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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ytx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TLR8 in complex with its antagonist | ||||||
要素 | Toll-like receptor 8 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Toll-like receptor 8 / inhibitor (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Toll Like Receptor 7/8 (TLR7/8) Cascade / toll-like receptor 8 signaling pathway / negative regulation of interleukin-12 production / endolysosome membrane / positive regulation of innate immune response / Trafficking and processing of endosomal TLR / pattern recognition receptor activity / Toll様受容体 / positive regulation of interferon-alpha production / immunoglobulin mediated immune response ...Toll Like Receptor 7/8 (TLR7/8) Cascade / toll-like receptor 8 signaling pathway / negative regulation of interleukin-12 production / endolysosome membrane / positive regulation of innate immune response / Trafficking and processing of endosomal TLR / pattern recognition receptor activity / Toll様受容体 / positive regulation of interferon-alpha production / immunoglobulin mediated immune response / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / regulation of protein phosphorylation / response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to mechanical stimulus / double-stranded RNA binding / positive regulation of type II interferon production / signaling receptor activity / defense response to virus / single-stranded RNA binding / endosome membrane / 炎症 / external side of plasma membrane / ゴルジ体 / 自然免疫系 / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / DNA binding / RNA binding / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Shimizu, T. / Sakaniwa, K. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Pharmacol. / 年: 2023 タイトル: A novel Toll-like receptor 7/8-specific antagonist E6742 ameliorates clinically relevant disease parameters in murine models of lupus. 著者: Ishizaka, S.T. / Hawkins, L. / Chen, Q. / Tago, F. / Yagi, T. / Sakaniwa, K. / Zhang, Z. / Shimizu, T. / Shirato, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ytx.cif.gz | 642.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ytx.ent.gz | 534.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ytx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/7ytx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/7ytx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5wyxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 92835.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLR8, UNQ249/PRO286 / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: Q9NR97 #6: 化合物 | |
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-糖 , 5種, 24分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||||
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#3: 多糖 | #4: 多糖 | #5: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 18% PEG 3350, 0.2M calcium chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 20% ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→49.06 Å / Num. obs: 43346 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 181.4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.01 Å / Num. unique obs: 4550 / CC1/2: 0.845 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5WYX 解像度: 2.9→43.35 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 32.47 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→43.35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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