIONAL0.260.13
1A3988TIGHT POSITIONAL0.280.13
1A4060TIGHT POSITIONAL0.270.13
1A4113TIGHT THERMAL6.931.32
2A4053TIGHT POSITIONAL0.280.13
2A4023TIGHT POSITIONAL0.280.13
2A3987TIGHT POSITIONAL0.290.13
2A4010TIGHT POSITIONAL0.310.13
2A3991TIGHT POSITIONAL0.270.13
2A3974TIGHT POSITIONAL0.290.13
2A3969TIGHT POSITIONAL0.270.13
2A3945TIGHT POSITIONAL0.280.13
2A3950TIGHT POSITIONAL0.30.13
2A4086TIGHT THERMAL3.581.32
3A4125TIGHT THERMAL4.781.32
4A4057TIGHT THERMAL12.951.32
5A4053TIGHT THERMAL14.971.32
6A4020TIGHT THERMAL16.771.32
7A3984TIGHT THERMAL19.131.32
8B4081TIGHT THERMAL6.41.32
9B4116TIGHT THERMAL4.171.32
10B4060TIGHT THERMAL10.991.32
11B4049TIGHT THERMAL10.691.32
12B4015TIGHT THERMAL12.851.32
13B3987TIGHT THERMAL15.161.32
14C4089TIGHT THERMAL5.191.32
15C4051TIGHT THERMAL11.181.32
16C4031TIGHT THERMAL12.921.32
17C4024TIGHT THERMAL14.881.32
18C3988TIGHT THERMAL16.871.32
19D4060TIGHT THERMAL12.461.32
20D4053TIGHT THERMAL13.221.32
21D4023TIGHT THERMAL15.261.32
22D3987TIGHT THERMAL17.641.32
23E4010TIGHT THERMAL9.431.32
24E3991TIGHT THERMAL7.961.32
25E3974TIGHT THERMAL11.091.32
26F3969TIGHT THERMAL7.941.32
27F3945TIGHT THERMAL6.951.32
28G3950TIGHT THERMAL8.241.32
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 409 -
Rwork0.346 7572 -
all-7981 -
obs--98.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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