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- PDB-7ysf: Crystal structure of ZNF524 ZF1-4 in complex with telomeric DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ysf
タイトルCrystal structure of ZNF524 ZF1-4 in complex with telomeric DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*C)-3')
  • Zinc finger protein 524
キーワードTRANSFERASE/DNA / C2H2 zinc finger / DNA BINDING PROTEIN / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific double-stranded DNA binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
C2H2-type zinc finger / C2H2-type zinc finger / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / DNA / DNA (> 10) / Zinc finger protein 524
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Li, F.D. / Xu, Z.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: ZNF524 directly interacts with telomeric DNA and supports telomere integrity.
著者: Braun, H. / Xu, Z. / Chang, F. / Viceconte, N. / Rane, G. / Levin, M. / Lototska, L. / Roth, F. / Hillairet, A. / Fradera-Sola, A. / Khanchandani, V. / Sin, Z.W. / Yong, W.K. / Dreesen, O. / ...著者: Braun, H. / Xu, Z. / Chang, F. / Viceconte, N. / Rane, G. / Levin, M. / Lototska, L. / Roth, F. / Hillairet, A. / Fradera-Sola, A. / Khanchandani, V. / Sin, Z.W. / Yong, W.K. / Dreesen, O. / Yang, Y. / Shi, Y. / Li, F. / Butter, F. / Kappei, D.
履歴
登録2022年8月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger protein 524
B: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1648
ポリマ－24,7683
非ポリマー3965
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area11650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.807, 52.194, 97.491
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Zinc finger protein 524


分子量: 15589.205 Da / 分子数: 1 / 断片: Zinc Finger 1-4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZNF524 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96C55

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*G)-3')


分子量: 4745.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*C)-3')


分子量: 4433.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 3種, 95分子

#4: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Imidazole malate, pH 5.5, 15% (w/ v) polyethylene glycol 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 9248 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 0.831 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 61403
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.444.70.3774190.9040.1890.4230.8389.5
2.44-2.495.40.3434380.9380.1610.3810.85999.8
2.49-2.535.60.2884580.9580.1310.3170.834100
2.53-2.5960.2514510.9640.1110.2750.855100
2.59-2.646.30.2264540.9730.0960.2460.898100
2.64-2.770.2134550.9690.0860.230.871100
2.7-2.777.40.1854620.9780.0720.1990.877100
2.77-2.857.40.1664460.9790.0640.1780.887100
2.85-2.937.20.1374580.9840.0540.1470.91100
2.93-3.027.20.1154440.9870.0460.1240.836100
3.02-3.137.20.0944790.9950.0370.1010.889100
3.13-3.267.40.0774550.9990.0330.0840.91899.6
3.26-3.417.10.0614650.9960.0270.0670.89599.8
3.41-3.586.70.0554580.9970.0230.060.90199.6
3.58-3.817.20.0514600.9980.020.0550.93199.8
3.81-4.16.90.0464700.9960.0190.050.82699.8
4.1-4.526.70.0414710.9980.0170.0440.712100
4.52-5.176.90.0384750.9980.0150.0410.618100
5.17-6.516.60.0384970.9980.0160.0410.644100
6.51-505.80.0365330.9980.0160.0390.62999.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→27.587 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2533 447 4.88 %
Rwork0.2183 8715 -
obs0.2201 9162 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.98 Å2 / Biso mean: 38.1981 Å2 / Biso min: 24.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→27.587 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数928 609 12 90 1639
Biso mean--34.67 33.78 -
残基数----143
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4-2.7470.3731380.2915284399
2.747-3.45990.2841460.2458286399
3.4599-27.5870.21181630.18413009100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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