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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yq1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of adenosine 5'-phosphosulfate kinase from Archaeoglobus fulgidus in complex with AMP-PNP and APS | ||||||
要素 | Adenylyl-sulfate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / APS kinase / archaea | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adenylyl-sulfate kinase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate assimilation / hydrogen sulfide biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å | ||||||
データ登録者 | Kawakami, T. / Teramoto, T. / Kakuta, Y. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022 タイトル: Crystal structure of adenosine 5'-phosphosulfate kinase isolated from Archaeoglobus fulgidus. 著者: Kawakami, T. / Teramoto, T. / Kakuta, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yq1.cif.gz | 479 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yq1.ent.gz | 393.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yq1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7yq1_validation.pdf.gz | 10.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7yq1_full_validation.pdf.gz | 10.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7yq1_validation.xml.gz | 55 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7yq1_validation.cif.gz | 75.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/7yq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/7yq1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7yq0C 5cb6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 20093.211 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: cysC, XD40_0245, XD48_1780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A101DF63, adenylyl-sulfate kinase |
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-非ポリマー , 6種, 967分子
#2: 化合物 | ChemComp-ADX / #3: 化合物 | ChemComp-ANP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | ChemComp-BO3 / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.29 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.0 M Sodium citrate tribasic, 0.1 M Sodium cacodylate-hydrochloric acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 122344 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→2.03 Å / Num. unique obs: 20197 / CC1/2: 0.587 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5CB6 解像度: 1.91→48.48 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.59 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→48.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -3.7133 Å / Origin y: 1.0224 Å / Origin z: 28.4662 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |