PDB-7yoi: Crystal structure of I88L single mutant of O-acetylserine sulfhyd...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yoi

タイトル

Crystal structure of I88L single mutant of O-acetylserine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae in complex with high-affinity inhibitory peptide from serine acetyltransferase of Salmonella typhimurium at 2.14 A

要素

Cysteine synthase
peptide from serine acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Transferase / single mutant / O-acetyl-L-serine sulfhydrylase / Haemophilus influenzae / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine synthase / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Kumar, N. / Rahisuddin, R. / Saini, N. / Singh, A.K.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of I88L single mutant of O-acetylserine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae in complex with high-affinity inhibitory peptide from serine acetyltransferase of ...
著者: Kumar, N. / Rahisuddin, R. / Saini, N. / Singh, A.K.

履歴

登録	2022年8月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yoi.cif.gz	71.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yoi.ent.gz	52.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yoi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/7yoi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/7yoi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yohC 7yomC 1y7lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Cysteine synthase

B: peptide from serine acetyltransferase

34.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cysteine synthase

B: peptide from serine acetyltransferase

A: Cysteine synthase

B: peptide from serine acetyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Dimer in solution
69.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.970, 112.970, 44.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	Cysteine synthase / CSase / O-acetylserine (thiol)-lyase / OAS-TL / O-acetylserine sulfhydrylase / O-acetyl-L-serine sulfhydrylase 分子量: 33651.465 Da / 分子数: 1 / 変異: I88L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌) 遺伝子: cysK, HI_1103 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P45040, cysteine synthase
#2: タンパク質・ペプチド	peptide from serine acetyltransferase 分子量: 900.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 1.3M Sodium Citrate / PH範囲: 7.3-7.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54179 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年9月10日
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→41.454 Å / Num. obs: 15711 / % possible obs: 97.64 % / 冗長度: 14.6 % / CC_1/2: 0.873 / CC star: 0.965 / Net I/σ(I): 73.27
反射シェル	解像度: 2.14→2.217 Å / Num. unique obs: 1218 / CC_1/2: 0.77 / % possible all: 76.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Y7L

1y7l

解像度: 2.14→41.454 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 8.74 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.324 / ESU R Free: 0.239
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2714	767	4.993 %
R_work	0.2198	14594	-
all	0.222	-	-
obs	-	15361	97.636 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.896 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.947 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.947 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.894 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14→41.454 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2294	0	0	55	2349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	2327
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.506	1.632	3154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.656	5	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.42	22.632	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.279	15	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.959	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.296	0.2	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.245	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.904	2.993	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.977	4.482	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.334	3.209	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.573	4.682	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.874	55.834	9749

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.14-2.196	0.321	31	0.307	751	X-RAY DIFFRACTION	68
2.196-2.256	0.248	74	0.263	1064	X-RAY DIFFRACTION	100
2.256-2.321	0.312	35	0.235	1052	X-RAY DIFFRACTION	100
2.321-2.393	0.265	43	0.226	1013	X-RAY DIFFRACTION	100
2.393-2.471	0.291	61	0.224	974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.471-2.558	0.376	59	0.231	914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.558-2.654	0.296	55	0.232	918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.654-2.762	0.344	44	0.215	903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.762-2.885	0.213	49	0.196	830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.885-3.026	0.283	53	0.214	780	X-RAY DIFFRACTION	100
3.026-3.189	0.262	30	0.217	812	X-RAY DIFFRACTION	100
3.189-3.382	0.295	45	0.22	701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.382-3.615	0.24	35	0.215	698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.615-3.904	0.275	34	0.213	646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.904-4.276	0.278	21	0.207	591	X-RAY DIFFRACTION	100
4.276-4.779	0.255	32	0.194	537	X-RAY DIFFRACTION	100
4.779-5.515	0.325	16	0.234	499	X-RAY DIFFRACTION	100
5.515-6.746	0.233	18	0.254	407	X-RAY DIFFRACTION	100
6.746-9.507	0.206	22	0.176	318	X-RAY DIFFRACTION	100
9.507-41.454	0.177	10	0.183	186	X-RAY DIFFRACTION	99.4924

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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