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- PDB-7yo7: Bifunctional xylosidase/glucosidase LXYL with intermediate substr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yo7
タイトルBifunctional xylosidase/glucosidase LXYL with intermediate substrate xylose, 5 seconds
要素Beta-D-xylosidase/beta-D-glucosidase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolases / xylosidases / bifunctional
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucosidase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain ...: / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Deacetyltaxol / D-xylose / Probable beta-glucosidase G
類似検索 - 構成要素
生物種Lentinula edodes (シイタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Yang, L.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31270796 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bifunctional xylosidase/glucosidase LXYL with intermediate substrate xylose
著者: Gong, W.M. / Yang, L.Y.
履歴
登録2022年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-D-xylosidase/beta-D-glucosidase
B: Beta-D-xylosidase/beta-D-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,00320
ポリマ－172,0742
非ポリマー6,93018
水17,529973
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9340 Å2
ΔGint91 kcal/mol
Surface area50590 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)80.350, 182.570, 242.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1473-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-D-xylosidase/beta-D-glucosidase


分子量: 86036.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lentinula edodes (シイタケ) / 遺伝子: Lxyl-p1-2 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: G8GLP2

-
糖 , 5種, 16分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-mannopyranose-(3-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-mannopyranose-(3-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 789.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-1DManpa3-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-3DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖 ChemComp-XLS / D-xylose / D-XYLOSE (LINEAR FORM) / キシロ-ス


タイプ: D-saccharide / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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非ポリマー , 2種, 975分子

#6: 化合物 ChemComp-BKR / Deacetyltaxol / 10-デアセチルタキソ-ル


分子量: 811.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H49NO13
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 973 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.78 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15% PEG3350, 0.1 M Tris-HCl pH8.0, 0.2% MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→73.54 Å / Num. obs: 161417 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.148 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.81→1.86 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 1.229 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 11837 / CC1/2: 0.794 / Rpim(I) all: 0.495 / Rrim(I) all: 1.325 / Χ2: 0.66 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KJ0

6kj0


解像度: 1.81→73.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.946 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2503 7850 4.9 %RANDOM
Rwork0.2118 ---
obs0.2137 160806 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.54 Å2 / Biso mean: 35.027 Å2 / Biso min: 20.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.89 Å20 Å2-0 Å2
2---1.12 Å20 Å2
3----0.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.81→73.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11419 0 467 973 12859
Biso mean--45.19 43.88 -
残基数----1513
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0212205
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1451.98916726
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.165325583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.09451511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.68124.699498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.222151711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0351550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.21940
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02113795
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022701
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.857 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 551 -
Rwork0.315 11277 -
all-11828 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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