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万見
- PDB-7ypc: Notothenia coriiceps TRAF4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ypc
タイトルNotothenia coriiceps TRAF4
要素TNF receptor-associated factor
キーワードIMMUNE SYSTEM / TRAF / Tumor Necrosis Factor Receptor Association Factor / Notothenia coriiceps TRAF4 / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of JNK cascade / regulation of apoptotic process / apoptotic process / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TNF receptor-associated factor 4, MATH domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like ...TNF receptor-associated factor 4, MATH domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
TNF receptor-associated factor
類似検索 - 構成要素
生物種Notothenia coriiceps (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Park, H.H. / Kim, C.M. / Jang, H.S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Fish Shellfish Immunol. / 年: 2023
タイトル: Structure of fish TRAF4 and its implication in TRAF4-mediated immune cell and platelet signaling.
著者: Kim, C.M. / Jang, H. / Hong, E. / Lee, J.H. / Park, H.H.
履歴
登録2022年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor-associated factor
B: TNF receptor-associated factor
C: TNF receptor-associated factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4383
ポリマ－66,4383
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area24300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.859, 112.208, 112.036
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 TNF receptor-associated factor


分子量: 22145.984 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Notothenia coriiceps (魚類) / 遺伝子: traf4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6I9N9S6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.76 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 10% w/v PEG-8000, 8% v/v Ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 125 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→45.773 Å / Num. obs: 40583 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 32.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.66→2.755 Å / Num. unique obs: 3392 / CC1/2: 0.926

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K8U

4k8u


解像度: 2.66→45.77 Å / SU ML: 0.3376 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.9124
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 2070 5.11 %
Rwork0.2068 38453 -
obs0.2079 40523 98.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→45.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4054 0 0 0 4054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01024177
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14385647
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074573
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071729
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.02231552
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.66-2.720.3449970.30161967X-RAY DIFFRACTION76.16
2.72-2.790.32461950.27822501X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.870.36871360.25342557X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.950.32131600.25412599X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.040.35951140.25682560X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.150.1963910.19632609X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.280.3189850.24662645X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.430.25211410.23552591X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.610.21631820.21242574X-RAY DIFFRACTION100
3.61-3.840.21641700.19372519X-RAY DIFFRACTION100
3.84-4.130.19031420.17462615X-RAY DIFFRACTION100
4.13-4.550.15761140.15762645X-RAY DIFFRACTION100
4.55-5.20.14841320.14842634X-RAY DIFFRACTION100
5.2-6.550.20871390.18292684X-RAY DIFFRACTION100
6.55-45.770.21581720.20042753X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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