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- PDB-7ywj: Crystal structure of an engineered TycA variant, TycA pPLA (L313P) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ywj
タイトルCrystal structure of an engineered TycA variant, TycA pPLA (L313P)
要素Tyrocidine synthase 1
キーワードLIGASE / Nonribosomal peptide synthetase / Adenylation domain / depsipeptides
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine racemase (ATP-hydrolysing) / phenylalanine racemase (ATP-hydrolyzing) activity / ligase activity / antibiotic biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
AMP-binding / Non-ribosomal peptide synthase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. ...AMP-binding / Non-ribosomal peptide synthase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrocidine synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Brevibacillus parabrevis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.749 Å
データ登録者Mittl, P. / Camus, A. / Truong, G. / Markert, G. / Hilvert, D.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Reprogramming Nonribosomal Peptide Synthetases for Site-Specific Insertion of alpha-Hydroxy Acids.
著者: Camus, A. / Truong, G. / Mittl, P.R.E. / Markert, G. / Hilvert, D.
履歴
登録2022年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrocidine synthase 1
B: Tyrocidine synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7407
ポリマ－95,0932
非ポリマー6465
水19,2581069
1
A: Tyrocidine synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8874
ポリマ－47,5471
非ポリマー3413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrocidine synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8523
ポリマ－47,5471
非ポリマー3052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.043, 60.419, 249.243
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tyrocidine synthase 1 / Tyrocidine synthase I


分子量: 47546.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacillus parabrevis (バクテリア)
遺伝子: tycA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P09095, phenylalanine racemase (ATP-hydrolysing)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1069 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: (NH4)2SO4 (0.2 M), PEG 3,350 (25% (w/v)), BisTris (0.1 M) pH 5.5, and di-sodium malonate (1 M)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.749→48.9 Å / Num. obs: 92757 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 28.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1196 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.1244 / Net I/σ(I): 16.51
反射 シェル解像度: 1.749→1.812 Å / 冗長度: 12.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 9168 / CC1/2: 0.378 / % possible all: 99.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (18-SEP-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AMU

1amu


解像度: 1.749→48.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU R Cruickshank DPI: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.117 / SU Rfree Blow DPI: 0.111 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.104
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2094 4638 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.1767 92752 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 84.12 Å2 / Biso mean: 34.24 Å2 / Biso min: 18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9719 Å20 Å20 Å2
2---0.0169 Å20 Å2
3----2.955 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.749→48.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6216 0 39 1069 7324
Biso mean--42.27 45.31 -
残基数----796
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2287SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1116HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6549HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion873SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6988SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6549HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8916HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.18
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2658 93 5.01 %
Rwork0.2447 1763 -
all0.2458 1856 -
obs--99.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83510.30840.44110.65130.21610.66580.00020.02730.01140.0451-0.0006-0.0152-0.01180.060.0004-0.22360.0058-0.0129-0.17530.0034-0.196210.4678-5.7655-47.6491
20.43120.2318-0.0910.7158-0.22170.4578-0.01490.05190.0258-0.01620.0099-0.0103-0.03270.03420.005-0.1106-0.0044-0.0152-0.15460.0019-0.166537.6272-33.6655-13.5921
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A29 - 428
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B29 - 428

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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