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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ytp | ||||||
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タイトル | TLR7 in complex with an inhibitor | ||||||
要素 | Toll-like receptor 7 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / TLR7 / antagonist | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 toll-like receptor 7 signaling pathway / response to cGMP / siRNA binding / early phagosome / positive regulation of macrophage cytokine production / pattern recognition receptor activity / toll-like receptor signaling pathway / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of chemokine production ...toll-like receptor 7 signaling pathway / response to cGMP / siRNA binding / early phagosome / positive regulation of macrophage cytokine production / pattern recognition receptor activity / toll-like receptor signaling pathway / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-8 production / regulation of protein phosphorylation / cellular response to virus / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of interleukin-6 production / double-stranded RNA binding / positive regulation of type II interferon production / defense response to virus / single-stranded RNA binding / lysosome / receptor complex / endosome / inflammatory response / innate immune response / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Macaca mulatta (アカゲザル) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Z. / Ohto, U. / Shimizu, T. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: TLR7 in complex with an inhibitor 著者: Zhang, Z. / Shimizu, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ytp.cif.gz | 284.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ytp.ent.gz | 223.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ytp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ytp_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ytp_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ytp_validation.xml.gz | 50.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ytp_validation.cif.gz | 75.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/7ytp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/7ytp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34091MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 111561.273 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain,extracellular domain 変異: N145Q/N367Q/S418L/E419V/V420P/G421R/F422G/C423S/N466Q/N777Q 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: TLR7 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: B3Y653 #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TLR7 in complex with an inhibitor / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.2 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
由来(組換発現) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
緩衝液 | pH: 4.8 |
試料 | 濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 61.1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3.1.1 / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91789 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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