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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yom
タイトルCrystal structure of tetra mutant (D67E,A68P,L98I,A301S) of O-acetylserine sulfhydrylase from Salmonella typhimurium in complex with high-affinity inhibitory peptide from serine acetyltransferase of Salmonella typhimurium at 2.8 A
要素
  • Cysteine synthase
  • peptide from serine acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / tetra mutant (D67E / A68P / L98I / A301S) / O-acetylserine sulfhydrylase / Salmonella typhimurium / high-affinity inhibitory peptide from serine acetyltransferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine synthase / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Saini, N. / Kumar, N. / Rahisuddin, R. / Singh, A.K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR5236/MED/29/504/2012 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of I88L single mutant of O-acetylserine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae in complex with high-affinity inhibitory peptide from serine acetyltransferase of ...タイトル: Crystal structure of I88L single mutant of O-acetylserine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae in complex with high-affinity inhibitory peptide from serine acetyltransferase of Salmonella typhimurium at 2.14 A
著者: Kumar, N. / Rahisuddin, R. / Saini, N. / Singh, A.K.
履歴
登録2022年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine synthase
B: peptide from serine acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6082
ポリマ－34,6082
非ポリマー00
水1267
1
A: Cysteine synthase
B: peptide from serine acetyltransferase

A: Cysteine synthase
B: peptide from serine acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2174
ポリマ－69,2174
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area23050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.140, 113.140, 43.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Cysteine synthase / CSase / O-acetylserine (thiol)-lyase / OAS-TL / O-acetylserine sulfhydrylase / O-acetyl-L-serine sulfhydrylase


分子量: 33707.527 Da / 分子数: 1 / 変異: D67E, A68P, L98I, A301S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
遺伝子: cysK, HI_1103 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P45040, cysteine synthase
#2: タンパク質・ペプチド peptide from serine acetyltransferase


分子量: 900.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.03 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 1.3M Sodium citrate / PH範囲: 7.3-7.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年5月8日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40.831 Å / Num. obs: 69653 / % possible obs: 97.66 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 24.22 Å2 / CC1/2: 0.713 / Rmerge(I) obs: 0.6911 / Net I/σ(I): 42.47
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 691 / CC1/2: 0.634 / CC star: 0.881 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Y7L

1y7l


解像度: 2.8→40.831 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.881 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / SU B: 16.951 / SU ML: 0.339 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.467
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2723 349 5.105 %
Rwork0.2156 6488 -
all0.218 --
obs-6837 97.657 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 22.582 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.508 Å20 Å20 Å2
2---0.508 Å20 Å2
3---1.016 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→40.831 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2303 0 0 7 2310
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0122337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5151.6333166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6125308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.05422.63295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.9215402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.421513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021705
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.21041
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.21596
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1120.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2440.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2390.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6592.181238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6913.2651544
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3632.3431099
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4223.4151622
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.06141.0919980
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.8730.259290.232501X-RAY DIFFRACTION100
2.873-2.9520.391270.214460X-RAY DIFFRACTION100
2.952-3.0370.284290.236445X-RAY DIFFRACTION100
3.037-3.130.35260.212454X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.2330.281280.22421X-RAY DIFFRACTION100
3.233-3.3460.289200.199429X-RAY DIFFRACTION100
3.346-3.4720.349160.191408X-RAY DIFFRACTION99.7647
3.472-3.6140.233260.233379X-RAY DIFFRACTION97.5904
3.614-3.7740.403140.326359X-RAY DIFFRACTION96.3824
3.774-3.9580.295210.245366X-RAY DIFFRACTION99.2308
3.958-4.1710.185160.185331X-RAY DIFFRACTION99.4269
4.171-4.4240.218200.181316X-RAY DIFFRACTION99.115
4.424-4.7280.225140.171301X-RAY DIFFRACTION96.9231
4.728-5.1060.212180.169276X-RAY DIFFRACTION97.0297
5.106-5.5910.29590.203262X-RAY DIFFRACTION95.7597
5.591-6.2470.421150.222225X-RAY DIFFRACTION96
6.247-7.2060.31560.207201X-RAY DIFFRACTION91.5929
7.206-8.8070.21340.165169X-RAY DIFFRACTION90.1042
8.807-9.010.11911120X-RAY DIFFRACTION85.0649
12.38-40.83100.25965X-RAY DIFFRACTION69.8925

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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