PDB-7yoh: Crystal structure of I88L single mutant of O-acetylserine sulfhyd...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yoh

タイトル

Crystal structure of I88L single mutant of O-acetylserine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae in complex with high-affinity inhibitory peptide from serine acetyltransferase of Haemophilus influenzae at 2.5 A

要素

Cysteine synthase
Peptide from Serine acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / I88L / single mutant / O-acetylserine sulfhydrylase / Haemophilus influenzae / high-affinity inhibitory peptide from serine acetyltransferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine synthase / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Kumar, N. / Rahisuddin, R. / Saini, N. / Singh, A.K.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of I88L single mutant of O-acetylserine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae in complex with high-affinity inhibitory peptide from serine acetyltransferase of ...
著者: Kumar, N. / Rahisuddin, R. / Saini, N. / Singh, A.K.

履歴

登録	2022年8月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yoh.cif.gz	71.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yoh.ent.gz	52.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yoh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yoh_validation.pdf.gz	638.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yoh_full_validation.pdf.gz	644 KB	表示
XML形式データ	7yoh_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	7yoh_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/7yoh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/7yoh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yoiC 7yomC 1y7lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Cysteine synthase

P: Peptide from Serine acetyltransferase

ヘテロ分子

34.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cysteine synthase

P: Peptide from Serine acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Cysteine synthase

P: Peptide from Serine acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
68.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.750, 112.750, 44.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	Cysteine synthase / CSase / O-acetylserine (thiol)-lyase / OAS-TL / O-acetylserine sulfhydrylase / O-acetyl-L-serine sulfhydrylase 分子量: 33651.465 Da / 分子数: 1 / 変異: I88L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌) 遺伝子: cysK, HI_1103 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P45040, cysteine synthase
#2: タンパク質・ペプチド	Peptide from Serine acetyltransferase / SAT 分子量: 775.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌) 参照: UniProt: P43886
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.06 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 1.3M Sodium citrate / PH範囲: 7.3-7.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54179 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年9月11日
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→41.36 Å / Num. obs: 9865 / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 15.5 % / B_iso Wilson estimate: 35.63 Å² / CC_1/2: 0.886 / CC star: 0.969 / Net I/σ(I): 126.45
反射シェル	解像度: 2.5→2.581 Å / R_merge(I) obs: 0.7904 / Num. unique obs: 970 / CC_1/2: 0.835 / % possible all: 99.69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Y7L

1y7l

解像度: 2.5→41.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.863 / SU B: 16.799 / SU ML: 0.368 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.374
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2949	515	5.24 %
R_work	0.2435	9313	-
all	0.246	-	-
obs	-	9828	99.585 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.395 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.548 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.548 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.096 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2286	0	1	17	2304

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	2318
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.546	1.631	3149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.682	5	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.807	22.66	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.363	15	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.74	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.195	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.294	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.177	4.02	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.043	6.014	1569
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.175	3.845	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.799	5.731	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.982	73.404	9816

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.565	0.329	49	0.318	662	X-RAY DIFFRACTION	99.7195
2.565-2.635	0.365	33	0.285	661	X-RAY DIFFRACTION	97.4719
2.635-2.711	0.384	49	0.266	605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.711-2.795	0.328	46	0.25	634	X-RAY DIFFRACTION	98.2659
2.795-2.886	0.33	31	0.21	619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.886-2.987	0.225	25	0.206	583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.987-3.1	0.276	25	0.209	585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.226	0.232	29	0.216	550	X-RAY DIFFRACTION	100
3.226-3.37	0.357	21	0.236	540	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.534	0.321	27	0.266	498	X-RAY DIFFRACTION	99.6205
3.534-3.725	0.305	34	0.295	481	X-RAY DIFFRACTION	99.8062
3.725-3.95	0.345	29	0.275	455	X-RAY DIFFRACTION	99.384
3.95-4.222	0.256	11	0.245	436	X-RAY DIFFRACTION	99.7768
4.222-4.559	0.255	29	0.209	395	X-RAY DIFFRACTION	100
4.559-4.993	0.253	17	0.197	385	X-RAY DIFFRACTION	100
4.993-5.579	0.346	30	0.222	328	X-RAY DIFFRACTION	100
5.579-6.437	0.364	10	0.244	302	X-RAY DIFFRACTION	100
6.437-7.871	0.431	4	0.241	265	X-RAY DIFFRACTION	100
7.871-11.077	0.115	12	0.158	206	X-RAY DIFFRACTION	100
11.077-41.36	0.139	4	0.173	123	X-RAY DIFFRACTION	99.2188

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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