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- PDB-7yvy: Crystal structure of thiolase PFC_04095 from Pyrococcus furiosus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yvy
タイトルCrystal structure of thiolase PFC_04095 from Pyrococcus furiosus
要素Acetyl-CoA acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Pyrococcus furiosus / acetoacetyl-CoA thiolase / acetyl-CoA acetyltransferase
機能・相同性Thiolase C-terminal domain-like / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase-like / Acetyl-CoA acetyltransferase
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Singh, R. / Das, A.K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR40990/MED/29/1540/2020 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of thiolase PFC_04095 from Pyrococcus furiosus
著者: Singh, R. / Das, A.K.
履歴
登録2022年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA acetyltransferase
B: Acetyl-CoA acetyltransferase
C: Acetyl-CoA acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,0603
ポリマ－123,0603
非ポリマー00
水00
1
A: Acetyl-CoA acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0201
ポリマ－41,0201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Acetyl-CoA acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0201
ポリマ－41,0201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Acetyl-CoA acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0201
ポリマ－41,0201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.246, 113.482, 107.533
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.030, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Acetyl-CoA acetyltransferase


分子量: 41019.887 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌) / 遺伝子: PFC_04095 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I6V154, acetyl-CoA C-acetyltransferase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M carboxylic acids, 0.1 M buffer system 3 pH 8.5 and 50 % v/v precipitant mix 4. Carboxylic acids: 0.2 M each of sodium formate, ammonium acetate, sodium citrate tribasic dihydrate, ...詳細: 0.1 M carboxylic acids, 0.1 M buffer system 3 pH 8.5 and 50 % v/v precipitant mix 4. Carboxylic acids: 0.2 M each of sodium formate, ammonium acetate, sodium citrate tribasic dihydrate, sodium potassium tartrate tetrahydrate and sodium oxamate. Buffer system 3: Tris (base); bicine pH 8.5 Precipitant mix 4: MPD_PIK_P3350 (25 % v/v MPD, 25 % PEG 1000, 25 % w/v PEG 3350)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48.03 Å / Num. obs: 36797 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 77.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 16.93
反射 シェル解像度: 2.7→2.797 Å / Num. unique obs: 3666 / CC1/2: 0.923 / CC star: 0.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ESQ

6esq


解像度: 2.7→48.03 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2524 1814 4.95 %
Rwork0.2092 34840 -
obs0.2114 36654 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 176.95 Å2 / Biso mean: 91.3016 Å2 / Biso min: 43.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→48.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7760 0 0 0 7760
残基数----1091
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.770.37911430.34412630277398
2.77-2.850.35931440.29652651279599
2.85-2.950.35221350.28492661279699
2.95-3.050.33541310.28552678280999
3.05-3.170.41331240.32512683280799
3.17-3.320.361200.28752676279699
3.32-3.490.29121680.25832654282299
3.49-3.710.2841330.24422680281399
3.71-40.28881320.21192692282499
4-4.40.22231320.172727022834100
4.4-5.040.20891600.171326762836100
5.04-6.340.23231450.197527172862100
6.35-48.030.19551470.169427402887100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.671 Å / Origin y: -33.553 Å / Origin z: -7.7945 Å
111213212223313233
T0.5184 Å2-0.013 Å2-0.0017 Å2-0.4588 Å2-0.0249 Å2--0.4969 Å2
L0.6306 °20.2825 °20.0317 °2-0.1392 °20.0306 °2---0.1058 °2
S-0.0332 Å °0.0807 Å °0.1096 Å °-0.0563 Å °0.0391 Å °-0.1379 Å °-0.0687 Å °-0.011 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 388
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 388
3X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 387

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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