PDB-7ywt: human Carbonic Anhydrase II in complex with 4-oxo-N-(4-sulfamoylp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ywt

タイトル

human Carbonic Anhydrase II in complex with 4-oxo-N-(4-sulfamoylphenyl)-1,3,4,6,7,11b-hexahydro-2H-pyrazino[2,1-a]isoquinoline-2-carboxamide

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase II / sulfonamide / metalloenzyme / praziquantel

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.106 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2022
タイトル: Development of Praziquantel sulphonamide derivatives as antischistosomal drugs.
著者: Angeli, A. / Ferraroni, M. / Carta, F. / Haberli, C. / Keiser, J. / Costantino, G. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2022年2月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ywt.cif.gz	77.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ywt.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ywt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/7ywt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/7ywt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qzxC 7r1xC 7yzhC 4fikS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.420, 41.480, 72.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.445, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-I6U / (11~{b}~{R})-4-oxidanylidene-~{N}-(4-sulfamoylphenyl)-3,6,7,11~{b}-tetrahydro-1~{H}-pyrazino[2,1-a]isoquinoline-2-carboxamide 分子量: 400.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₀N₄O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.5 M sodium citrate, 0.1 M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.106→48 Å / Num. obs: 95824 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.14 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.11→1.13 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.957 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / Num. unique obs: 6872 / CC_1/2: 0.727 / R_rim(I) all: 1.062 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FIK

4fik

解像度: 1.106→48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 0.454 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.032 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1774	4688	4.893 %
R_work	0.1615	91129	-
all	0.162	-	-
obs	-	95817	98.829 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.097 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.144 Å²	0 Å²	-0.103 Å²
2-	-	-0.019 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.191 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.106→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2055	0	35	248	2338

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2038
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.001	1.636	3005
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.507	1.603	4736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.122	5	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.151	23.853	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.989	15	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.975	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	498
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.2	422
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.063	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.321	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.245	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.364	1.059	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.353	1.053	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.083	1.591	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.083	1.593	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.297	1.299	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.296	1.3	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.458	1.856	1684
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.457	1.858	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.202	13.375	2475
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.202	13.383	2475

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.106-1.135	0.29	307	0.282	6556	X-RAY DIFFRACTION	96.2958
1.135-1.166	0.231	327	0.231	6424	X-RAY DIFFRACTION	97.0669
1.166-1.2	0.209	308	0.206	6247	X-RAY DIFFRACTION	97.3129
1.2-1.236	0.21	306	0.193	6137	X-RAY DIFFRACTION	97.7397
1.236-1.277	0.185	318	0.184	5944	X-RAY DIFFRACTION	98.3046
1.277-1.322	0.195	335	0.165	5789	X-RAY DIFFRACTION	98.9018
1.322-1.372	0.177	294	0.159	5604	X-RAY DIFFRACTION	99.3096
1.372-1.428	0.181	284	0.156	5414	X-RAY DIFFRACTION	99.6154
1.428-1.491	0.159	294	0.152	5181	X-RAY DIFFRACTION	99.6905
1.491-1.564	0.158	265	0.143	4997	X-RAY DIFFRACTION	99.7346
1.564-1.648	0.155	246	0.141	4739	X-RAY DIFFRACTION	99.9599
1.648-1.748	0.167	208	0.147	4540	X-RAY DIFFRACTION	99.9789
1.748-1.869	0.152	217	0.147	4228	X-RAY DIFFRACTION	99.955
1.869-2.019	0.184	197	0.149	3966	X-RAY DIFFRACTION	99.7604
2.019-2.211	0.171	192	0.148	3610	X-RAY DIFFRACTION	99.7638
2.211-2.472	0.162	176	0.147	3313	X-RAY DIFFRACTION	99.7427
2.472-2.853	0.155	156	0.155	2915	X-RAY DIFFRACTION	99.8375
2.853-3.493	0.18	111	0.16	2493	X-RAY DIFFRACTION	99.6937
3.493-4.934	0.167	98	0.149	1932	X-RAY DIFFRACTION	99.8524
4.934-48	0.245	49	0.195	1100	X-RAY DIFFRACTION	98.4576

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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