+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ypf | ||||||
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Title | Crystal structure of AsfvPCNA in space group of P1 | ||||||
Components | E301R | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / sliding clamp / Proliferating cell nuclear antigen | ||||||
Function / homology | : / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / Uncharacterized protein E301R Function and homology information | ||||||
Biological species | African swine fever virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Shao, Z.W. / Gan, J.H. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: J.Virol. / Year: 2023 Title: Structural and functional studies of PCNA from African swine fever virus. Authors: Shao, Z. / Yang, J. / Gao, Y. / Zhang, Y. / Zhao, X. / Shao, Q. / Zhang, W. / Cao, C. / Liu, H. / Gan, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ypf.cif.gz | 671.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ypf.ent.gz | 557.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ypf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/7ypf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/7ypf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7ypeC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35818.859 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) African swine fever virus / Gene: E301R, AFSV47Ss_0191, ASFVARMWT4_00138 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0A1E3R5 #2: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.15 Å3/Da / Density % sol: 60.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M Sodium chloride, 0.1 M BICINE pH 9.0, 20% v/v PEG550 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.9793 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 26, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→30 Å / Num. obs: 87599 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 32.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.817 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 286920 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.5→29.73 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2.05 / Phase error: 23.1 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→29.73 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -8.6819 Å / Origin y: 87.8083 Å / Origin z: 53.5055 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |