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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ysj | ||||||
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タイトル | GluK1-1a in nanodisc captured in SYM2081 bound desensitized state | ||||||
![]() | Glutamate receptor | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Kainate receptor / GluK1-1a splice variant / nanodisc / SYM2081 bound / desensitized state | ||||||
機能・相同性 | ![]() ligand-gated monoatomic ion channel activity / signaling receptor activity / postsynaptic membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å | ||||||
![]() | Dhingra, S. / Kumar, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Functional Implications of the Exon 9 Splice Insert in GluK1 Kainate Receptors 著者: Dhingra, S. / Chopade, P.M. / Vinnakota, R. / Kumar, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 508.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 399.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 34076MC ![]() 7ysvC ![]() 8gprC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 124527.125 Da / 分子数: 4 / 変異: C552Y, C557V / 由来タイプ: 組換発現 詳細: L838-S843 correspond to Thrombin recognition site, A844-A847 correspond to Ala linker, V848-S1090 correspond to enhanced green fluorescent protein (EGFP), H1091-H1098 correspond to Octa-His affinity tag. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Complex of GluK1-1a in lipid nanodisc with SYM2081 / タイプ: COMPLEX 詳細: EGFP is covalently conjugated to the C-terminus of GluK1-1a. MSP1E3D1 soybean polar lipid nanodisc used. Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.60 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.87 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 40.8 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24531 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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