PDB-7ynw: Crystal structure of O-(2-nitrobenzyl)-L-tyrosine-tRNA sythetase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ynw

タイトル

Crystal structure of O-(2-nitrobenzyl)-L-tyrosine-tRNA sythetase in complex with O-(2-nitrobenzyl)-L-tyrosine

要素

Tyrosine--tRNA ligase

キーワード

TRANSCRIPTION / nonnatural amino acid / cell-free protein synthesis / caged amino acid / o-(2-nitrobenzyl)-L-tyrosine amino-acyl tRNA synthetase

機能・相同性

機能・相同性情報

tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

Hosaka, T. / Shirouzu, M.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Crystal Structure of an Archaeal Tyrosyl-tRNA Synthetase Bound to Photocaged L-Tyrosine and Its Potential Application to Time-Resolved X-ray Crystallography.
著者: Hosaka, T. / Katsura, K. / Ishizuka-Katsura, Y. / Hanada, K. / Ito, K. / Tomabechi, Y. / Inoue, M. / Akasaka, R. / Takemoto, C. / Shirouzu, M.

履歴

登録	2022年8月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.1	2023年11月29日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ynw.cif.gz	318 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ynw.ent.gz	220.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ynw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ynw_validation.pdf.gz	974.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ynw_full_validation.pdf.gz	964.8 KB	表示
XML形式データ	7ynw_validation.xml.gz	24.9 KB	表示
CIF形式データ	7ynw_validation.cif.gz	33.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/7ynw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/7ynw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ynuC 7ynvC 1j1uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Tyrosine--tRNA ligase

B: Tyrosine--tRNA ligase

ヘテロ分子

72.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosine--tRNA ligase

ヘテロ分子

B: Tyrosine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
72.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.480, 83.480, 488.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)

#1: タンパク質	Tyrosine--tRNA ligase / Tyrosyl-tRNA synthetase / TyrRS 分子量: 36046.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: tyrS, MJ0389 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57834, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-J2F / (2~{S})-2-azanyl-3-[4-[(2-nitrophenyl)methoxy]phenyl]propanoic acid タイプ: L-peptide linking / 分子量: 316.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₆N₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG300, 3% PEG8000, 100 mM Tris-HCl (pH8.0), 10% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.64→41.59 Å / Num. obs: 26487 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 36.042 % / B_iso Wilson estimate: 113.202 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.146 / R_rim(I) all: 0.148 / Χ²: 1.161 / Net I/σ(I): 17.35

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all	R_merge(I) obs
2.64-2.8	34.084	0.16	4900	0.799	15.497	99.9
2.8-2.99	37.78	0.94	4552	0.943	4.07	100	4.016
2.99-3.23	38.363	2.36	4344	0.975	1.842	99.9	1.818
3.23-3.54	37.883	5.9	4032	0.996	0.701	99.9	0.691
3.54-3.96	36.991	13.1	3683	0.998	0.317	99.9	0.312
3.96-4.57	34.943	27.78	3259	0.999	0.13	99.9	0.128
4.57-5.6	31.88	41.26	2842	0.999	0.091	100	0.089
5.6-7.92	36.699	55.53	2256	1	0.063	100	0.062
7.92-41.59	32.217	86.79	1410	0.999	0.039	98.5	0.038

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1-4487	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1J1U

1j1u

解像度: 2.79→41.59 Å / SU ML: 0.5247 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.46 / 位相誤差: 42.0219
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2973	1678	6.48 %
R_work	0.2595	43733	-
obs	0.2621	26487	98.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 136.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.79→41.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4912	0	46	81	5039

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0032	5038
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5888	6757
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0408	738
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	869
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.9725	2001

