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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yv0 | ||||||
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タイトル | Structural Insight into a Metal-Dependent Mutase MtdL Revealing an Arginine Residue Covalently Mediated Interconversion between Nucleotide-Based furanose and pyranose | ||||||
![]() | Transglycosylse | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Metal-Dependent Mutase | ||||||
機能・相同性 | STELLO-like / Reversibly glycosylated polypeptide family / Reversibly glycosylated polypeptide / metal ion binding / Transglycosylse![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chi, C.B. / Ma, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural Insight into a Metal-Dependent Mutase Revealing an Arginine Residue-Covalently Mediated Interconversion between Nucleotide-Based Pyranose and Furanose. 著者: Chi, C.B. / Xu, R. / Chen, Q.Q. / Zhang, X.H. / Shi, X.M. / Jin, H.W. / Yin, F. / Jia, H.L. / Zhang, L.R. / Yang, D.H. / Ju, J.H. / Li, Q.L. / Ma, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 149.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 465 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7yuaC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41653.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: G8HX37 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.64 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15 % PEG 8000, 0.1 M HEPES 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.34→49.14 Å / Num. obs: 37896 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.34→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.275 / Num. unique obs: 3686 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 87.85 Å2 / Biso mean: 42.7832 Å2 / Biso min: 22.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.34→31.191 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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