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万見
- PDB-7ysk: Crystal structure of D-Cysteine desulfhydrase from Pectobacterium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ysk
タイトルCrystal structure of D-Cysteine desulfhydrase from Pectobacterium atrosepticum
要素D-Cysteine desulfhydrase
キーワードLYASE / PLP-dependent enzyme / D-Cysteine desulfhydrase / geminal diamine
機能・相同性1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase activity / D-cysteine desulfhydrase / D-cysteine desulfhydrase activity / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase/D-cysteine desulfhydrase / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
機能・相同性情報
生物種Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhang, X. / Wang, L. / Xu, X. / Xing, X. / Zhou, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA09005000 中国
引用ジャーナル: Tetrahedron / 年: 2022
タイトル: Characterization and structural basis of D-cysteine desulfhydrase from Pectobacterium atrosepticum
著者: Xu, X. / Yang, L. / Zhang, X. / Xing, X. / Zhou, J.
履歴
登録2022年8月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-Cysteine desulfhydrase
B: D-Cysteine desulfhydrase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9302
ポリマ－79,9302
非ポリマー00
水8,179454
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area24430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.474, 86.540, 68.482
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.450, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 D-Cysteine desulfhydrase


分子量: 39965.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (バクテリア)
株: SCRI 1043 / ATCC BAA-672 / 遺伝子: ECA1531 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6D6Z8, D-cysteine desulfhydrase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.77 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (w/v) PEG6000, 100 mM MES/sodium hydroxide pH 6.0, 200 mM ammonium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.87 Å / Num. obs: 55529 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 17.01 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.681 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3320 / CC1/2: 0.764 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D97

4d97


解像度: 1.8→37.65 Å / SU ML: 0.2429 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.1119
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2676 2640 4.91 %
Rwork0.2228 51093 -
obs0.225 53733 94.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5132 0 0 454 5586
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00755308
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91417207
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0543809
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074950
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.43121971
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.830.40131300.34082788X-RAY DIFFRACTION99.45
1.83-1.870.31221240.31262828X-RAY DIFFRACTION99.39
1.87-1.910.61210.50512229X-RAY DIFFRACTION78.02
1.91-1.950.6008930.52112088X-RAY DIFFRACTION73.98
1.95-1.990.36731520.32422742X-RAY DIFFRACTION98.23
1.99-2.040.28951400.25842801X-RAY DIFFRACTION98.79
2.04-2.10.48881310.39522447X-RAY DIFFRACTION85.65
2.1-2.160.24121360.21422817X-RAY DIFFRACTION99.6
2.16-2.230.25981500.21752751X-RAY DIFFRACTION97.91
2.23-2.310.42151410.32692464X-RAY DIFFRACTION87.62
2.31-2.40.2361440.19932824X-RAY DIFFRACTION98.87
2.4-2.510.26431250.19842783X-RAY DIFFRACTION98.14
2.51-2.640.24881420.20022835X-RAY DIFFRACTION99.87
2.64-2.810.30091560.22572743X-RAY DIFFRACTION97.61
2.81-3.030.21451290.20022828X-RAY DIFFRACTION99.16
3.03-3.330.20861560.19062802X-RAY DIFFRACTION98.04
3.33-3.810.24551530.17842776X-RAY DIFFRACTION97.83
3.81-4.80.17221340.14052765X-RAY DIFFRACTION96.03
4.8-37.650.17841830.14832782X-RAY DIFFRACTION97.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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