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.79-2.83	0.5189	138	0.431	1965	X-RAY DIFFRACTION	98.69
2.83-2.88	0.4612	139	0.427	1997	X-RAY DIFFRACTION	98.39
2.88-2.93	0.3478	131	0.4256	1938	X-RAY DIFFRACTION	98.34
2.93-2.98	0.4476	145	0.4217	2039	X-RAY DIFFRACTION	98.6
2.98-3.04	0.4318	138	0.3971	1909	X-RAY DIFFRACTION	98.46
3.04-3.1	0.4216	134	0.3891	2028	X-RAY DIFFRACTION	98.14
3.1-3.17	0.4999	133	0.4006	1919	X-RAY DIFFRACTION	97.44
3.17-3.24	0.3938	135	0.3872	1995	X-RAY DIFFRACTION	97.53
3.24-3.32	0.4359	135	0.3492	1968	X-RAY DIFFRACTION	97.81
3.32-3.41	0.3543	140	0.334	1958	X-RAY DIFFRACTION	98.54
3.41-3.51	0.3785	143	0.3213	2008	X-RAY DIFFRACTION	98.58
3.51-3.63	0.3356	146	0.2886	2027	X-RAY DIFFRACTION	98.91
3.63-3.76	0.3719	134	0.2756	1955	X-RAY DIFFRACTION	98.91
3.76-3.91	0.3819	137	0.2804	1995	X-RAY DIFFRACTION	98.52
3.91-4.09	0.3249	139	0.2636	1959	X-RAY DIFFRACTION	98.22
4.09-4.3	0.3025	135	0.2482	2000	X-RAY DIFFRACTION	98.98
4.3-4.57	0.3061	131	0.226	2010	X-RAY DIFFRACTION	99.3
4.57-4.92	0.2661	147	0.218	2034	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.92-5.42	0.2452	134	0.2373	1983	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.42-6.2	0.3325	138	0.2742	2011	X-RAY DIFFRACTION	99.81
6.2-7.8	0.3047	139	0.2381	2019	X-RAY DIFFRACTION	99.95
7.81-41.59	0.1864	138	0.1904	2016	X-RAY DIFFRACTION	98.94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.29151163273	0.143540062221	2.56545166538	5.61823980174	3.59400332599	7.22272989259	-0.544707590551	0.457985175165	0.165908386737	-1.2731365497	0.69626351175	-0.436469337779	-1.976799837	-0.0532735173752	0.0417851410028	1.43601406912	-0.579675605062	0.0751174297663	1.2632561853	-0.0167235397772	0.565795414768	-20.7718863267	38.65618004	-0.509309138916
2	7.16666026592	-1.30689096845	1.32263216668	4.03553350135	1.90825962675	6.20621166597	-0.437350896866	-0.302745807942	-0.0932264225101	-0.519817740468	0.42859818403	0.112718249657	-0.810965208966	-0.624927078233	-0.0437266519215	1.00856275705	-0.283874877942	-0.0666124361521	0.988226996909	0.0669886282693	0.516423593161	-25.4773429261	37.3675700429	14.2146298295
3	1.30542164424	-0.645569076041	0.613661900525	7.57672308917	2.35995097603	7.77750429745	-0.481316674797	-0.0479102196857	-0.346522637052	-1.63780521182	0.980222931623	0.0815655368289	0.0198431292863	0.400712486707	-0.742407504212	1.84071205312	-0.586773353595	0.0636709596238	1.17284011521	-0.112807790096	0.780445455147	-27.0089165199	24.8185237329	-15.2934398562
4	7.01731914972	1.2751339684	2.20495282771	7.15815155174	-4.79591880751	8.07013503649	0.211186642292	0.140653379488	-0.285409399995	-0.906944328665	-0.1922010018	0.0823323500834	0.971017649533	0.824391567705	0.0233304776857	1.53380545975	0.31145366765	0.0207024352338	0.768734271374	0.00141745110528	0.559189810702	-40.5178924507	-2.04431879917	31.4696555623
5	5.78817743202	0.558207745991	0.0405142747528	3.95395337142	-0.379181833791	6.93950275058	0.312502487993	0.00179887855999	0.368637125979	-0.326311051393	-0.406337745636	-0.0743043058682	-0.287856524606	0.699063080826	-0.00202856733067	1.19655280384	0.16655525208	0.0766353136291	0.903990632728	0.0553231215536	0.546868654518	-39.0989176892	3.0668515464	45.7786776364
6	5.22944469288	-1.72569564106	3.15093912816	3.49755663369	-2.35070427511	8.44688403501	0.495350529314	0.391121110579	0.175125870463	-0.963187866495	-0.240274773643	0.386828522574	0.391757357628	-0.340903847374	-0.250329793661	1.42482270099	0.431837023079	0.0190749597176	0.913440284162	-0.0209469890542	0.701253531674	-49.4617697521	9.88181813597	16.8533066948

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 96 )	A	A	1 - 96	1 - 96
2	2	chain 'A' and (resid 97 through 183 )	A	A	97 - 183	97 - 183
3	3	chain 'A' and (resid 184 through 306 )	A	A	184 - 306	184 - 306
4	4	chain 'B' and (resid 1 through 95 )	B	C	1 - 95	1 - 95
5	5	chain 'B' and (resid 96 through 182 )	B	C	96 - 182	96 - 182
6	6	chain 'B' and (resid 183 through 308 )	B	C	183 - 308	183 - 308

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)