+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yw3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of tRNA 2'-phosphotransferase from Homo sapiens | ||||||
要素 | tRNA 2'-phosphotransferase 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / tRNA 2'-phosphotransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2'-phosphotransferase / tRNA 2'-phosphotransferase activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / regulation of protein kinase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, X.Y. / Liu, X.H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023 タイトル: Structural and biochemical insights into the molecular mechanism of TRPT1 for nucleic acid ADP-ribosylation. 著者: Yang, X. / Wang, J. / Li, S. / Li, X. / Gong, J. / Yan, Z. / Zhou, H. / Wu, C. / Liu, X. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yw3.cif.gz | 56.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7yw3.ent.gz | 38 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yw3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/7yw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/7yw3 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 7yw2C 7yw4C 6e3aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27781.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86TN4, 2'-phosphotransferase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-HQG / [[( |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.59 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.0 28 % PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→25.38 Å / Num. obs: 8284 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 38.57 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 53150 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6e3a 解像度: 2.5→25.38 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.16 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.02 Å2 / Biso mean: 48.2627 Å2 / Biso min: 27.32 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→25.38 Å
| ||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 99 %
|