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- PDB-7yq1: Crystal structure of adenosine 5'-phosphosulfate kinase from Arch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yq1
タイトルCrystal structure of adenosine 5'-phosphosulfate kinase from Archaeoglobus fulgidus in complex with AMP-PNP and APS
要素Adenylyl-sulfate kinase
キーワードTRANSFERASE / APS kinase / archaea
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfate assimilation via adenylyl sulfate reduction / sulfate assimilation, phosphoadenylyl sulfate reduction by phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) / adenylyl-sulfate kinase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / hydrogen sulfide biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Adenylyl-sulfate kinase / Adenylylsulphate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / BORIC ACID / Adenylyl-sulfate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Kawakami, T. / Teramoto, T. / Kakuta, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K05384 日本
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of adenosine 5'-phosphosulfate kinase isolated from Archaeoglobus fulgidus.
著者: Kawakami, T. / Teramoto, T. / Kakuta, Y.
履歴
登録2022年8月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylyl-sulfate kinase
B: Adenylyl-sulfate kinase
C: Adenylyl-sulfate kinase
D: Adenylyl-sulfate kinase
E: Adenylyl-sulfate kinase
F: Adenylyl-sulfate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,04534
ポリマ－120,5596
非ポリマー6,48628
水16,916939
1
A: Adenylyl-sulfate kinase
ヘテロ分子

B: Adenylyl-sulfate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,59414
ポリマ－40,1862
非ポリマー2,40812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area15620 Å2
手法PISA
2
C: Adenylyl-sulfate kinase
ヘテロ分子

E: Adenylyl-sulfate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,22610
ポリマ－40,1862
非ポリマー2,0398
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area6160 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area15240 Å2
手法PISA
3
D: Adenylyl-sulfate kinase
ヘテロ分子

F: Adenylyl-sulfate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,22610
ポリマ－40,1862
非ポリマー2,0398
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area15160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.230, 238.240, 132.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-407-

HOH

21A-518-

HOH

31F-435-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Adenylyl-sulfate kinase / APS kinase / ATP adenosine-5'-phosphosulfate 3'-phosphotransferase / Adenosine-5'-phosphosulfate kinase


分子量: 20093.211 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: cysC, XD40_0245, XD48_1780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A101DF63, adenylyl-sulfate kinase

-
非ポリマー , 6種, 967分子

#2: 化合物
ChemComp-ADX / ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE / アデノシン5′-ホスホ硫酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.284 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O10PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸


分子量: 61.833 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 939 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.29 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.0 M Sodium citrate tribasic, 0.1 M Sodium cacodylate-hydrochloric acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 122344 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 1.91→2.03 Å / Num. unique obs: 20197 / CC1/2: 0.587

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CB6

5cb6


解像度: 1.91→48.48 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2463 1998 1.63 %
Rwork0.214 --
obs0.2146 122311 98.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→48.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8370 0 402 939 9711
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059099
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94412355
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0413501
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521323
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071512
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.91-1.960.31551250.31848443X-RAY DIFFRACTION97
1.96-2.010.30231510.2968543X-RAY DIFFRACTION97
2.01-2.070.2741420.27938491X-RAY DIFFRACTION98
2.07-2.140.33441450.27188527X-RAY DIFFRACTION98
2.14-2.210.28291370.25548523X-RAY DIFFRACTION98
2.21-2.30.2931430.24258559X-RAY DIFFRACTION98
2.3-2.410.26441500.23638571X-RAY DIFFRACTION98
2.41-2.530.24971340.23898585X-RAY DIFFRACTION98
2.53-2.690.30291400.238621X-RAY DIFFRACTION99
2.69-2.90.25281440.22178693X-RAY DIFFRACTION99
2.9-3.190.26161420.21268604X-RAY DIFFRACTION99
3.19-3.650.22181520.18628685X-RAY DIFFRACTION99
3.65-4.60.19181430.15958696X-RAY DIFFRACTION99
4.6-48.480.20211500.17258772X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.7133 Å / Origin y: 1.0224 Å / Origin z: 28.4662 Å
111213212223313233
T0.1079 Å2-0.0016 Å2-0.0025 Å2-0.1862 Å2-0.0078 Å2--0.1375 Å2
L0.1119 °20.0229 °2-0.0025 °2-0.0799 °2-0.015 °2--0.1487 °2
S0.0302 Å °-0.1139 Å °0.0019 Å °-0.0214 Å °-0.0337 Å °-0.0023 Å °-0.0029 Å °0.0024 Å °0.0007 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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