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- PDB-7yqq: Crystal Structure of Xcc NAMPT and its complex with NMN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yqq
タイトルCrystal Structure of Xcc NAMPT and its complex with NMN
要素Pre-B cell enhancing factor related protein
キーワードTRANSFERASE / Xcc NAMPT in complexed state with NMN
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / NAD+ biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Nicotinamide phosphoribosyl transferase / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinate/nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Nicotinamide phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Xu, G.L. / Ming, Z.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32160064 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Structural insights into Xanthomonas campestris pv. campestris NAD + biosynthesis via the NAM salvage pathway.
著者: Xu, G. / Ma, J. / Fang, Q. / Peng, Q. / Jiao, X. / Hu, W. / Zhao, Q. / Kong, Y. / Liu, F. / Shi, X. / Tang, D.J. / Tang, J.L. / Ming, Z.
履歴
登録2022年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-B cell enhancing factor related protein
B: Pre-B cell enhancing factor related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,8584
ポリマ－106,4272
非ポリマー4302
水8,611478
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Analytical Ultracentrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8200 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area32410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.740, 115.740, 318.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-613-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Pre-B cell enhancing factor related protein / Nicotinamide Phosphoribosyltransferase


分子量: 53213.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
株: 8004 / 遺伝子: XC_0719 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2X5R2
#2: 化合物 ChemComp-NMN / BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE / β-NMN


分子量: 335.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.43 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: ammonium tartrate, N,N-Bis(3-D-gluconamidopropyl) cholamide, N,N-Dimethyldecylamine-N-oxide, NMN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月12日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→106.04 Å / Num. obs: 63152 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 37.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.22→2.28 Å / Num. unique obs: 4525 / CC1/2: 0.775

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7YQO

7yqo


解像度: 2.22→57.87 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2179 1861 3.15 %
Rwork0.1829 57131 -
obs0.184 58992 93.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.66 Å2 / Biso mean: 43.3291 Å2 / Biso min: 20.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.22→57.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7004 0 27 478 7509
Biso mean--67.85 45.66 -
残基数----901
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2201-2.28010.36481110.3439333173
2.2801-2.34720.28581240.2488400187
2.3472-2.42290.24311370.2058418091
2.4229-2.50950.2111370.2011423091
2.5095-2.610.23541380.1973427093
2.61-2.72880.27371430.1967434894
2.7288-2.87270.27161470.2008448396
2.8727-3.05260.22411470.1893452597
3.0526-3.28830.22321520.1788456698
3.2883-3.61920.20911480.1682465398
3.6192-4.14280.19921540.1604468199
4.1428-5.21890.16061570.14894796100
5.2189-57.870.21661660.1897506799
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.292 Å / Origin y: -51.9618 Å / Origin z: -4.2112 Å
111213212223313233
T0.201 Å20.0058 Å2-0.0075 Å2-0.299 Å20.0373 Å2--0.4428 Å2
L0.7983 °20.1244 °2-0.1082 °2-0.0928 °20.0222 °2--0.4138 °2
S0.0044 Å °0.0767 Å °0.0573 Å °-0.0165 Å °0.0129 Å °-0.0003 Å °-0.0019 Å °-0.0283 Å °-0.0174 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 468
2X-RAY DIFFRACTION1allA501 - 601
3X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 468
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 478

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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