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- PDB-7ype: Crystal structure of AsfvPCNA in space group of P63 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ype
タイトルCrystal structure of AsfvPCNA in space group of P63
要素E301R
キーワードDNA BINDING PROTEIN / sliding clamp / Proliferating cell nuclear antigen
機能・相同性: / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / Uncharacterized protein E301R
機能・相同性情報
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Shao, Z.W. / Gan, J.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2023
タイトル: Structural and functional studies of PCNA from African swine fever virus.
著者: Shao, Z. / Yang, J. / Gao, Y. / Zhang, Y. / Zhao, X. / Shao, Q. / Zhang, W. / Cao, C. / Liu, H. / Gan, J.
履歴
登録2022年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E301R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9112
ポリマ－35,8191
非ポリマー921
水95553
1
A: E301R
ヘテロ分子

A: E301R
ヘテロ分子

A: E301R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7336
ポリマ－107,4573
非ポリマー2763
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area39160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.660, 118.660, 54.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 E301R / PE301R / Proliferating cell nuclear antigen-like protein / PCNA


分子量: 35818.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
遺伝子: E301R, AFSV47Ss_0191, ASFVARMWT4_00138 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A1E3R5
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5 and 20% (w/v) PEG1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→29.66 Å / Num. obs: 22459 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.3 % / Biso Wilson estimate: 37.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 18.9 / Num. measured all: 410355 / Scaling rejects: 513
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.2717.81.3633460919450.7580.3321.4032.6100
9.07-29.6619.60.03966703410.9990.0090.0463.197.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
Aimless0.5.29データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→29.66 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2269 1115 4.97 %
Rwork0.2089 21330 -
obs0.2098 22445 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 221.26 Å2 / Biso mean: 50.0587 Å2 / Biso min: 21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2338 0 6 53 2397
Biso mean--82.6 44.15 -
残基数----286
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2-2.30.3011410.261826472788
2.3-2.420.32041360.238326512787
2.42-2.570.28171550.248526192774
2.57-2.770.28851450.233726612806
2.77-3.050.23711350.237726562791
3.05-3.490.20531370.204626582795
3.49-4.40.18191490.186226642813
4.4-29.660.21551170.190427742891
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.2683 Å / Origin y: -43.8052 Å / Origin z: 6.093 Å
111213212223313233
T0.2592 Å20.048 Å20.0211 Å2-0.2364 Å2-0.0035 Å2--0.2531 Å2
L4.5449 °20.8649 °20.1307 °2-0.7975 °2-0.0705 °2--0.7649 °2
S0.0951 Å °-0.0388 Å °0.3799 Å °0.0015 Å °-0.0548 Å °0.008 Å °-0.1302 Å °0.0634 Å °-0.0415 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA0 - 297
2X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 66
3X-RAY DIFFRACTION1allB1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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