PDB-7yqr: Crystal Structure of Xcc NAMPT and its complex with NAM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yqr

タイトル

Crystal Structure of Xcc NAMPT and its complex with NAM

要素

Pre-B cell enhancing factor related protein

キーワード

TRANSFERASE / NAMPT-NAM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / NAD+ biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Xu, G.L. / Ming, Z.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Structural insights into Xanthomonas campestris pv. campestris NAD + biosynthesis via the NAM salvage pathway.
著者: Xu, G. / Ma, J. / Fang, Q. / Peng, Q. / Jiao, X. / Hu, W. / Zhao, Q. / Kong, Y. / Liu, F. / Shi, X. / Tang, D.J. / Tang, J.L. / Ming, Z.

履歴

登録	2022年8月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yqr.cif.gz	199 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yqr.ent.gz	156.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yqr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yqr_validation.pdf.gz	966.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yqr_full_validation.pdf.gz	973.9 KB	表示
XML形式データ	7yqr_validation.xml.gz	37.2 KB	表示
CIF形式データ	7yqr_validation.cif.gz	53.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/7yqr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/7yqr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yqoC 7yqpC 7yqqSC 8igzC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pre-B cell enhancing factor related protein

B: Pre-B cell enhancing factor related protein

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Analytical Ultracentrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.950, 115.950, 317.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-595- HOH

#1: タンパク質	Pre-B cell enhancing factor related protein / Nicotinamide Phosphoribosyltransferase 分子量: 53213.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア) 株: 8004 / 遺伝子: XC_0719 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2X5R2
#2: 化合物	ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE 分子量: 122.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.54 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: ammonium tartrate, N,N-Bis(3-D-gluconamidopropyl) cholamide, N,N-Dimethyldecylamine-N-oxide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月13日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→26.85 Å / Num. obs: 86028 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.8
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 6228 / CC_1/2: 0.796

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15_3459: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7YQQ

7yqq

解像度: 2→26.85 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2092	4315	5.02 %
R_work	0.1872	-	-
obs	0.1883	85886	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→26.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7187	0	18	403	7608

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7364
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.801	10024
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.295	4325
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1127
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1302

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.3624	138	0.266	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0227-2.0465	0.2611	142	0.2538	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0465-2.0715	0.2786	139	0.2408	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0715-2.0977	0.2792	132	0.232	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0977-2.1253	0.2601	141	0.2217	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1253-2.1544	0.2765	139	0.2175	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1544-2.1851	0.2459	135	0.2078	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1851-2.2177	0.2352	128	0.209	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2177-2.2524	0.2512	153	0.2082	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2524-2.2893	0.2161	148	0.2048	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2893-2.3287	0.2429	151	0.1972	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3287-2.3711	0.2648	144	0.2008	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3711-2.4166	0.2367	147	0.1962	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4166-2.4659	0.1935	152	0.1944	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4659-2.5195	0.2444	145	0.1915	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5195-2.5781	0.2268	138	0.1869	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5781-2.6425	0.2074	111	0.1946	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6425-2.7139	0.2396	145	0.196	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7139-2.7937	0.2383	118	0.2101	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7937-2.8837	0.2529	140	0.2078	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8837-2.9867	0.2536	128	0.1961	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9867-3.1061	0.2282	156	0.1978	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1061-3.2472	0.2131	157	0.1938	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2472-3.4181	0.1877	155	0.186	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4181-3.6318	0.1863	161	0.1751	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6318-3.9114	0.2115	140	0.169	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9114-4.3036	0.181	164	0.1555	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3036-4.923	0.1809	155	0.1602	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
4.923-6.1899	0.2014	165	0.1954	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1899-26.85	0.1733	148	0.1838	3044	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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